research centers


Search results: Found 71

Listing 1 - 10 of 71 << page
of 8
>>
Sort by

Article
Tracking of Ceotaneous Leishmaniasis by Parasitological, Molecular and Biochemical Analysis
تعقب الليشمانيا الجلدية بالاختبارات التحليلية الطفيلية والجزيئية والكيموحيوية

Authors: Thikra Abdullah Mahmood --- Muhsin A. Al-Dhalimi --- Baqur A. Sultan --- Sundus Nsaif AL- Hucheimi
Journal: kufa Journal for Nursing sciences مجلة الكوفة لعلوم التمريض ISSN: 22234055 Year: 2015 Volume: 5 Issue: 1 Pages: 65-74
Publisher: University of Kufa جامعة الكوفة

Loading...
Loading...
Abstract

Background: In areas of endemicity without sufficient laboratory infrastructure, identification of Leishmaniaparasites is useful for control and preventive plan and very important since species differentiation is instrumental in selection of optimal therapy and treatment regimens.Aim: The present study was performed to identify the species and strain of Leishmaniaparasiteisolated from different endemic areas .Materials and Methods: In a consecutive series of 126 patients referred for a suspected CL lesion during October 2010 to December 2012 in five Iraqi provinces, direct smear and culture followed by molecular and biochemical analysis were done using nested-PCR and cellulose acetate electrophoresis. Results: Direct smears revealed that 90 (71%) patients gave positive results under light microscope. Out of 126 cases,83(65%) gave positive growth in modified NNN medium and RPMI-1640 with fetal bovine serum followed by sub-culture in drosophila Schniders media. Out of 83 postive growth culture,only 52 specimens were studied by nested - PCR .It was found that 45(86.5%) cases in the generation of a 560 bp DNA and 7(13.4%)patients displayed a fragment of 750 bp, corresponding to L. major and L. tropica, respectively. Cellulose acetate electrophoresis (CAE) was performed by 4 enzyme systems (glucose phosphate isomerase, leucilphosphate, manose phosphate isomerase and 6phosphogluconate dehydrogenase). The results showed that L.major(LV39) isolate were in 20 mass cultivated cultureConclusion: Nested-PCR and cellulose acetate electrophoresis was an ideal method for discrimination of Leishmania. spp. and variants. Both L. major and L. tropica were the causative agents of cutaneous leishmaniasis but L.major was the main species in study area .Recommendations: As a result of the observations made during the whole study period, nested- PCR is very suitable method, which can be used as a basis for future applications. Opening number of research centres situated in the country offer DNA applications for so-called “parasite tracking.” Such an application is probably more relevant for epidemiological purposes than for diagnosis. (e.g., in outbreak investigations or tracking drug-resistant parasite strains). After collection in the field, samples can be simply transferred to such a centre for further analysis. More experimental studies for effective vaccine are developed for leishmaniasis.

الهدف: تشخيص الأنواع والسلالات والعتر لمسببات الليشمانيا الجلدية لمختلف المناطق الموبوئة المنهجية: أجريت الدراسة الحالية في خمسة محافظات وغطت سبعة مستشفيات كحقل للدراسة من تشرين الأول/2010 الى كانون الأول/2012، وقد أنجز فحص الترحيل الكهربائي لخلات السليلوز( Cellulose acetate electrophoresis ) في معهد (Walter Reed) للبحوث في الولايات المتحدة الأمريكية. الفحص المجهري المباشر تم بثلاثة طرق(السائل المسحوب من القرحة,خزعة الجلد وقطرات الدم المنسابة أثناء الخزعة) . تضمنت الدراسة زراعة العينات على الوسط الزرعي NNNالمحور و RPMI-1640مع مصل العجل الوليد,يتبع بزراعة العينات على الوسط الزرعي Drosophila Schneider. تعرضت هذه الدراسة للتشخيص الدقيق للطفيلي المسبب لليشمانيا الجلدية بواسطة استخدام الفحوصات الجزيئية والكيماحياتية تطرقت تلك الدراسة إلى Isoenzym profil في(20) عينة من مجموع الحالات المرضية التي أظهرت نتائج موجبة للزرع بواسطة الأوساط الزرعية وتم مقارنتها مع السلالات والعتر المصدرية باستخدام الترحيل الكهربائي لخلات السليلوز (Cellulose acetate electrophoresis)لأربعة أنزيمات (glucose phosphateisomerase,leucilphosphate,manose phosphate isomerase and 6phosphogluconate dehydrogenase) .النتائج :أظهرت نتائج الدراسة ان 90 (71%)من المرضى أعطوا نتائج موجبة عند الفحص تحت المجهر الضوئي. عند زراعة العينات على الأوساط الزرعية فوجد أن 83(65%) من العينات أعطت نتائج موجبةو بينت الدراسة بأن 52(41%) من مجموع الحالات المرضية التي أظهرت نتائج موجبة للزرع بواسطة الاوساط الزرعية درست بواسطة Nested-PCRوبأستخدام نوعين من البادئات لتحديد جنس وسلالة وعترة الطفيلي. أظهرت الدراسة 45(86,5%) من الحالات كانت L.major (560 bp) و7(13,5%) كانت L.tropica (750 bp).Isoenzymprofile في(20) عينة من مجموع الحالات المرضية التي اظهرت نتائج موجبة للزرع بواسطة الأوساط الزرعية تم مقارنتها مع السلالات والعتر المصدرية بأستخدام الترحيل الكهربائي حيث أظهرت النتائج أن L.major(LV39)وجدت في كل الحالات.الاستنتاج:يعتبر ال (nested-PCR و CAE طرق مثلى في تمييز وتشخيص أجناس الليشمانيا وأنواعها .كانت (L.major وL.tropica العوامل المسببة لليشمانيا الجلدية في حين L.major كانت النوع السائد في منطقة الدراسة.التوصيات:1-نتيجة لما تم ملاحظته في فترة الدراسة نوصي باستخدام PCR كأساس للتطبيقات المستقبلية.2 -فتح عدد من المراكز البحثية في القطر لما يسمى بتعقب الطفيلي تستخدم للأغراض الوبائية بالإضافة إلى التشخيص.3 -إجراء دراسات تجريبية للحصول على لقاح.

