research centers


Search results: Found 34

Listing 1 - 10 of 34 << page
of 4
>>
Sort by

Article
Detection of Porphyromonas gingivalis from Periodontal Pocket Infections by Microbial Cultivation and PCR Techniques
التحري عن جرثومة Porphyromonas gingivalis من إصابات جيوب ما حول الأسنان بطرق الزرع الجرثومي وبتقنية PCR

Author: Amera M. M. Al-Rawi أميرة محمود محمد الراوي
Journal: Rafidain journal of science مجلة علوم الرافدين ISSN: 16089391 Year: 2012 Volume: 23 Issue: 1A Pages: 39-55
Publisher: Mosul University جامعة الموصل

Loading...
Loading...
Abstract

The study aimed to detect P. gingivalis from 49 patients with periodontitis at different ages and both sexes, after determination of pocket depth, types of infection whether chronic or progressive by dentists. Routine culture method was done using selective media and anaerobic condition and compared with species specific polymerase chain reaction (PCR) technique.DNA was extracted from samples and its concentration and purity were determined. The results showed domination of chronic infections and the pocket depths ranged between 3-9mm, as well as the results revealed that isolation percent of P.gingivalis by PCR was more higher than culture method, it was 65.3% and 28.5% respectively. The results also showed that phenol-chloroform was the efficient method for DNA extraction comparing with other methods. The study revealed that there are effects of age and sex on isolation rate and the results indicated that percentage of P.gingivalis was detected in 20-30 years old and males were more infected than females.

هدف البحث إلى عزل وتشخيص جرثومة P.gingivalis من 49 مريضاً مصاباً بالتهاب جيوب اللثة (ما حول الأسنان) و بأعمار مختلفة من كلا الجنسين بعد أن تم تحديد عمق الجيب Pocket depth ونوع الإصابة إما مزمنة Chronic أو متقدمة Progressive من قبل طبيب أسنان اختصاص بأمراض اللثة. تم استخدام الطرائق الروتينية بالزرع على الأوساط الانتخابية وتوفير ظروف لا هوائية وقورنت مع تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل للنوع المتخصص (PCR)، إذ تم استخلاص الحامض النووي DNA وحدد تركيزه ونقاوته.بينت النتائج سيادة الاصابة المزمنة على المتقدمة وان عمق الجيب تراوح بين 3-9 ملم كما أظهرت النتائج أن نسبة الكشف عن الجرثومة بتقنية PCR اعلى بكثير مقارنة بنسبة عزلها والتحري عنها بالطرائق الزرعية إذ بلغت 65.3% و 28.5% على التوالي. كما ابدت النتائج ان طريقة الفينول-كلوروفورم الروتينية هي الاكفأ في استخلاص الـ DNA مقارنة بالطرق الأخرى.كما أظهرت الدراسة أن هناك تأثيراً لعاملي العمر والجنس على نسبة العزل فقد كانت اعلى نسبة عزل لجرثومة P.gingivalis عند الفئة العمرية 20-30 سنة وان الذكور اكثر اصابة من الإناث.


Article
Effect of Dimethylsulfoxide and Betaine on duplex polymerase chain reaction of human beta-globin gene amplification

Author: Zuhair Mohammad Ali Jeddoa
Journal: journal of kerbala university مجلة جامعة كربلاء ISSN: 18130410 Year: 2012 Volume: 10 Issue: 2 Pages: 171-177
Publisher: Kerbala University جامعة كربلاء

Loading...
Loading...
Abstract

A variety of additives and enhancing agents can be included in PCR amplifications to increase yield, specificity and consistency of PCR products. Blood samples were collected from (35) apparently healthy individual for DNA extraction and duplex PCR amplification according to the four different PCR component set up include: 1- standard set up (without PCR additives), 2- standard PCR set up plus 5% DMSO, 3- standard PCR set up plus 1M betaine, and 4- standard PCR set up plus 5% DMSO and 1M betaine. The results revealed that the standard optimization condition of duplex PCR amplification is enough to reveal a good PCR amplification of human beta-globin gene, and the studied PCR additives are useful in improvement of amplification in combination of 5 % DMSO and 1 M betaine.

