research centers


Search results: Found 7

Listing 1 - 7 of 7
Sort by

Article
Touch DNA
الحمض النووي التلامسي (دراسة)

Author: Majeed Arsheed Sabbah مجيد ارشيد سباح
Journal: Jornal of Biotechnology Research Center مجلة مركز بحوث التقنيات الاحيائية ISSN: 18151140 Year: 2017 Volume: 11 Issue: 1 Pages: 17-19
Publisher: Al-Nahrain University جامعة النهرين

Loading...
Loading...
Abstract

Police investigators across the world use the genetic tests for incrimination to suspects as well as judges' use these tests for convictions. Genetic tests were accurate and sensitive for low DNA concentrations. Criminals may did not leave any visible evidences behind their crimes but they may leave some invisible cells when they touch surfaces can lead to their identity. Scientists try to improve methods for cells collection and DNA extraction in order to get suitable DNA quantity for genetic analysis. The DNA that isolated from touched surfaces as Touch DNA. Several factors play major roles in getting suitable DNA amount for genetic analysis those were related with the touch person, others related to the nature of the touched surfaces, cells collection and DNA extraction methods.

تعتمد الشرطة في العالم على الفحوصات الوراثية لتوجيه الاتهام الى المشتبه بهم كما تعتمدها المحاكم المختصة في اصدار احكامها. تمتاز الفحوصات الوراثية بدقتها وحساسيتها لتراكيز قليلة من الحمض النووي. قد لايترك الجناة اثار مادية واضحة للعيان تكشف هويتهم لكن ملامستهم لسطوح في مسرح الجريمة قد يترك بعض من الخلايا التي تدل على هويتهم. يحاول الباحثين تطوير طرق لجمع الخلايا وعزل الحمض النووي للحصول على كمية مناسبة قابلة للتحليل بالاجهزة المتاحة. يعرف الحمض النووي المعزول من السطوح المختلفة بعد لمسها بالحمض النووي التلامسي. عوامل كثيرة تلعب دورا في الحصول على كمية مناسبة من الحمض النووي قابلة للتحليل منها مايتعلق بطبيعة الفرد الذي لامس السطح ومنها مايتعلق بطبيعة السطح الذي تم لمسه ومنها مايتعلق بطريقة الجمع واستخلاص الحمض النووي والتحليل الوراثي.


Article
Trehalose and ascorbic acid improves the Cryopreservation of umbilical Cord Blood hematopoietic stem Cells (CD34+) with low Concentrations of Dimethylsulfoxide
التريهالوز وحامض الاسكوربيك يحسنان الخزن بالتجميد لخلايا دم الحبل السري الجذعية + CD34 مع التراكيز القليلة لـ Dimethylsulfoxide

Loading...
Loading...
Abstract

Cryopreservation of umbilical cord hematopoietic stem cells (HSCs) is essential step in stem cell transplantation. TheDimethylsulfoxide (DMSO) mostly used as a cryoprotective agent, associated with toxic effects to stem cells. Inorder to minimize the effects of DMSO, low concentrations of DMSO with additional cryoprotectants should used. In thisstudy mononuclear cells (MNCs) isolated by ficoll from umbilical cord blood (UCB), which contain hematopoietic stemcells (CD34+), were used for cryopreservation.Cryopreservation of UCB-derived MNCs was done for period of one month by using uncontrolled-rate freezingtechnique at -196˚C in liquid nitrogen. Cryopreservation solution was used which consisted of minimum essentialmedium (MEM) and 20% fetal calf serum (FCS) supplemented with the cryoprotectant dimethylsulfoxide (DMSO) intwo concentrations 2.5% and 5% DMSO, lower than usually used 10%, with and without 25μg/ml trehalose or 80μg/mlascorbic acid to improve cryopreservation process. The addition of trehalose and ascorbic acid improved cryopreservationprocess in comparison with control. Addition of 5% DMSO alone and with additives showed a better result than 2.5%DMSO alone or with additives for cryopreserving CD34+ cells as indicated by immunocytochemistry.Washing out DMSO also affected the count and viability of MNCs. These results indicated that it could use lowconcentrations of DMSO in cryopreservation of HSCs by association with trehalose and ascorbic acid.