Keywords

Leishmaniasis --- Nested PCR


Article
Physiological and Molecular Study for Uromodulin Gene Effect and its Relation with Recurrent UTI in Sample of Anbar Province Females
دراسة فسلجية جزيئية لتأثير الجين Uromodulin وعلاقته بإلتهاب المجاري البولية المتكرر في عينة من نساء محافظة الانبار

Authors: Hanan H. saleh حنان حمدي صالح --- Samir M. Khalif سمير مشرف خلف --- Ahmed A. Suleiman احمد عبد الجبار سليمان
Journal: Journal of university of Anbar for Pure science مجلة جامعة الانبار للعلوم الصرفة ISSN: ISSN:PISSN: 19918941/EISSN: 27066703 Year: 2015 Volume: 9 Issue: 2 Pages: 56-62
Publisher: University of Anbar جامعة الانبار

Loading...
Loading...
Abstract

The current study Included (100) women suffering from recurrent infection of the urinary tract revisions for hospitals and civil laboratories in Anbar province, the category of age among women (10-50 years), in addition to (40) women do not have any history of infection in the same age group as a control sample for comparison. The study achieved in period between 03/09/2013 to 27/12/2014 .The highest recorded rate of infection in the age ranged between (21-35 years) (48%), also the high incidence observed were among married women (62%), and most infection were in women of villages and rural areas(67%). The current study involved measuring the level of concentration of Tamm horsfall protein (THP) the study showed a significant decrease at P≤0.05 in (43%) and the rate of individuals (6.2 ± 38.3) Ng / ml compared with control sample, which was (7.4 ± 256.2) Ng / ml. The study also included molecular tests (for women suffering from UTI and THP concentration disorders) using Polymerase Chain Reaction technique and using three specific primers for the detection of any trouble in Uromodulin gene and its relationship to UTI. The results showed a significant increase P≤0.05 for the study sample represents (24,19,18) absence time of primers bands in some cases to appear different bands from the expected size compared with the control sample that did not show any of the previous cases.

اشتملت الدراسة الحالية على (100) امرأة مصابة بالتهاب المجاري البولية المتكرر من المراجعات للمستشفيات والمختبرات الاهلية في محافظة الانبار بفئة عمرية بين(10- 50 )سنة ، بالإضافة الى (40) امرأة ليس لديهن اي تاريخ مرضي للإصابة بالتهاب المجاري البولية وبنفس الفئة العمرية كعينة سيطرة للمقارنة. امتدت الدراسة للفترة بين 3/9/ 2013ولغاية 27/12/2014 اذ سجلت اعلى نسبة للإصابة في الفئة العمرية (21-35) سنة (48%) ، كما لوحظ ارتفاع نسبة الاصابة لدى النساء المتزوجات (62%) ، وساكني القرى والارياف (67%).تضمنت الدراسة الحالية قياس مستوى تركيز بروتين (THP)Tamm horsfall proteinفي عينات الدراسة وقد اظهرت انخفاضا معنويا P≤0.05 في (43%) من افراد عينة الدراسة وبمعدل (6.2±38.3)Ng/ml مقارنة بعينة السيطرة التي بلغ فيها معدله (7.4±265.2)Ng/ml.كما اشتملت الدراسة اجراء اختبارات الكشف عن جين THP للنساء التي تعاني من التهاب المجاري البولية واضطراب في تركيز بروتين THP)) باستخدام تقنية تفاعل السلسلة المتبلمر Polymerase chain reaction(PCR) وبالاستعانة بثلاثة بادئات متخصصة Specific primers للكشف عن اي اضطرابات على الجينUromodulinوعلاقته بالتهاب المجاري البولية ، وقد أظهرت الدراسة وجود ارتفاع معنوي P≤0.05 لدى عينة الدراسة تمثل (24،19،18) حالة غياب للحزمة في البادئات المستخدمة وبعض حالات الظهور بحجم مختلف عن المتوقع مقارنة مع عينة السيطرة التي لم تظهر اي حالة من الحالات السابقة