يمكن استعمال العديد من الأضافات والمواد التي تزيد من انتاج سلاسل الحامض النووي منقوص الأوكسجين وزيادة خصوصية تضخيمها في تفاعل السلسلة المتبلمرة (PCR) , , جمعت عينات الدم من 35 شخص سليم مظهريا لغرض اجراء استخلاص الحامض النووي منقوص الأوكسجين ومن ثم تضخيم المنطقة من الجين المشمول بالدراسة باستخدام تفاعل السلسلة المتبلمرة طبقا لأربعة نماذج مختلفة من المواد المستخدمة بالتفاعل والتي شملت: 1-التضخيم باستعمال المواد القياسية ( بدون اضافة محسنات التفاعل), 2- بأضافة 5% من ثنائي ميثيل سلفوكسايد , 3- بأضافة 1 مولاري من مادة البيتايين , و4- بأضافة 5% من ثنائي ميثيل سلفوكسايد مع 1 مولاري من مادة البيتايين. أظهرت النتائج ان استعمال المواد القياسية في تضخيم المناطق المدروسة من جين الكلوبين – بيتا البشري تكون كافية لأعطاء نتائج جيدة في عملية التضخيم , وان اضافة المحسنات المشمولة بالدراسة ساعدت على زيادة كمية الحامض النووي منقوص الأوكسجين في المناطق المضخمة وخصوصا عند استعمال أضافة 5% من ثنائي ميثيل سلفوكسايد مع 1 مولاري من مادة البيتايين .


Article
Diagnosis of Toxoplasmosis among couples by immune detection and genetic evaluation of Toxoplasma gondii
تشخيص داء المقوسات بين الأزواج بواسطة التحري المناعي والتقييم الوراثي لطفيلي Toxoplasma gondii

Loading...
Loading...
Abstract

In this study, 27 married patients were totally examined for the presence of antibodies against Toxoplasma gondii by using a standard commercial enzyme-linking immunosorbent assay (ELISA) and Polymerase Chain Reactin (PCR) technique was used evaluate the genome of this parasite. Of 27 whole blood of married samples, nested PCR was positive in 22 (77.77%) by got the 96 bp DNA fragment, 9(40.9%) of them appeared with IgM and 6 (27.27%) of no anti-Toxoplasma, while 7 (31.81%) was positive nPCR results revealed both IgM+ and IgG+ antibodies, and 5 (22.22%) were negative results obtained by ELISA and nPCR

في هذه الدراسة تم فحص مجموعة مكونة من 27 زوجا من المرضى المتزوجين تحريا عن وجود الأجسام المضادة للطفيلي Toxoplsma gondii باستخدام الاختبار المناعي المرتبط بالإنزيم ELISA مع تقييم مجين هذا الطفيلي بواسطة تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل (PCR). من مجموع 27 زوجا من عينات دم المتزوجين، كان لفحص الـ nested PCR لـ 22 عينة (77.77%) موجباً بعد الحصول على قطعة دنا بحجم 96 زوج قاعدي، وأعطت 9 عينات (40.9%) نتيجة إيجابية مع IgM و6(27.27%) ايجابي مع غياب الأجسام المضادة للمقوسة، بينما سجلت 7 عينات (31.81%) نتيجة إيجابية مع كل من nPCR ومع الضدين المتأزرين (IgM، IgG)، في حين ان خمسة عينات (22.22%) كانت النتائج فيها سلبية في كلا الاختبارين (الاختبار المناعي المرتبط بالإنزيم وتفاعل البلمرة المتسلسل).


