Fulltext

Study of Signal Transduction Hypothetical Proteins of Helicobacter pylori

دراسة للبروتينات الافتراضية الناقلة للاشارات في البكتريا Helicobacter pylori

Zahra M. Al-Khafaji , Marium B. Mahmood زهرة محمود الخفاجي ، مريم بشير محمود

Iraqi Journal of Biotechnology المجلة العراقية للتقانات الحياتية
ISSN: 18154794 Year: 2014 Volume: 13 Issue: 2 Pages: 1-17
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Abstract

Abstract: Hypothetical proteins of Helicobacter pylori strain 26695 were screened using MBGD database. There were about 714 (41.58 %) hypothetical proteins, 82.2 % were virulent proteins. Hypothetical proteins were categorized according to Gene Ontology grouping using ProtFunc server. Proteins in signal transduction group were selected for studying their characters. Post-translation modifications (PTMs) such as phosphorylation gave unclear results, Glycosylation such as N-linked Glycosylation was more frequent than O-linked Glycosylation among proteins. Secondary and tertiary structures were determined and pbd homologous (assigned with X-ray and NMR techniques) were assigned. Most proteins showed high interaction with cellular proteins and components.

الخلاصة: اجري مسح للبروتينات الافتراضية للبكتريا Helicobacter pylori السلالة 26695 وكان عددها 714 (41.58 %) من بروتينات / جينات البكتريا المدرجة في قاعدة البيانات MBDG . مسحت البروتينات لتحديد ضراوتها وكان 82.2 % هي بروتينات ضراوة . استعمل ProtFunc Server لتحديد مجاميع البروتينات الوظيفية وفقا لتصنيف Gene Ontology ، اختيرت البروتينات العاملة في نقل الإشارات من البروتينات الافتراضية نظرا لأهميتها وهي (HP0085 ، HP0079، PS235، HP0203، HP0155 ، HP0249، HP0583، HP0856، ST515 ، HP1527، PS1632، HP1163 ، PS1350، HP1085 ، HP1436). درست إمكانية حدوث التحويرات بعد الترجمة مثل الفسفرة التي لم تظهر نتائج واضحة لعدة أسباب ، درس ايضا إضافة السكريات N-Glycosylation و O-Glycosylation وكانت الحالة الأولى أكثر تكرارا . تم تحديد التراكيب الثنائية والثلاثية للبروتينات وإيجاد البروتينات الأقرب التي لها تراكيب محددة بالأشعة السينية والرنين النووي المغناطيسي . أظهرت نتائج التداخل مع مكونات الخلية ان هناك تداخلا كبيرا لمعظم البروتينات المدروسة .

Keywords

Helicobacter pylori --- Hypothetical proteins --- Virulence --- RaptorX --- PTMs --- STRING database.