Keywords

THP --- Uromodulin --- PCR --- UTI


Article
Genetic relation between three morphological states of N2-fixing Cyanobacteria by using PCR technique
العلاقة الوراثية للاشكال المورفولوجيه الثلاثة من السيانوبكتريا المثبتة للنتروجين باستخدام تقنية الـPCR

Loading...
Loading...
Abstract

Three nitrogen fixing Cyanobacteria purified isolates were selected which express the three morphological states, first Oscillatoria chlorina as an example of filamentous non Heterocysts Cyanobacteria and second Microcystis rubusta as an example of Unicellular Cyanobactera and third Anabaena spiroides as an example of filamentous Cyanobacteria containing a Hetrocysis, these isolate were cultured on ASM-1 free nitrogen medium using light tension of lux (2500) and temperature of 25°C. Total DNA were isolated and found that its concentration varied between (1.3 to 1.8) the concentration was fixed in order to obtain that each 100 l contains 50 ng/l. Primers for RAPD-PCR were used to detect the genetic variation between the three genera of Cyanobacteria understudy and in order to diagnose the genetic relationship and to detect the genetic dimension between these isolates in order to use these results to found the genetic fingerprint. Eleven primers were used in RAPD-PCR reaction and 10 of them were positive. The OPC-05 gave the high number of bands (20 bands) while OPA-18 and OPJ-13 gave the lowest (9 bands).The genetic dimension between the three isolates were compatible with the morphological, microscopical and physiological results obtained as we found that Microcyctis rubusta and Anabaena spiroides were closely related and Oscillatoria chlorine was far genetically.

أختيرت ثلاث عزلات نقية من السيانوبكتريا المثبتة للنتروجين الجوي تمثل الأشكال المورفولوجية الثلاث، الأولىOscillatoria chlorina كمثال للسيانوبكتريا الخيطية بدون حوصلة مغايرة، والثانية Microystis rubusta كمثال للسيانوبكتريا أحادية الخلية، والثالثة Anabaena spiroides مثال للسيانوبكتريا الخيطية الحاوية على الحوصلة المغايرة، وقد نميت هذه العزلات على وسط ASM-1 الخالي من النتروجين لمدة عشرون يوماً وتحت ظروف من شدة اضاءة lux (2500) ودرجة حرارة 25م. تم عزل الـــ DNA وتقدير تراكيزه ونقاوته التي تراوحت ما بين (1.3-1.8) وضبط تركيزه للحصول على حجم (100) مايكروليتر بتركيز 50 نانوغرام/مايكروليتر لكل عينة. استخدمت مؤشرات الـــ RAPD-PCR لتحليل التباين الوراثي بين الأنواع الثلاثة للسيانوبكتريا قيد الدراسة للكشف عن العلاقة الوراثية ولتحديد البعد الوراثي بين هذه الأنواع ومن ثم استخدام هذه النتائج لإيجاد البصمة الوراثية. استخدم (11) باديء في تفاعلات RAPD- PCRوأعطت (10) منها تضاعف وامتلك الباديءOPC-50 اعلى عدد من الحزم اذ بلغت (20) حزمة في حين امتلك كل من البادئين OPA-18 و OPJ-13 اقل عدد من الحزم وهي (9) حزمة. تم إيجاد البعد الوراثي بين الأنواع الثلاثة والتي تؤكد وتدعم نتائج الاختبارات المظهرية والمجهرية والفسلجية وأظهرت نتائج التحليل الوراثي أنّ النوعين rubustaMicrocystis وAnabaena spiroides هما الأقرب وراثياً في حين أنّ النوع Oscillatoriachlorina كان الأبعد وراثياً عنهما.