Article
MOLECULAR CHARACTERIZATION OF OLIVE CULTIVARS IN IRAQ USING AFLP MARKERS
التوصيف الجزيئي لبعض أصناف الزيتون المزروعة في العراق باستعمال المؤشرات الوراثية AFLP

Loading...
Loading...
Abstract

Amplified fragment length polymorphism (AFLP) analysis was used to study the genotype relation among ten different olives varieties from al- zafrania and al-mosel station ministry of agriculture/Iraq Shami, Sorani, Manzanilla ,Kaissy, Arbequine ,Jlot, Baaskika ,Dahkan, Nabali, Khodeir , Nine primers combinations were used which produced about 250 amplified fragment. . One hundred and forty fife of these loci (59.8%) were polymorphic over all the genotypes tested. Dendrogram and matrix of similarity were obtained by the Unweighted Pair-GroupMethod analysis (UPGMA).study showed four group 1 : Jlot , Dahkan , Kiassy, Basskika 2 : Manzanilla, Khodeiri, Sorani, 3 : Nabali, Arbequine 4 : Shami . AFLP has a powerful tool for detecting genetic relationship among cultivars , and help in known the pedigree of relatives and ancestors .

استعملت تقنية AFLP لدراسة علاقة النمط الوراثي بين عشرة أصناف مختلفة من الزيتون من محطتي الزعفرانية والموصل التابعة لوزارة الزراعة العراقية وهي : شامي ,صوراني , منزانيلا , قيسي اربكوين , لبيب , بعشيقي , دهكان , نيبالي , خضيري . كما استعملت تسعة توليفات من البادئات أنتجت 250 حزمة 145 منها متعددة الأشكال وهذا التعدد يمثل 59.8% من جميع الأصناف المدروسة . اظهر المخطط البياني للتشابه بين الأصناف والمعتمد على تحليل (UPGMA) اربعة مجاميع شملت الأولى الأصناف : لبيب , دهكان ,قيسي , بعشيقي والثانية :الأصناف منزانيلا ,خضيري , صوراني والثالثة : نيبالي , اربكوين والرابعة : صنف الشامي . خلصت الدراسة إلى ان تقنية AFLP مفيدة جدا في تحديد العلاقات الوراثية بين الأصناف المتقاربة ومعرفة أصولها .

Keywords

Olive --- PCR --- AFLP --- Molecular Markers


Article
Real Time PCR as a Diagnostic Tool for HBV Infection in Iraq

Author: Mohammed Ghanim
Journal: Iraqi Academic Scientific Journal المجلة العراقية للاختصاصات الطبية ISSN: 16088360 Year: 2012 Volume: 11 Issue: 2 Pages: 146-150
Publisher: The Iraqi Borad for Medical Specialization المجلس العراقي للاختصاصات الطبية

Loading...
Loading...
Abstract

ABSTRACT :BACKGROUND:HBV infection is a worldwide infectious disease that acutely infects 2 billion yearly, thus finding a precise, accurate and sensitive diagnostic test for this infection is highly advisable. Real Time PCR has been introduced to achieve that mission.OBJECTIVE:Confirm the role of Real Time PCR as a precise tool for diagnosis of HBV infection in Iraq.PATIENTS AND METHODS:In this study, 40 patients of HBV with HBs Antigen positive serological test and 20 individuals with HBs Antigen negative were selected to be the material of the study and they were tested by Real Time PCR to estimate the exact amount of HBV genome in their blood.RESULTS:All the cases with HBs Antigen positive have had viral load with different values and no case with HBs Antigen negative have been found to have any viral element.CONCLUSION:Real Time PCR is useful and precise tool for the diagnosis and monitoring of patients with HBV infection and further studies are required to find a useful classification of the viral load and a correlation need to be found between viral load and the serological panel and especially HBe Antigen and HBe Antibody

Keywords

real time pcr --- hbv --- diagnosis


Article
DETECTION OF ENTEROTOXIN GENES OF STAPHYLOCOCCUS AUREUS ISOLATES FROM RAW MILK .
الكشف عن جيناث الذيفاناث المعوية في جزثومة المكوراث العنقودية الذهبية المعزوله من الحليب الخام بتقنية تفاعل البلمرة المتعدد