عادة Dimethylsulfoxide (DMSO) الخزن بالتجميد لخلايا الحبل السري الجذعية خطوة اساسية في نقل الخلايا الجذعية. اليستخدم تراكيز اقل DMSO يستخدم كعامل حماية من التجميد يرافقه بعض السمية للخلايا الجذعية. لاجل تقليل تأثير المنه مع مواد تحمي من التجميد. في هذه الدراسة تم عزل الخلايا وحدة النواة والحاوبة على الخلايا الجذعية باستخدام الفيكول لغرض˚ التجميد. تم النجميد لخلايا وحيدة النواة والمعزولة من دم الحبل السري لمدة شهر باستخدام تقنية التجميد الممباشر بدرجة - 196 م% و 20 % من سيرم جنين الابقار بالاضفة الى تراكيز اقل من 10 MEM بالنايتروجين السائل. يتألف محلول الخزن بالتجميد من وسطوهي 2.5 % و 5% مع و بدون 25 مايكروغرام/مل من التريهالوز أو 80 مايكروغرام/ مل من حامض الاسكوربيك لتحسين DMSO منعملية الخزن بالتجميد. ان اضافة التريهالوز وحامض الاسكوربيك حسن عملية التجميد بالقارنة بالسيطرة.لوحده او مع الاضافات اظهرت نتائج افضل من تركيز 2.5 % لوحده او مع الاضافات للخلايا الجذعية المخزونة DMSO % ان اضافة 5أثر على عدد وحيوية الخلايا الوحيدة النواة. هذه النتائج اكدت DMSO بالتجميد كما اثبت بتقنية الكيمياء المناعية. غسل الفي الخزن بالتجميد للخلايا الجذعية باضافة التريهالوز وحامض الاسكوربيك. DMSO امكانية استخدام تراكيز اقل من


Article
Detection of toxigenic Vibrio cholerae by PCR
الكشف عن بكتريا ضمات الكوليرا المنتجة للسموم باستخدام الـPCR

Loading...
Loading...
Abstract

holera toxin (CT) is a major virulence factor of V. cholerae causing water diarrhea. The detection of CT-producing V. cholerae using conventional culture-, biochemical- and immunological-based assays is time-consuming, laborious, and requiring more than three days perform. In this work a specific primers for ctxB gene were used for detection of V. cholera in water samples. Few colonies of V. cholera were suspended in water and used as a template in PCR reaction for the detection of ctxB gene. The 391-bp sequence of a gene that codes for the cholera toxin B subunit was amplified by PCR. Direct use of V. cholerae pure culture for PCR replaces the need for DNA extraction or boiling. Increase the concentration of MgCl2 enhances the efficiency of amplification. The specificity of the assay was determined to be specific for V. cholerae but not for, vibrio related bacteria, E. coli, Non-Agglutinable (NAG) V. cholerae, and Aeromonas sp.

يعتبر ذيفان الكوليرا من اهم عوامل الضراوة لبكتريا الكوليرا المسببة للاسهال المائي . ولان الكشف الروتيني عن بكتريا الكوليرا المنتجة للذيفان والمتضمن زراعة البكتريا على الوسط الزرعي واجراء الاختبارات المناعية والكيموحيوية تستهلك جهدا ووقتا يتعدى ثلاثة ايام . تم في هذا البحث تصميم بادئات خاصة لجين ctxB لغرض الكشف عن بكتريا الكوليرا في النماذج المائية . علقت عدد من مستعمرات بكتريا الكوليرا في الماء لغرض استخدامها في فحص التفاعل السلسلي المتضاعف لمعرفة امكانية استخدام هذا الفحص في الكشف عن وجود الجين ctxB . وتم تضخيم تسلسل ضمن الجين المسؤول عن جزء من الذيفان وهو بيتا والذي يبلغ حجمه 391 زوج قاعدي . ان استخدام الخلايا البكتيرية النقية مباشرة بالفحص قد اغنى عن استخلاص الدنا او الغليان . لوحظ ان اضافة كمية اضافية من الملح MgCl2 حسن من اداء الفحص . تم التاكد من خصوصية الفحص من خلال اعطائه نتيجة موجبة لبكتريا الكوليرا المنتجة للذيفان وسالبة لبكتريا قريبة من بكتريا الكوليرا وهي بكتريا القولون وبكتريا الكوليرا غير المنتجة للذيفان وبكتريا الايروموناس .

Keywords


Article
Development of SYBR Green Real time PCR for identification methicillin-resistance Staphylococcus aureus (MRSA)
الكشف عن البكتريا العنقودية الذهبية المقاومة للمثسلين Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus باستخدام طريقة التضاعف التسلسلي المزدوج SYBR Green Real time PCR

Loading...
Loading...
Abstract

The increasing resistance of staphylococci to ß -lactam antibiotics has become a major clinical problem. Development of rapid and sensitive techniques for detection of MRSA is an important aim for public health. A duplex PCR were established for specific identification of methicillin-resistance Staphylococcus aureus (MRSA) in clinical samples. In this work a duplex SYBR Green real time PCR was developed for rapid identification of MRSA in local methicillin-resistance S. aureus isolates. Twenty methicillin-resistance S. aureus isolates, as determined by disc diffusion method, were subjected to DNA extraction and PCR amplification. Two genes were amplified successfully, mecA (533bp) and femA (314bp), as targets for methicillin-resistance and specific identification of S. aureus, respectively using conventional PCR. Sensitivity of the duplex PCR showed that the minimum concentration of DNA that gave positive results for the two genes was 30ng/µl. In order to develop rapid and sensitive test for identification of MRSA, serial dilutions of purified DNA were amplified gradually according to their concentrations using SYBR Green real time PCR. These results indicated that the SYBR Green real time PCR can be used for identification of methicillin-resistance S. aureus (MRSA) in clinical