Article
Molecular and Epidemiological Study of Cryptosporidium spp. in Mid-Euphrates Area
دراسة جزيئية و وبائية Cryptosporidium spp في منطقة الفرات الأوسط

Author: Karar Mohammed Abdul-Sada
Journal: kufa Journal for Nursing sciences مجلة الكوفة لعلوم التمريض ISSN: 22234055 Year: 2015 Volume: 5 Issue: 1 Pages: 102-112
Publisher: University of Kufa جامعة الكوفة

Loading...
Loading...
Abstract

Objectives: the aim of present study was to search for Cryptosporidium spp. in our children and tracking different epidemiological effects.Methodology: Random fecal specimens were collected from 467 of children whom attended to hospitals from four Iraqi governorates, modified Ziehl-Neelson staining for all samples, two advanced PCR techniques (Nested PCR and Real Time PCR) were used for all positive samples to detect species. Data was analyzed by use of Yat’s Chi-square test.Results: Among the 467 examined children, Cryptosporidium Oocysts were found to be excreted in 39 (8.35%) of them. Molecular tests showed that C. parvum and C. hominis found in 72.9% and 24.3% of positive samples respectively, two samples (5.1%) explain mixed species infection, whilst one sample (2.7%) don’t reveal any amplification, that may mean species other than of C. parvum or C. hominis.Conclusions: The present study emphasized the public health importance of Cryptosporidium spp in the study area. It seems that zoonotic species (C. parvum) is the most important cause of infection in the region. According to our knowledge, this report is the first that recorded the species of Cryptosporidium in Iraq.Recommendations: Further studies at different areas and age groups are required to investigate the molecular epidemiology of cryptosporidiosis in our community, and also in the animals to evaluate the role of zoonotic transmission in cryptosporidiosis epidemiology.

الهدف: تهدف الدراسة إلى الاستقصاء عن طفيلي .Cryptosporidium spp في الأطفال والتعرف على المؤثرات الوبائية المختلفة . المنهجية: جمعت النماذج البرازية بشكل عشوائي مِنْ 467 مِنْ الأطفالِ الذين راجعوا مستشفيات مِنْ أربع محافظاتِ عراقيةِ، صبغت المسحات البرازية بصبغة Ziehl-Neelsen المحورة، استخدمت اثنتان من تقنياتِ PCR المتقدّمة (Nested PCR and Real Time PCR) للتحري عن الانوعِ في كافة العينات الموجبة. تم تحليل النتائج إحصائيا بطريقة Yat’s Chi-square.النَتائِج: من بين الأطفالِ المَفْحُوصينِ الـ467،َ تبين وجود أكياس البيض لطفيلي Cryptosporidium في براز 39 (8.35 %) منهم. أظهرت الاختبارات الجزيئيةَ بأنّ الانواع Cryptosporidium parvum و Cryptosporidium hominis وَجدا في 72.9 % و24.3 % مِنْ العيناتِ الإيجابيةِ على التوالي، عينتان (5.1 %) تُوضّحانِ عدوى مُخْتَلَطة بكلى النوعين ، بينما عيّنة واحدة فقط (2.7 %) لم تظهر أيّ تضاعف مخبري للحمض النووي، الذي قَدْ يَعْني نوعَ ما آخر عدا C. parvum أَو C. hominis. وقد تم تحليل النتائج إحصائيا باستخدام طريقة الاستنتاجات: أَكّدتْ الدراسةُ الحاليةُ أهميةُ أنواع طفيلي Cryptosporidium spp في منطقةِ الدراسةَ. بالإضافة لذلك يَبْدو بأنّ النوعَ Cryptosporidium parvum المسببُ الأكثر أهميةً للعدوى في المنطقةِ. طبقاً لمعرفتِنا فان هذه الدراسة هي الأولى التي سجّلَت أنواع Cryptosporidium في العراق.التوصيات: الحاجة إلى دراسات إضافية في مناطق أخرى تشمل كل الأعمار للتعرف عل معلومات أكثر عن الوبائية الجزيئية لداء الابواغ الخبيئة في مجتمعنا، كذاك دراسته في الحيوانات لتقييم دورها في وبائيته.