Author: Mohammed H. Khudor محمد حسن خضر
Journal: Basrah Journal of Veterinary Research. مجلة البصرة للابحاث البيطرية ISSN: Print:18138497 E; 24108456 Year: 2012 Volume: 11 Issue: 1 Pages: 254-264
Publisher: Basrah University جامعة البصرة

Loading...
Loading...
Abstract

A total of 200 samples of raw milk (100 cow milk and 100 buffaloe milk) were collected from different markets in Basrah city and were analyzed for the presence of Staphylococcus aureus . Results indicate that this bacterium was observed in 28.5% of total samples (30% of cow milk and 27% of buffalo milk) Enterotoxin genes (Sea-See) were investigated using a polymerase chain reaction (PCR). Staphylococcal enterotoxin C gene ( Sec ) was detected in 24.56% of the S. aureus isolates , while none of the S. aureus isolates harbouring Sea, Seb,Sed or See genes.


Article
Some Rapid Methods for Oral Treponema Detection
بعض الطرق السريعة في تشخيص جراثيم تريبونيما الفم

Author: Summaya A. Al- Hamdonii سمية عدنان صالح الحمدوني
Journal: Rafidain journal of science مجلة علوم الرافدين ISSN: 16089391 Year: 2012 Volume: 23 Issue: 3E Pages: 23-32
Publisher: Mosul University جامعة الموصل

Loading...
Loading...
Abstract

The present study investigates the presence of four oral Treponemal species using rapid molecular methods. Subgingival fluid samples were obtained before and after one week of scaling and the nucleic acid was liberated from the bacterial cells to be used as a template for PCR. Specific primers for each Treponemal species targeted to16SrDNA sequence was depended.89% of samples were positive for Treponema sp., 88% of them were positive to the presence of more than one type. T. amylovorum, T. medium, T.socranskii, and T. vincentii were detected in 72%, 87%, 76 % , and 28% respectively with higher percentage at pocket depths >5 mm. Molecular method was able to detect Treponemal species even after scaling, however, in lower percentage than before it.

تبحث الدراسة الحالية عن وجود أربعة أنواع منTreponema الفم باستخدام الطرائق الجزيئية السريعة. تم الحصول على عينات من سائل تحت اللثة قبل وبعد اسبوع واحد من إجراءscaling وتم تحرير الحامض النووي من الخلايا البكتيرية لاستخدامه كقالباً في تفاعل PCR. تم اعتماد بوادئ متخصصة لتتابع16SrDNA لكل نوع Treponema. أظهرت النتائج أن 89% من العينات كانت موجبة لوجود Treponema sp.، 88% منها كانت موجبة لوجود أكثر من نوع واحد. شخصت الأنواع T. amylovorum ،T. medium، T. socranskii ، T. vincentii بنسبة 72%، 87%، 76%، 28% على التوالي وبنسبة أعلى عند عمق جيب 5< ملم. تمكنت الطرائق الجزيئية من الكشف عن هذه الأنواع بعد إجراء scaling لكن بنسبة اقل من نسبتها قبل إجراءscaling .

Keywords

Oral Treponema --- 16S rRNA --- PCR.


Article
Detection of Human Cytomegalovirus (HCMV) among Infertile Male in AL-Najaf governorate

Authors: Saif Jabbar Yasir --- Kareem Thamir Mashkoor --- Ghanim Aboud Al-Mola
Journal: kufa Journal for Nursing sciences مجلة الكوفة لعلوم التمريض ISSN: 22234055 Year: 2012 Volume: 2 Issue: 3 Pages: 123-128
Publisher: University of Kufa جامعة الكوفة

Loading...
Loading...
Abstract

The current study aimed to detect human cytomegalovirus among infertile individual. Bloodand seminal fluid collected from 300 infertile male randomly , ELISA technique was used to know theactivity of humoral immunity among them through measuring anti-HCMV IgM and IgG antibodies ,the result revealed that 31 (11%) were positive for IgM result and 234 (78%) were positive for IgG.The PCR technique showed that out of 300 samples only 22 (7.4%) gave positive results,In case of control group, results were negative for anti- HCMV IgM antibodies in ELISA testand PCR technique. While IgG gave a weak positive results.Aim of the study:The present study was to study the relationship between the virus and infertility throughdetection of human cytomegalovirus (HCMV) infection in infertile male in AL-Najaf governorate byscreening of anti-human cytomegalovirus IgM and IgG in the serum and detection of humancytomegalovirus DNA in seminal fluid, using PCR technique.