تعد صفة المقاومة لدى بكتريا الـS. aureus لمضادات البيتا لاكتام من المشاكل الطبية المنتشرة في العالم.لذلك يعد تشخيص بكتريا S.aureus المقاومة للمثسيلين من خلال تطوير طريقة سريعة و حساسة لهذا التشخيص من اهم الاهداف للصحة العامة . استخدمت طريقة التضاعف التسلسلي المزدوج لعينات البكتريا السريرية ، حيث تم تطوير طريقة الـReal-Time PCR ببادئات مزدوجة للتشخيص السريع لعينات البكتريا المحلية . استخدمت عشرون عزلة بعد تشخيصها بواسطة الطريقة التقليدية ( disk diffusion method) وبعد ان تم استخلاص الدنا منها و اجراء عملية التضاعف التسلسلي لها باستخدام بادئان بنجاح احدهما متخصص لصفة المقاومه mecA بحجم 533 قاعدة نايتروجينية و اخر متخصص لتعريف هذا النوع femA بحجم 318 قاعدة نايتروجينية . ان حساسية هذا الاختبار قد وصلت الى تركيز 30مايكرو غرام /مل . ولغرض ايجاد طريقة سريعة وحساسة في الوقت نفسه للتعرف على هذه البكتريا ، اجريت عدة تخافيف متسلسلة على الدنا المستخلص وتم اجراء فحص التضاعف التسلسلي بطريقه الـ Real-Time باستخدام صبغة سايبر الخضراء . واثبتت النتائج امكانية استخدام هذه الطريقة لتعريف البكتريا المقاومة للمثيسلين في العينات السريرية .


Article
Serological relatedness among clinical and environmental Acinetobacter baumannii isolates isolated from hospitals in Baghdad
القرابة المصلية بين العزلات البيئية والسريرية لبكتريا Acinetobacter baumanniiالمعزولة من مستشفيات في بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

During 2011, 1900 clinical specimens (urine, wounds, burns, blood and sputum) and 240 hospital environment specimens were collected from four hospitals in Baghdad/Medical city including: Baghdad Teaching Hospital, The Martyr Gazi Al-Hariry Hospital, Welfare Teaching Hospital and The Burn Specialist Hospital. All specimens were cultured and 128 Acinetobacter baumannii were obtained from clinical and environmental specimens in a ratio of 6.05% (n=115) and 5.42% (n=13), respectively. These isolates were identified using microscopic examination, biochemical tests and Api 20 E system.The slide agglutination technique for rabbit immune sera and A. baumannii bacteria was used and our data analysis revealed a serological relatedness among the isolates. We found 22 different serotypes for 128 clinical and environmental A. baumannii isolates. The most common serotype was serotype 1 which included 34 isolates (26.56%) and there were 40 (31.25%) miscellaneous isolates which isolated from different specimens, departments and hospitals. Notably, they didn’t arrange within any of the 22 serotypes. Upon such findings we may conclude, there is a wide variation in serological characteristics of the locally isolated A. baumannii.

خلال عام 2011 ، 1900 عينة سريرية (ادرار، جروح ، حروق ، دم وقشع ) و240 عينة من بيئة المستشفيات تم جمعها من أربع مستشفيات في بغداد من دائرة مدينة الطب شملت م. بغداد التعليمي ، م. الشهيد غازي الحريري ، م.حماية الأطفال التعليمي ومستشفى الحروق التخصصي . تم زرع جميع العينات وبعد نموها شخصت العزلات باستخدام الفحص المجهري والاختبارات الكيموحيوية ونظامApi 20 E . تم الحصول على 128 عزلة تعود الى بكترياA. baumanniiوبنسبة%6.05 ((n=115 من العينات السريرية و %5.42 ((n=13 من العينات البيئية. تم أستخدام فحص التلازن بالشريحة لأختبار تلازن كل من المصول الممنعة للأرانب كل أرنب مع بكتريا A. baumannii وقد أظهرت النتائج وجود قرابة مصلية بين العزلات، فقد وجد 22 نمطا مصليا للعزلات ال128 السريرية والبيئية وسميت من1 - 22. وكان النمط المصلي 1 هو النمط الأكثر شيوعا إذ تضمن 34 عزلة وبنسبة (%26.56)، أيضا وجد إن 40 عزلة متفرقة و بنسبة (%31.25) من نماذج وردهات ومستشفيات مختلفة لم تنتظم في أي نمط مصلي من الأنماط ال22 ومن هذا نستنتج إن هناك تنوع واسع في الصفات المصلية في عزلاتbaumannii A. المحلية.