Article
In Term of Molecular Technique, Taxonomic and Diagnostic Aspects of Chronic Human Brucellosis in Ramadi City
حقائق تصنيفية وتشخيصية لحمى مالطا الانسان المزمنة في مدينة الرمادي اعتمادا على التقنية الجزيئية

Authors: Ban H. K. Al- Khater بان خلف الخاطر --- Dr. Mushtak T. S. Al- Ouqaili مشتاق طالب العكيلي --- Dr. Salah N. Al- Anii صلاح نوري العاني
Journal: Al- Anbar Medical Journal مجلة الأنبار الطبية ISSN: PISSN: 27066207 / EISSN: 26643154 Year: 2015 Volume: 12 Issue: 1 Pages: 1-12
Publisher: University of Anbar جامعة الانبار

Loading...
Loading...
Abstract

Background: The diagnosis of chronic brucellosis is frequently difficult to establish. The disease may clinically mimic any infectious and noninfectious disease. This study has been laid down to evaluate PCR technique in the diagnosis of chronic brucellosis in comparison to conventional techniques.Patients and methods:- One Hundred Forty Four peripheral blood samples obtained from tow group: one hundred twenty four samples from patients with highly suspicion brucellosis and twenty samples from healthy volunteers. The samples were tested by serology using Rose Bengal test (RBT), serum agglutination test (SAT) and 2- Mercapto-ethanol. Blood culture using monophasic blood culture technique, Castaneda biphasic blood culture technique and lysis centrifugation blood culture method. Also, the samples submitted to polymerase chain reaction using primer sets (B4 and B5) to amplify a 223- bp region coding for 31- kDa Brucella antigen was achieved. Furthermore all positive PCR samples were submitted to PCR cocktail to differentiate Brucella species.Results:- Out of 124 (86.1%) blood samples from patients with chronic brucellosis, 36 (29.03%) showed strong positive for RBT. On the other hand, 61 (49.2%) cases were positive when SAT≥1/320, 104 (83.9%) cases revealed positive results when the SAT titer ≥1/160 and 118 (95.2%) represented positive cases when SAT titer ≥1/80. Also all blood samples submitted to mono and biphasic blood culture technique were 50 (40.3%) and 64 (51.6%) represented positive results respectively, while only 40 blood samples were submitted to lysis centrifugation blood culture technique, 35 (87.5%) revealed positive results. Also, 103 (83.1%) showed positive results for PCR. Out of these cases, 77 (74.8%) represented positive results (B. melitensis), while 26 (25.2%) showed negative cases. Finally, among the twenty (13.9%) controls, serological test, blood culture and PCR were negative.Conclusions:- The study suggested that combination of Rose Bengal test and serum agglutination test ensured the diagnosis of brucellosis. Also Castaneda biphasic blood culture method had improved the rate of isolation and reduce the period of incubation. Further, lysis centrifugation blood culture technique showed increase in the rate of isolation especially in chronic stage. On the other hand, the current study suggested that PCR has several advantages over the conventional methods for the diagnosis of human brucellosis such as speed, safety, high sensitivity and specificity. Furthermore, PCR is very specific and highly sensitive technique that can be used not only for detection of Brucella antigen in any stage of the disease but also in differentiating Brucella species by using PCR cocktail which used different sets of primers.