هدفت هذه الدراسة إلى التحري عن الفيروس المضخم للخلايا البشرية بين الذكور الذين يعانون من العقم. تم جمع عينات الدم و السائل المنوي بصورة عشوائية من ثلاثمائة مريض، لمعرفة نمط العدوى فيما بينها. تم استخدام تقنية ELISA لمعرفة نشاط المناعة الخلطية للازواج من خلال قياس الاجسام المضادة للفايروس البشري المضخم للخلايا ال IgM و IgG، أظهرت أن 31 (11 %) كانت النتيجة موجبة لأضداد الـ IgM و 234 (78 % (كانت موجبة لأضداد الـ IgG . أظهرت تقنية PCR أن من أصل 300 عينة 22 فقط (% 7.4) اعطت نتيجة ايجابية.اما في حالة مجموعة السيطرة، كانت النتائج سالبة بالنسبة للاجسام المضادة للفايروس المضخم للخلايا البشري باستخدام اختبار ELISA، وتقنية, PCR. في حين اعطت الاجسام المضادة IgG نتائج موجبة ضعيفة.

Keywords

HCMV --- Infertile males --- ELISA --- PCR


Article
GENOTYPING OF THE ABO BLOOD GROUP SYSTEM IN IRAQ POPULATION USING PCR-RFLP
التنميط الوراثي لمجموعة الدم ABO للمجتمع االعراقي بإستعمال PCR-RFLP

Author: Mohammed I. Nader
Journal: Iraqi Journal of Biotechnology المجلة العراقية للتقانات الحياتية ISSN: 18154794 Year: 2012 Volume: 11 Issue: 2 Pages: 464-474
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

Due to a large number of alleles that could give similar phenotypes but differ in genomic structure. This study study was conducted to determine the ABO genotyping by use PCR-RFLP method. Blood samples withdrawn from 30 unrelated individuals who appear to be healthy. ABO system phenotype grouping was detected by two immunoagglutination tests. Slide and ELISA were done for all samples. Homozygous allele was selected by chosen special family which gives known offspring according to Mendel laws. The DNA was extracted by using two methods, the manual method by using extra gene kit gives relatively high yield concentration (5-10µg/ml) but slightly low purity (0.9-3.3) and the automated BioRobot EZ1 gives slightly lower yield of DNA(4-8 µg/ml) but high purity (1.6–2.2) in comparison with manual method . Two separate segments of ABO gene the glycosyltransferases gene (216pb) in exon 6 and (703pb) in exon 7 were amplified using two sets of specific primers. Restriction digisten of the two amplification PCR productes was used for discrimination of AB and O allells.