Article
Imipenem-Resistant Acinetobacter baumannii isolated from patients and hospitals environment in Baghdad
بكتريا Acinetobacter baumannii المقاومة للأمبينيم المعزولة من مرضى و بيئة مستشفيات بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

During 2011, 1900 clinical specimens and 240 hospital environment specimens were collected from four hospitals in Baghdad. 128 isolates of Acinetobacter baumannii were obtained from clinical and environmental specimens in a percentage of 6.05% and 5.42%, respectively. The highest percentage of isolation, 38.26% was of sputum specimens and lower percentage of burns specimens 5.22%. The lowest incidence was of age range (71-80) years old group whereas the highest incidence was of age range (31-40) years old group. Also we found that the incidence was higher in males (66.96%) than that of females (33.04%) and the frequency of positive A. baumannii isolates was higher in intensive care units (ICUs). Results revealed eleven different resistotype patterns* designated arbitrarily from A-K and all our isolates showed multidrug resistance to those antibiotics. We found the highest percentage (85%) of imipenem resistant A. baumannii (IRAB) isolates were isolated from blood disease (leukemia) department followed by ICU, RCU, Burns, surgical and other departments, respectively.

خلال عام 2011 ، 1900 عينة سريرية و240 عينة من بيئة المستشفيات تم جمعها من مستشفيات في بغداد ،تم الحصول على 128 عزلة تعود الى بكتريا A. baumanniiوبنسبة 6.05% من العينات السريرية و %5.42 من العينات البيئية. أعلى نسبة عزل لهذا النوع وصلت الى 38.26 %تم الحصول عليها من نماذج القشع بينما اقل نسبة عزل تم الحصول عليها من نماذج الحروق ووصلت الى 5.22% من 115 عزلة سريرية. كانت أقل نسبة أصابات بين مجموعة الأعمار71-80 سنة بينما سجلت أعلى نسبة أصابات بين مجموعة الأعمار31-40 سنة وكانت نسبة الأصابة في الذكور (66.96%) أعلى منها في الإناث (33.04%) و أعلى تكرار للأصابة ببكتريا A. baumannii كان في وحدات العناية المركزة. أظهرت النتائج 11 نمطا للمقاومة سميت من K-Aوكانت جميع العزلات مقاومة للعديد من المضادات الحياتية ،فيما يخص العزلات السريرية (115) كانت جميع العزلات متعددة المقاومة. تم تسجيل أعلى نسبة عزل وصلت الى (85%) للعزلات المقاومة لمضاد الأمبنيم من ردهات امراض الدم تلاها وحدات العناية المركزة، وحدات العناية التنفسية، ردهات الحروق، الردهات الجراحية والردهات الأخرى.


Article
Molecular Analysis of Touched DNA Samples Collected From Pistol Surfaces
التحليل الجزيئي لمسحةعينات الحامض النوويDNA المعزول من سطوح المسدس

Loading...
Loading...
Abstract

Molecular analysis of touch DNA samples from pistol surfaces is important for crime scene investigation. In this study touched samples were collected from different parts of pistol. DNA extracted and quantified using different methods, then analyzed by mtDNA sequencing and STR profiling. The results showed that pistol surfaces can be analyzed by mtDNA sequencing but not full STR profiled. These results indicated the need for improving DNA extraction and STR profile kits for analysis low DNA amount.

التحليل الجزيئي لمسحة عينات الحامض النوويDNA لسطوح المسدس مهمة في تشخيص مسرح الجريمة. في هذه الدراسة تم جمع مسحات من اجزاء مختلفة من سطح المسدس .كذلك تم استخلاص الحامض النووي كميا"بطرق مختلفة, وتحليل الحامض النووي بتقنية التسلسل المايتوكوندريا الحامض النوويmtDNA وكذلك تحليله بتقنية تتابع متسلسل قصير STR نمط. اظهرت النتائج امكانية تحليل سطوح المسدس بتقنية المايتوكوندريا الحامض النووي mtDNA ولكن بدون وجود نمط بتقنية تتابع متسلسل قصيرSTR. هذه النتائج تشير الى الحاجة لتحسين استخلاص الحامض النووي والكتات المستخدمة لتقنية التتابع المتسلسل قصير STR لتحليل الكميات القليلة من الحامض النووي.

Listing 1 - 7 of 7
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (7)


Language

English (6)

Arabic (1)


Year
From To Submit

2018 (1)

2017 (1)

2013 (3)

2011 (2)