@Article{, title={Determination of Phylogenetic Typing of E.coli isolated from UTIs in many hospitals of Baghdad city}, author={Eptisam Younam Pergo and Munim Radwan Ali and Imman Nateq}, journal={Journal of University of Babylon مجلة جامعة بابل}, volume={25}, number={3}, pages={937-945}, year={2017}, abstract={Background: Escherichia coli is the major of causative agent in most of Urinary tract infections (UTIs), Phylogenetic analyses of E.coli isolated from urinary tract infections fall into four phylogenetic groups (A,B1, B2 and D), All Strains of these four groups differ in the characteristics of phenotype as antibiotic resistance , growth rate-temperature relationships and ability to use certain sugars.Ami of study: To investigate the phylogenetic typing E.coli isolated from 660 urine samples from patients with UTIs in many hospitals of Baghdad city,as well as study the relationship between phylogenetic of E.coli with many important factors as gender; age and hospital wards.Materials and Methods: From a total of six hundred - sixty urine samples were collected from UTIs patients in many hospitals (Baghdad/Iraq), through the period from March 2015 to September 2015 and inoculated on (MaCconckey and blood) agar, then incubated at 37 °C for 24 h. ,all isolates were identified by VITEK 2-GN system and Antimicrobial susceptibility pattern was determined by diffusion method (Kirby-Bauer disk) as well as the Phylogenetic grouping of the E. coli isolates was determined by a multiplex polymerase chain reaction (PCR)technique. Results: In this study, E.coli was isolated from 660 urine sample from UTIs patients; (400) isolated of E.coli strains , high percentage of E. coli (41%) was isolated from AL-Yermouk hospital and (18.25%) form AL-Iskan hospital, whilst low percentage as (11.25%) , (13.75%), (14.75%) respectively from (Ghazi AL-Hariri , Iben Beledi and AL-Nooman) hospitals respectively. Most of strains were isolated from female patients of AL-Yermouk hospital (31%) followed by (15% ) from AL-Iskan hospital , as well as AL-Yermouk hospital have high percentage in males (11% ) but close ratios in both hospitals (AL-Iskan and Ghazi AL-Hariri) hospitals respectively as (3.25 and 3)% ,whilst in ( Iben Beledi hospital and AL-Nooman ) hospitals were low ratio as (1 % ) and (0.5), so greater percentage (43%) of isolates in this study belonged to phylogroup B2 and (28.25, 24) % for both phylogroup D and A respectively, whilst low percentage (3.5%) for B1, so in this study show 1.25% was untypable as well as the isolation rate of E.coli were higher among age (11-20 ) years (31.75 %), but low percentage (19.25 &19 ) % in both age groups ( ≤10 and 21-32 ) years, so high Prevalence of most phylogenic type ( A, B2 and D ) as (7.25, 12.5 and 10.75) % respectively in age group (21-30) years, whilst (6%) of phylogenic B1in age group (41-50)years .

تعتبر بكتريا الاشيرشيا القولونية احدى العوامل الرئيسية المسببة لمعظم حالات التهابات المسالك البولية، وان تطور النمطي لبكتريا الاشيرشيا القولونية المعزولة من التهابات المسالك البولية يمكن تقسيمها الى أربع مجموعات للتنميط الوراثي هي A، B1، B2 وD , حيث ان جميع سلالات هذه المجموعات الأربع تختلف في خصائص النمط الظاهري كالمقاومة للمضادات الحيوية، معدل نمو و علاقاتها بدرجة الحرارة والقدرة على استخدام بعض السكريات.هدف الدراسة: دراسة التنميط الوراثي لبكتريا الاشيرشيا القولونية المعزولة من 660 عينة بول لمرضى يعانون من التهاب المسالك البولية في العديد من المستشفيات في مدينة بغداد، وكذلك دراسة العلاقة التنميط الوراثي لبكتريا الاشيرشيا القولونية مع العديد من العوامل المهمة كالجنس العمر و نوع المستشفى. المواد وطرق العمل : من مجموع 660 عينة بول جمعت من مرضى التهابات المسالك البولية في العديد من المستشفيات (بغداد/ العراق)، خلال الفترة من مارس 2015 إلى سبتمبر عام 2015 ولقح البول على وسطي الدم و المكونكي اكار، ثم حضنت في درجة 37 º م لمدة 24 ساعة. وقد تم تشخيص جميع العزلات بجهاز الفايتك اما حساسيتها للمضادات الحيوية فقد درست باستخدام طريقة الانتشار (طريقة كيربي باور) وحددت الانواع التنميط الوراثي الاربع للعزلات باستعمال تقنية P.C.R .النتائج: في هذه الدراسة تم عزل بكتريا الاشيرشيا القولونية و بنسبة عالية (41٪) من مستشفى اليرموك و (18.25٪) من مستشفى الاسكان، بينما كانت بنسبة منخقظة (11.25٪)، (13.75٪ )، (14.75٪) على التوالي من مستشفى (غازي الحريري، ابن البلدي و النعمان)على التوالي. وقد عزلت معظم السلالات من الاناث المريضات لمستشفى اليرموك التعليمي وبنسبه (31٪) تليها (15٪) لمستشفى الاسكان، اما نسبة الذكور فقد كانت عالية في مستشفى اليرموك (11٪) لكنها قريبة نسبيا في كل من مستشفى الاسكان وغازي الحريري (3.25 و 3)٪على التوالي , بينما منخفظة في كل من مستشفى ابن البلدي و النعمان وبنسبة (1 و 0.5)% .وفي هذه الدراسة وجد نسبة عالية من العزلات (43٪) تنتمي الى النمط الوراثي phylogroup B2 و (28.25, 24)٪ لكلا نوعي النمط الوراثي D و A على التوالي، في حين نسبة منخفضة (3.5٪) الى النمط الوراثي B1، وايضا اظهرت النتائج ان 1.25٪ غير منمط اضافة لذلك فقد كان معدل عزل البكتريا عاليا في الفئة العمرية (11- 20) سنة وبنسبة (31.75٪)، ولكنها كانت منخفضة (19.25 و 19)٪ في كل من المجموعتين العمريتين (≤10 و21-32) سنة،وايضا سجلت الدراسة انتشار عالية لمعظم أنواع النمط الوراثي A، B2 وD بنسب (7.25، 12.5 و 10.75)٪ على التوالي في الفئة العمرية (21-30) سنة، بينما (6٪) من النمط الوراثي B1 في الفئة العمرية (41-50) سنة.} }