research centers


Search results: Found 6

Listing 1 - 6 of 6
Sort by

Article
ISOLATION OF PLASMID DNA FROM STREPTOMYCES SP. BACTERIA AND ESCHERICHIA COLI PBR322 TRANSFORMATION
عزل الــ DNA البلازميدي من بكتريا Streptomyces sp. ونقله الى Escherichia coli pBR332

Loading...
Loading...
Abstract

The local Streptomyces sp. strain showed an ability to produce antimicrobial metabolite active against standard strains, in primary and secondary screening. The produced antibiotic was extracted, purified and identified as a peptide antibiotic produced about 1.4g/L in 7 days incubation period, and its LD50 was 5500. There was an inverse effect for orange acridine dye on the grown colonies number of S. sp., the 28 g/ml dye concentration was chosen as the best concentration because it led to colonies killing by 95%. Plasmid DNA extracted from S. sp. and then transformed to E. coli pBR 322, the E. coli pBR 322 showed negative results against the standard strains in primary screening before plasmid DNA transformation, while transformed E. coli pBR322 showed positive results. The antibiotic produced by trans. E. coli pBR322 was extracted, purified and identified by the same ways, which gave the same antibiotic produced by S. sp. with an increase of 2.2 g/L in the quantity and shorter period of time (2 days).

اظهرت العزلة المحلي Streptomyces sp. القدرة على انتاج مادة ذات فعالية مضادة للجراثيم القياسية في الغربلة الاولية والثانوية, تم عزل وتنقية وتشخيص المضاد المنتج وكان ذوطبيعة ببتيدية وامتلك نصف جرعة قاتلة 5500 ملغم/كلغم, وانتج بكمية محدودة 1.4غم/لتر في سبعة أيام. اظهرت نتائج المعاملة بالاكردين ان عدد المستعمرات النامية يتناسب عكسيا مع كمية الاكردين المضافة للوسط ، حيث بلغت 95%نسبة القتل عند تركيز 28μg/ml حيث تم اختياره كتركيز افضل لترحيل البلازميد. استخلص الـDNA البلازميدي من S. sp.. ومن ثم نقل البلازميد الى بكتريا الـE. coli pBR322 حيث اظهرت هذه البكتريا صفة انتاج مضاد بكتيري في الغربلة الاولية لم تكن تمتلكها قبل عملية النقل. ومن ثم تم عزل, تنقية وتشخيص المضاد المنتج من الـE. coli pBR322 trans. بنفس الطريقة المستعملة لعزل, تنقية وتشخيص المضاد المنتج من S. sp. ، وكان هذا المضاد هو نفس المضاد المنتج من بكتريا S. sp. وبكمية اكبر2.2غم/لتر في فترة زمنية قصيرة (يومين).

Keywords

Peptide --- DNA --- Fungi


Article
Evaluation of the Viability of Sperms with DNA Fragmentation in Infertile Men

Author: Ghassan Thabit Saaid Al-Ani
Journal: Iraqi Academic Scientific Journal المجلة العراقية للاختصاصات الطبية ISSN: 16088360 Year: 2009 Volume: 8 Issue: 2 Pages: 172-179
Publisher: The Iraqi Borad for Medical Specialization المجلس العراقي للاختصاصات الطبية

Loading...
Loading...
Abstract

ABSTRACT:BACKGROUND:The sperm DNA integrity is a vital factor to transmit the genetic material and complete the process of the formation of new generation. Many studies tried to explain the male infertility of unknown cause as a result of the presence of high percentage of sperms with DNA damage and found its correlation with the standard seminal analysis parameters.OBJECTIVE:This study was conducted to find the correlation between percentage of sperm death and percentage of sperms with DNA fragmentation and to calculate the percentage of live sperms with DNA damage.METHODS:Thirty four infertile patients were included in this study. And twenty fertile patients were volunteered as controls. Standard clinical semen analysis was performed according to World Health Organization (1999) criteria. The stain eosin–Y was used to assess sperm viability. The Terminal deoxynucleotidyl transferase-mediated dUTP- nick end labeling assay (TUNEL) was performed to observe the sperms with DNA fragmentation.RESULT:The percentage of sperms with DNA damage in the seminal sample was significantly positively correlated with the percentage of dead sperms (r=0.888; p=0.0001) and the percentage of sperms with abnormal morphology (r=0.707; p=0.0001). The percentage of live sperms with DNA damage was about 7% in infertile samples and about 11% in healthy samples.CONCLUSION:The small percentage of live sperms with DNA fragmentation in ejaculate could not explain idiopathic male infertility. This study concluded also that sperm DNA fragmentation could be considered as an independent parameter of sperm quality to differentiate infertile from fertile semen samples