هدفت الدراسة الى الكشف الجزيئي لمجموعة الدم ABO ومطابقتها مع الكشوف المختبرية المعتمدة على النمط الظاهري وإيجاد أنسب الظروف لعمل الكشف الجزيئي. توجد العديد من السمات التي تتشابة بالنمط الظاهري لكنها تختلف بالتركيب الوراثي ومن أبرز الأمثلة عليها جين مجموعة الدم ABO. جمعت عينات الدم من 30 شخص بدو من الفحص الظاهري أنهم أصحاء, أستعملت طريقتين للتحري عن النمط الظاهري لفصائل الدم لكل النماذج. الطريقة الاولى التلازن المباشر على الشريحة, الطريقة الثانية هي اليلايزا، إذ تطابقت النتائج لطريقتان علماً ان الطريقتان لم تميزا نوع الاليل. تم إنتخاب أفراد من أبوين معلومين لصنف الدمAB) ) حيث يكون نسل هذه العوائل متجانس الزيجة Homozygous وذلك لقلة صفة التجانس الوراثي في المجتمعات مقارنةً بالطرز الهجين . Heterozygous عزلت المادة الوراثية بطريقتين, الطريقة اليدوية بإستعمال عدة العزل وكانت ذات تركيز عالي نسبياً (10 – 5 ميكروغرام) لكنها بنقاوة دون المثالية (3.3 – 0.9). كانت نقاوة الطريقة الميكانكية بإستعمال جهاز عزل المادة الوراثية الالي (EZI )أفضل (2.2- 1.6) لكنها أقل تركيزاً (8 – 4 ميكروغرام) مقارنهً بالطريقة اليدوية. ضبط تركيز المادة الوراثية مع مايلائم طريقة تفاعل التضاعف التسلسلي (PCR)وأستعملت تسلسلات من بادىء البلمرة( Primers ) مخصصة لمضاعفة قطعتان تمثل جينABO بجميع اليلاته. تم مضاعفة قطعتان من جين ABO, القطعة الاولى في المحور 6 تتضمن النيوكليوتيد 261, والقطعة الثانية في المحور7 والمتضمنة النيوكليوتيد 703(جين ABO يتكون من 7 اكسونات و 6 انترونات) نتجَ من مضاعفة القطعة الاولى 200 زوج قاعدة بينما نتج عن القطعة الثانية 128 زوج قاعدة. فصلت نواتج بإستعمال النيوكليوتيدات 261 و 703 لتميز اليلات مجاميع الدم A,B,O بواسطة أنزيمات التقييد.

Keywords

Abo Blood --- PCR-RFLP --- Genotyping


Article
The Vallue off Pollymerase Chaiin Reacttiion iin tthe Diiagnosiis off Tubercullous Meniingiittiis iin a Samplle off Iraqii Pattiient

Authors: Akram M. Al-Mahdawi --- Kareem M.Al-Tameemi --- Eman Sh. Al-Obeidy --- ***,Laith Ahmed
Journal: Iraqi Academic Scientific Journal المجلة العراقية للاختصاصات الطبية ISSN: 16088360 Year: 2012 Volume: 11 Issue: 3 Pages: 382-391
Publisher: The Iraqi Borad for Medical Specialization المجلس العراقي للاختصاصات الطبية

Loading...
Loading...
Abstract

ABSTRACT:BACKGROUND:Tuberculous meningitis (TBM) is a medical emergency. Early diagnosis is of utmost importance to minimize morbidity and mortality. Polymerase chain reaction (PCR) seems to be a promising test for rapid and early diagnosis of TBM.OBJECTIVE:To investigate whether PCR detects tubercle bacilli in CSF specimens that are missed by direct microscopy and culture, and if so whether PCR has significant diagnostic value compared to conventional methods.METHODS:PCR, culture and acid- fast bacilli (AFB) were performed on CSF samples taken from 43 patients with TBM (based on clinical features and cytochemical parameters of the CSF) and 15 with non- TBM as control group.RESULTS:Of the 43 CSF specimens from highly probable TBM patients, 33 were positive by PCR (76.7%), whereas only 5 was acid-fast microscopy (AFM) positive (11.6%) and 22 were culture positive (55.2%). No positive results were found by AFM, culture or PCR in the non-tuberculous control group.CONCLUSION:The results of this study indicate that application of PCR is extremely useful for the diagnosis of TBM.The PCR is superior to the currently available techniques for the diagnosis of tuberculous meningitis in terms of sensitivity, specificity and rapidity and can play a critical role in the diagnosis of suspected cases.

Listing 1 - 10 of 34 << page
of 4
>>
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (34)


Language

English (26)

Arabic and English (4)

Arabic (3)


Year
From To Submit

2012 (34)