الخلاصة:-يعد مرض حمى مالطا من الامراض المستوطنة في العراق و العديد من بلدان العالم. مرض حمى مالطا هو مرض انتقالي zoonosis ينتقل الى الانسان بطرق متعددة و متنوعه. أن تشخيص هذا المرض يحمل الكثير من التحديات خصوصا في الطور المزمن. تضمنت الدراسة الحالية محاوله المقارنة بين طرق مختبرية متنوعة لتشخيص المرض اخذين بنظر الاعتبار الدقة و السرعة في اجراء الاختبارات. اجريت الدراسة على 144 عينة دم محيطي منها 20 عينة مقارنه و 124 عينة أخذت من مرضى مراجعين لمختبرات الاحياء المجهرية في مدينة الرمادي والمتوقع اصابتهم بالمرض.خضعت هذه العينات في الجزء المصلي من هذه الدراسة لاختبار الروزبنكال و كانت النتائج موزعه على اربع مجاميع هي: تلازن قوي, تلازن متوسط القوة, تلازن ضعيف وحالات تحمل النتيجة السالبة بواقع 36, 60, 20, 8 على التوالي. فيما يتعلق باختبار التلازن الانبوبي القياسي عندما اعتمد التخفيف 1/320 ≥ STA كحد تشخيصي موجب فأن 61(49.2%) مريض أعطوا نتائج موجبة وعندما أعتمد التخفيف 1/160 ≥ فأن 104 (83.87%) اعطوا نتيجة موجبة. اما عندما اعتمد التخفيف ≥1/80 فأن 118 (95.2%) أعطوا نتيجة موجبة. بالنسبة لاختبار 2- ميركابتوايثانول كان عدد الحالات الموجبة 89(71.8%).في هذه الدراسة خضعت جميع العينات لتقنية زرع الدم احادي الطور وثنائي الطور وقد عزلت جرثومة البروسيلا من 50(40.3%) و 64(51.6%) على التوالي. خضع جزء من العينات لطريقة زرع الدم المتحلل بواسطة الطرد المركزي و كانت النتائج موجبة في 35 (87.5%) من مجموع 40 حالة. خضعت جميع العينات في الجزء البيولوجي من هذه الدراسة لتقنية تضاعف البلمرة التسلسلي و كانت النتائج موجبه في 103 (83%) حالة. استخدمت ايضا تقنية خليط تضاعف البلمرة التسلسلي لتمييز انواع جرثومة البروسيلا من خلال استخدام مجموعات متنوعة من البرايمرات وكانت 77 (74.8%) منها تمثل Brucella melitensis ولم يظهر وجود ل Brucella abortus في هذه العينات. تبين من خلال هذه الدراسة انه من الضروري اجراء اختبار ثاني مكمل لاختبار روز بنكال و هو الاختبار الأنبوبي القياسي لتأكيد الاصابة. كما و تستنتج الدراسة ان تقنية زرع الدم ثنائي الطور حسنت نسبة العزل و خفضت فترة الحضن. كذلك اظهرت تقنية زرع الدم المتحلل بواسطة الطرد المركزي زيادة في نسبة العزل في الطور المزمن من المرض. علاوة على ذلك فأن لاختبار تضاعف البلمرة التسلسلي عدة محاسن بالمقارنة مع الطرق التقليدية الاخرى في تشخيص حمى مالطا المزمنة لدى الانسان مثل السرعة, الامان, الحساسية و النوعية العالية للاختبار. بالإضافة الى ذلك فأن اختبار تضاعف البلمرة التسلسلي يستخدم في تشخيص جرثومة حمى مالطا الانسان في أي طور من اطوار المرض وكذلك يستخدم كاختبار تمييزي بين انواع جرثومة حمى مالطا بواسطة استخدام خلائط البرايمرات.


Article
RT PCR Detection and Propagation of Respiratory Syncytial Virus in Human Lung Carcinoma Cells (A549) cell line
تشخيص وتنمية فيروس Respiratory Syncytial Virusبتقنية سلسلة تفاعل البلمرة في خطوط خلايا سرطانية لرئة الانسان A549) )

Authors: Layla F. Ali ليلى فؤاد علي --- Raghad G. Al-Suhail رغد غالب السهيل --- Faisal G. Naser فيصل غازي ناصر
Journal: Iraqi Journal of Science المجلة العراقية للعلوم ISSN: 00672904/23121637 Year: 2015 Volume: 56 Issue: 1A Pages: 69-74
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

In this study negative result of real-time reverse transcription-QPCR (RT-PCR) assay tests of Influenza virus of nasal screetion and throat swap samples of Iraqi patients hospitalized with signs and symptoms of an upper respiratory tract infection in Central Republic Health Laboratory in Iraq were tested for Respiratory Syncytial Virus infection by RT PCR .Positive samples was 4 out 0f 20 were used .Viral isolation was done on a monolayer of 70-80% confluent Human Lung Carcinoma Cells (A549) cell line and incubated at 33ºC for 4 days .Syncytia was observed in 3 positive samples

في هذه الدراسة تم اخذ 20 عينة من مسحات من افرازات الانف والحلق لمرضى عراقيين راقدين في المستشفيات واللذين يعانون من اصابات في الجهاز التنفسي والتي كانت نتائج فحص سلسلة تفاعل البلمرة الكمي QPCR RT- لفيروس الانفلونزا سالبة .تم فحص هذه العينات للكشف عن وجود اصابة بفيروس Respiratory Virus Syncytial بفحص سلسلة تفاعل البلمرة RT PCR في مختبر الصحة المركزي .كانت نتائج 4 عينات موجبة من مجوع العينات .تم عزل وتنمية الفيروس في خط خلايا رئة سرطانية للإنسان(A549) وحيث تم اصابة طبقة خلايا بكثافة %(80-70) وبعد فترة حضانة 4 ايام في 33 درجة مئوية تمت ملاحظة التأثيرات المرضية المتمثلة بتكون Synsytia في طبقة الخلايا لثلاث عينات موجبه.

Keywords

RT PCR --- RSV --- Tissue culture>


Article
EVALUATION OF THE ISOLATION AND DETECTION METHODS FOR SALMONELLA SPP. FROM EGG SHELL CONTAMINATION USING MULTIPLEX PCR.