Article
COMPARISON STUDY OF TWO PCR PROTOCOL (DIRECT AMPLIFICATION AND NESTED) FOR QULITATIVE MEASUREMENT OF HEPATITIS B VIRAL DNA
دراسة مقارنة لتقنيتي تفاعل البلمرة المتسلسل PCR (المباشر والمتداخل)المستخدمة في تشخيص نوعي دنا فايروس إلتهاب الكبد البائي

Author: آمنة نعمة الثويني
Journal: Iraqi Journal of Biotechnology المجلة العراقية للتقانات الحياتية ISSN: 18154794 Year: 2009 Volume: 8 Issue: 2 Pages: 595-601
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

This study investigated thirty patients with chronic hepatitis B who were admitted to Hepatology and Gastroenterology Teaching Hospital in Baghdad, aged from 20-65 years during the period from beginning of February 2008 to the end of February 2009. The patients were suffering from different clinical symptoms with previous risk factors for transmission of HBV infection, also blood samples were collected from thirty healthy HBs Ag carrier was discovered accidentally through attending blood bank for donation of blood, aged from 18-52 years and served as a control group. A cross sectional study was conducted in the period between beginning of February 2008 to the end of February 2009.The establishment of the molecular techniques for identified HBV DNA in chronic patients and carrier group gives an obvious image especially when uses the Nested PCR. The current results confirm that a nested PCR protocol is more sensitive method to detect HBV DNA than PCR direct protocol. The positively of HBV DNA in carrier group and chronic group reached to 46.7% and 30.0%, respectively by employing direct protocol. Whereas, HBV DNA is 100% in both groups by Nested protocol with significant difference (p=0.001).

شملت الدراسة 30 مريضاً مصاباً بإلتهاب الكبد الفايروسي المزمن نوع (ب) و30 فرداً من الأصحاء الحاملين للمستضد السطحي لفايروس إلتهاب الكبد نمط ( ب) من المراجعين للمستشفى التعليمي لأمراض الجهاز الهضمي والكبد في بغداد ومصرف الدم المركزي في بغداد للمدة من الأول من شباط 2008 ولغاية نهاية شباط 2009. تراوحت أعمارالمرضى المصابين بإلتهاب الكبد الفايروسي المزمن نوع (ب) 20-65 سنة، وتتراوح أعمار الأصحاء الحاملين للمستضد السطحي لفايروس إلتهاب الكبد نمط ( ب) بين 18-52 سنة. وكان المرضى المزمنين يعانون من اعراض مختلفة مع وجود عوامل خطورة سابقة لحدوث الإصابة. أكدت النَتائِج الحالية بأن تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل نوع Nested أكثر حسّاسية من تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل المباشر Direct في تشخيص دنا الفايروس، إذ كانت نسبة الحامض النووي الرايبوزي منقوص الأوكسجين 100% لدى المرضى المزمنين و الحاملين الأصحاء بإستخدام تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل نوع Nested وبنسبة %30.0و %46.7 لدى المرضى المزمنين والأصحاء الحاملين على التوالي بإستخدام تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل المباشر مع وجود فرق احصائي (P=0.001).


Article
A New Method for DNA Isolation from Bone Marrow & Sperms of White Mice

Author: Shayma J. Ahmed* PhD
Journal: Journal of the Faculty of Medicine مجلة كلية الطب ISSN: 00419419 / 24108057 Year: 2009 Volume: 51 Issue: 2 Pages: 220-222
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

Background: A quick and easy method was developed for extraction of DNA of eukaryotes from different samples, which are bone marrow and sperms in white mice Mus musculus strain (Balb/c). Patients and Methods: this method using high salt buffer, Ethylene diemine tetracetec acid (EDTA), Trypsine,Sodium Dodecyl Sulfate(SDS), and urea without using Proteinase-K digestion or ultracentrifugation.Results: This method was successful in extracting DNA from different samples in eukaryotic and this DNA is suitable for Hind III digestion.Conclusion: Without further clean-up, the extracted DNA can be used for restriction endonuclease digestion or for numerous applications

Keywords

DNA --- Eukaryotes --- extraction --- Mice --- bone marrow --- Sperm --- Hind III digestion


Article
HDNA : Heuristic DNA Computing Algorithm
خوارزمية حسابات الحامض النووي التنقيبية الموجهه

Authors: Ahmed Tariq Sadiq --- Hasanen Samir Abdullah
Journal: Engineering and Technology Journal مجلة الهندسة والتكنولوجيا ISSN: 16816900 24120758 Year: 2009 Volume: 27 Issue: 6 Pages: 1064-1073
Publisher: University of Technology الجامعة التكنولوجية

Loading...
Loading...
Abstract

The proposed system is based on embedded the heuristic search in DNA search algorithm so to make it more efficient and flexible. The HDNA system is constructed to improve the work of the DNA computing algorithm and enhance the measurement criteria of it by reducing the run time and the memory capacity as well as the number of generated random solutions (strands or states) that are needed to implement thecomputing algorithm. The experimental results appear that the HDNA using A* and Alpha-Beta is more efficient than using A* and Alpha-Beta each alone.

