Abstract

الملخص
اصطفاف سلسلة الـ DNA تعتبر مسألة مهمة في علم الأحياء الحسابي ومفيدة في مقارنة المورثات وإيجاد الجينات وفي تقرير الترابط التطوري من السلاسل الحيوية المختلفة. مسائل البرمجة الديناميكية قد نوقشت وطبقت في حل هذه المسألة. هذا البحث اهتم في حساب اصطفاف سلسلة الـ DNA أولاً بصياغة نموذج برمجة صحيحة ثنائية لحساب سلسلة الكلمة في مسألة تحرير المسافة ثم بعد ذلك تم إعادة صياغة هذا النموذج ليكون مناسباً لحساب هذا الاصطفاف. بواسطة هذا النموذج أعطينا دور جيد لحقل بحوث العمليات في حل مسائل جزيئة الحياة. النموذج المقترح طبق في حل مثال في مسألة تحرير المسافة ثم بعد ذلك استخدم مرة أخرى بعد إعادة صياغته في حل مثال في مسألة اصطفاف سلسلة الـ DNA.
ABSTRACT
DNA Sequence Alignment is an important problem in computational biology and is useful for comparing genomes and finding genes, for determining evolutionary linkage of different biological sequences. Dynamic Programming Problems is discussed and applied to solve this problem. This paper is concerned with computing DNA Sequence Alignment firstly by formulating a Binary Integer Programming model to compute the string sequence in Edit Distance Problem then re-formulating this model to be suitable to compute this alignment. By this model we gave a good role for Operations Researches field to prove it's efficient to solve problems of molecule of life. The suggested model is applied to solve an example in Edit Distance Problem then used again after re-formulating it for an example in DNA Sequence Alignment Problem.

248 Total full text downloads since the date of addition