Author: Israa Adnan Ibraheam Al-Baghdady*, Ashwak Bassim Jassim, Zainab Khudher Ahmed
Journal: Basrah Journal of Veterinary Research. مجلة البصرة للابحاث البيطرية ISSN: Print:18138497 E; 24108456 Year: 2015 Volume: 14 Issue: 1 Pages: 282-288
Publisher: Basrah University جامعة البصرة

Loading...
Loading...
Abstract

A total of seventy four egg samples were collected from different markets sources, toinvestigated for Salmonellaspp. the bacteria was isolated and identified using culturing onselective media, in addition to, biochemical and serotyping by monovalent antisera.Multiplex Polymerase Chain Reaction(PCR) detection of theinvA; and DH genes wasused for conformation of the identification of the Salmonella spp.. Twenty eight samplesfrom seventy four eggs provide positive results with PCR as Salmonella spp. dependingon InvA gene which is the target for the identification at the genus level.

Keywords

Egg shell --- invAgene --- Multiplex PCR


Article
Genetic Comparative Study of Staphyolococcus aureus& Staphylococcus epidermidis Isolated from Wounds, Burns and Skin Flora
دراسة وراثية مقارنة لبكتريا المكورات العنقودية الذهبية و العنقوديه البشرونيه المعزولة من أخماج الجروح و الحروق و الفلورا الطبيعية

Authors: Hala S. Abdul-Kareem هالة سالم عبد الكريم --- Ali S. Husain علي صالح حسين
Journal: Iraqi Journal of Science المجلة العراقية للعلوم ISSN: 00672904/23121637 Year: 2015 Volume: 56 Issue: 1C Pages: 708-712
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

One hundred specimens from wounds, burns, and skin swabs were collected from patients laying and attended to Balad general hospital. It was found that 50 isolates belong to Staphylococcus spp., 38 isolates were identified as S. aureus and 12 isolates were identified as S. epidermidis according to microscopic, cultural and biochemical testing. The study of seven extracellular enzyme as virulence factors including the enzymes: urease, lipase, DNase, haemolysin, coagulase, β-lactamase, and lecithinase. Reavealed that 100% of S.aureus had the ability to produce these enzymes, while S. epidermidis isolates were unable to produce the enzymes DNase, lipase, coagulase, but they were capable to produce haemolysin, urease, lecithinase, and β-lactamase, the range for production of these factors were 58.33 %,80,%, 10,%, and 45% respectively.Eighteen Staphyolococcus isolates were selected according of their ability for production most of studies virulence enzymes for detection of genes encoding for the enzymes heamolysine (hly) and coagulase (coa) by using of polymerase chain reaction (PCR) technique. The Gene hIy was detected in all isolates and coa was detected in 14 isolates only

جُمعت 100 عينة من أخماج جروح وحروق ومسحات جلدية من مرضى مراجعين وراقدين في مستشفى بلد العام , وبواقع 50مسحة من الجروح و 25 مسحة من الحروق و 25 مسحة من جلد المرضى . وجد ان 50 عزلة تعود لجنس Staphylococcus منها 38 عزلة تم تشخيصها على انها S. aureus و 12 عزلة تعود الى النوع S. epidermidis , شُخصت العزلات أعتماداً على الصفات المظهرية والزرعية والاختبارات الكيموحيوية . بينت دراسة أنتاجية بعض عوامل الفوعة و لسبعة إنزيمات خارج خلوية شملت كل من الإنزيمات : urease, lipase, DNase, haemolysin, Coagulase, β –lactamase, lecithinase أن كل عزلات S.aureus كانت لها القدرة على أنتاج كل تلك العوامل وبنسبة %100 , بينما كانت عزلات S.epidermidis غير منتجة للإنزيمات DNaseو coagulaseو lipase, لكنها أنتجت كل من انزيمات haemolysin,urease,lecithinase,β-lactamase وبنسب انتاج تراوحت %58.33,%80,%10.%45 على التوالي. انتخبت 18 عزلة من عزلات staphylococci اعتمادا على قدرتها في أنتاج أغلب عوامل الفوعة لتقيم وجود الجينات المشفرة للانزيمات , coagulase(coa) (haemolysin(hIy بواسطة تقنية تفاعل البلمرة التضاعفي المتسلسل polymerase chain reaction(PCR) .تبين وجود الجين hIy في جميع العزلات المدروسة ,بينما تواجد الجين coa في 14 عزلة فقط .