النظام المقترح أعتمد على أساس تضمين البحث التنقيبي الموجه في خوارزميات البحث للحامض وهذا النظام المقترح بني .(HDNA) النووي، وذلك لجعله اكثر كفاءة ومرونة وقد سمي اختصاراً لتطوير العمل في حسابات خوارزمية الحامض النووي وكذلك في نحسين المعايير القياسية له من خلال تقليص وقت تنفيذ الخوارزمية وسعة الذاكرة المستخدمة في العمل اضافة الى تحديد عملية توليد الحلول العشوائية (أشرطة الحامض النووي) الاولية والتي نحتاجها لتنفيذ الخوارزمية. النتائج المستخلصة من و A* تجارب النظام المقترح أظهرت ان تطوير خوارزمية الحامض النووي باستخدام خوارزمية معاً هو أكثر كفاءة من أستخدام كل خوارزمية على أنفراد. Alpha-Beta خوارزمية


Article
Use of DAF markers (DNA Amplification Fingerprint) to Assess Genetic Diversity of Rice (Oryza satival L.)
استخدام مؤشرات بصمة الدنا المتضاعف DAF (DNA Amplification Fingerprint) في دراسة التنوع الوراثي للرز Oryza sativa L.

Author: Neamat J. Al-Judy نعمت جميل عبد الباقي
Journal: Baghdad Science Journal مجلة بغداد للعلوم ISSN: 20788665 24117986 Year: 2009 Volume: 6 Issue: 2 Pages: 279-289
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

This study was carried out to assess genetic diversity of ten cultivars of Rice (Oryza sativa L.). One of DNA markers based on Polymerase Chain Reaction (PCR) was used namely DAF markers (DNA Amplification Fingerprint). Six primers were tested, the results showed, that no amplification products using the primers OPD.14 and OPM.5. Two primers (OPX.8 and OPT.2) produced monomorphic band across all cultivars, while only two primers generated polymorphic bands. The number of total bands produced from one of them (OPN.7) were sixteen. Also this primer produced ten polymorphic profiles (DAF patterns) which were unique to the ten cultivars that could be distinguished. The number of total bands generated by primer OPX.1 were thirteen and this primer produced eight polymorphic patterns which was unique for distinguishing six cultivars. This means that DAF markers were able to identify all rice cultivars using only two primers reflecting the high potentialities of these markers for their applications in fingerprinting.

اجريت هذه الدراسة لتحليل التنوع الوراثي لـ 10 اصناف من الرز الشائعة في العراق باستخدام واحدة من مؤشرات الدنا DNA markers وهي مؤشرات بصمة الدنا المتضاعف (DNA amplification fingerprint) (DAF). تم تجربة ستة بادئات اظهرت النتائج عدم الحصول على نواتج تضاعف باستخدام البادئات OPT.14 وOPM.5 ، في حين اظهر البادئان OPX.8 و OPT.2 حزم مشتركة بين جميع الاصناف المدروسة. اما البادئان OPN.7 وOPX.1 فقد اظهرا نواتج تضاعف متباينة بين الاصناف المدروسة. وكان عدد الحزم الناتجة من استخدام احدهما (OPN.7) 16 حزمة، ولقد تم ايجاد 10 نسق وراثي كان متميزاً في الاصناف العشرة من الرز مما امكن تمييزهم باستخدام هذا البادئ وايجاد البصمة الوراثية لهذه الاصناف، اما عدد الحزم الناتجة من استخدام البادئ الثاني OPX.1 فكان 13 حزمة. ولقد انتج هذا البادئ 8 انواع من انواع النسق كان متميزاً لستة اصناف امكن تمييزها وايجاد البصمة الوراثية لها باستخدامه ومن هذا يستنتج امكانية تشخيص الاصناف العشرة المدروسة بتطبيق مؤشرات الـ DAF باستخدام بادئين فقط مما يدل على زيادة المعلومات التي يمكن الحصول عليها باستخدام عدد قليل من البادئات في هذا النوع من المؤشرات.

Listing 1 - 6 of 6
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (6)


Language

English (5)

Arabic (1)


Year
From To Submit

2009 (6)