Article
PCR- Based Test for the Early Warning of Both Cylindrospermopsin and Saxitoxin in Iraqi Freshwater

Author: Ibrahim J. Abed
Journal: Al-Nahrain Journal of Science مجلة النهرين للعلوم ISSN: (print)26635453,(online)26635461 Year: 2015 Volume: 18 Issue: 3 Pages: 109-114
Publisher: Al-Nahrain University جامعة النهرين

Loading...
Loading...
Abstract

Cylindrospermopsins (CYN) and saxitoxins (STXs) are neurotoxins produced by a variety species of cyanobacteria. CYN is recognized as one of the most globally important of the freshwater algal toxins. STXs are mostly associated with marine dinoflagellates (eukaryotes) and several species of freshwater cyanobacteria. The aim of this study was to provide a rapid tool to detect cylindrosprmopsin and saxitoxin biosynthesis genes in freshwater and bloom. Microscopic identification of the studied samples demonstrated that the prevalent cyanobacteria in samples of freshwater and blooms were Lyngbya, Oscillatoria, Aphanizomenon, Chroococcus, Microcystis, Cylindrospermopsis and Anabaena. The molecular analysis revealed that aoaC gene was not detected in the freshwater samples at the three studied sites while sxtA was detected at one only. Also, the aaaC and sxtA genes were detected in the bloom at the three studied sites. In conclusion, The PCR technique applied in this paper was found to be useful and rapid test, particularly when the number of the target organism is very low in the freshwater sample.

سموم السلندروسبيرموبسين والساكسيتوكسين هي سموم عصبية تُنتجها انواع مختلفة من الطحالب الخضر المزرقة. السلندروسبيرموبسين يصنف كأحد السموم المهمة على نطاق العالم والمنتج من الطحالب الخضر المزرقة المستوطنة في المياه العذبة. سموم الساكسيتوكسين هي على الاغلب يكون افرازها مرتبط بالسوطيات الدوارة البحرية (حقيقية النواة) وبعض الطحالب الخضر المزرقة التي تستوطن المياه العذبة. هدفت هذه الدراسة الى تقديم طريقة سريعة للكشف عن الجينات المصنعة لسموم السلندروسبيرموبسين والساكسيتوكسين في المياه العذبة والازدهار الطحلبي. اظهر التشخيص المجهري للعينات التي دُرست ان الطحالب الخضر المزرقة السائدة في كلتا العينتين (المياه العذبة والازدهار الطحلبي) كانتLyngbya, Oscillatoria, Aphanizomenon, Chroococcus, Microcystis, Cylindrospermopsis و Anabaena. اظهر التحليل الجزيئي ان الجينaoaC لم يشُخص في المياه العذبة في المواقع الثلاثة التي دُر ست, يبنما الجين sxtA شخُص في موقع واحد فقط، كذلك شخصت الجينات aoaC و sxtA في الازدهار الطحلبي في المواقع الثلاثة التي دُرست. تعتبر تقنية تفاعل سلسلة البلمرة المطبق في هذه الدراسة كفحص مفيد وسريع, ولا سيما عندما يكون تركيز الكائن المستهدف منخفض جدا في عينة المياه العذبة.


Article
Isolation of Pathogenic Escherichia coli O78:K80 Serotype From Broiler Chicks with Spontaneous Pathological Conditions in Basra Province

Authors: Ali A.S.AL-Mayah --- Rajaa A.Z .Ali
Journal: Kufa Journal For Veterinary Medical Sciences مجلة الكوفة للعلوم الطبية البيطرية ISSN: 20779798 Year: 2015 Volume: 6 Issue: 1 Pages: 109-117
Publisher: University of Kufa جامعة الكوفة

Loading...
Loading...
Abstract

Escherichia coli (E. coli) is responsible for a variety of disease conditions which cause high economic losses in poultry due to high mortalities, decreased food conservation rate and condemnation of whole affected carcass or organs after slaughter. In the present study, 50 out of 70 broiler birds which have been collected from diseased chickens were exhibited lesions of fibrinous perihepatitis, fibrinous pericarditis and/or airsacculitis .Birds with these lesions were subjected for bacteriological examination.. The examination revealed isolation of 23 E. coli isolates with incidence of 46%. Concerning the virulence factors , the Congo red binding activity of these isolates reveled detection of 6 positive isolates with incidence of 26.08%. Serotyping showed that out of 6 Congo red positive strains, only 3 strains were serologically typed and were belonged to the serotype O78:K80. Detection of pathogenic E. coli serotypes was confirmed by PCR technique with specific primers for fimA and fimH genes. All these 3 isolates of the serotype O78:K80 were reacted with these 2 genes. Antibiogram suscebtibility pattern displayed sensitivity of these isolates to Chloramphinicol and Gentamicin and their resistance to Amoxicillin ,Erythromycin and Nalidixic acid.

Keywords

Escherichia coli --- serotyping --- virulence --- PCR

Listing 1 - 10 of 71 << page
of 8
>>
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (71)


Language

English (47)

Arabic (16)

Arabic and English (3)


Year
From To Submit

2015 (71)