research centers


Search results: Found 4

Listing 1 - 4 of 4
Sort by

Article
Machine Learning in Bioinformatics – Gene Regulation Network
التعلم الآلي في المعلوماتية الحيوية - شبكة تنظيم الجينات

Author: Sameerah Faris Khlebus
Journal: journal of kerbala university مجلة جامعة كربلاء ISSN: 18130410 Year: 2017 Volume: 15 Issue: 4 Pages: 48-57
Publisher: Kerbala University جامعة كربلاء

Loading...
Loading...
Abstract

A biological cell is a complex and complicated environment, where thousands the entities 'interact surprisingly between each other. This the integrated device the continuously receives external and internal signals to carry out the most 'vital processes to sustain life. Although thousands the interactions are stimulated in very small areas, biologists assert that, there are 'no the collisions or the incidental events. On other the hand, rapid discoveries in biology and the rapid evolution of data collection make it difficult to build a concrete perspective that scientifically explains all observations. Cooperation has therefore become necessary among physicists, mathematicians, biologists and the computer engineers. The aim of this virtual company is to pursue what is known as biological network modelling.

الخلية بيولوجية هي بيئة معقدة، والآلاف من الكيانات تتفاعل بشكل مفاجئ بين بعضها البعض. هذا الجهاز المتكامل يتلقى باستمرار الإشارات الداخلية والخارجية لإجراء معظم العمليات الحيوية للحفاظ على استمرار الحياة. على الرغم من تحفيز الآلاف من التفاعلات في مساحات صغيرة جدا، وعلماء الأحياء يؤكدون عدم وجود الصدف أو أحداث عرضية. من ناحية أخرى، والاكتشافات السريعة في مجال البيولوجيا والتطور السريع في تجمع البيانات تجعل الأمر أكثر صعوبة لبناء منظور ملموس على أن يفسر علميا جميع الملاحظات. وبالتالي، أصبح التعاون الضروري بين الأحياء، الرياضيات، الفيزياء ومهندسين الكمبيوتر. والهدف من هذه الشركة الافتراضية هو عمل وتحقيق ما يعرف بشبكة النمذجة البيولوجية.


Article
In Silico Structural Analysis of The Cell Division Protein, FtsZ: Screening Natural Products for Inhibitors

Authors: Mohammed Zaghlool Al-Khayyat1 --- Ammar Ghanem Al-Dabbagh --- Yousra Abdul-Razaq Al-refaie1
Journal: JOURNAL OF EDUCATION AND SCIENCE مجلة التربية والعلم ISSN: 1812125X Year: 2019 Volume: 28 Issue: 1 Pages: 17-36
Publisher: Mosul University جامعة الموصل

Loading...
Loading...
Abstract

FtsZ is a tubulin homolog in bacteria. It forms a Z-ring to recruit other proteins in the process of cell division through its GTPase activity. Amino acid sequence of FtsZ was obtained from uniprot database and used for the determination of primary and secondary structures by several online tools. Homology modeling was carried out by SWISS-MODEL and PHYRE2. The models were evaluated and quality assessment indicated that the model produced by SWISS-MODEL had better quality than PHYRE2. Therefore, SWISS-MODEL was used in docking twenty five natural products by AutoDock 4.2.6. Dunnianol, pebrellin, dalbinol and hederagenin had docking energy higher than the previously used berberine and sanguinarine. Analogs of Dunnianol were sketched by ChemBioOffice Ultra 11.0 and docked. The analogs 2,4 and 7 had higher docking energy than the original compound. These natural products and the analogs obtained in this study could serve as possible inhibitors of this cell division protein, a new target in the development of new antimicrobials.


Article
Studying the Features of Proteins Surrounding PLC Gama During Fertilization by Using Bioinformatics Databases
دراسة خصائص البروتينات المحيطة بـجزيئة PLC GAMA خلال عملية الاخصاب باستخدام قاعدة بيانات المعلوماتية الحيوية

Author: Rana Hussein Naser رنا حسين ناصر
Journal: Diyala Journal For Pure Science مجلة ديالى للعلوم الصرفة ISSN: 83732222 25189255 Year: 2019 Volume: 15 Issue: 02 Pages: 118-133
Publisher: Diyala University جامعة ديالى

Loading...
Loading...
Abstract

Fertilization simply is about upstream of kinases and protein interactions, so the justified bioinformatics tools were used to understand and analyze the interactions between proteins during fertilization progress, that’s would help a lot in this research to understand the protein-protein interaction. The whole mark of the experiment at hand is to reveal bioinformatics data related to PLC gamma and utilize the collected data to understand the concept of fertilization. The bioinformatics tools were performed to generate a useful biological knowledge.

الإخصاب ببساطة هو منبع من اثر الكاينيزات و التحركات والتفاعلات البروتينية، لذلك أردنا استخدام ألادوات المعلوماتية الحيوية لفهم وتحليل التفاعلات بين البروتينات خلال الإخصاب، وهذا من شأنه أن يساعد كثيرا في الكشف عن البيانات المعلوماتية الحيوية المتعلقة PLC كاما والاستفادة من البيانات التي تم جمعها لفهم مفهوم الإخصاب. لذا نأمل هنا استخدام أدوات المعلوماتية الحيوية لتوليد المعرفة البيولوجية المفيدة.


Article
A New Approach to Motif Templates Analysis via Compilation Technique
أتجاه جديد لتحليل نماذج الحمض النووي باستخدام تقنية الترجمة

Author: Hussein K. Al-Khafaji حسين كيطان الخفاجي
Journal: Al-Rafidain University College For Sciences مجلة كلية الرافدين الجامعة للعلوم ISSN: 16816870 Year: 2014 Issue: 34 Pages: 180-208
Publisher: Rafidain University College كلية الرافدين الجامعة

Loading...
Loading...
Abstract

Motif template assertion and analysis is compulsory operation in most of bioinformatics systems such as motif search, sequential pattern miner, and bioinformatics databases analysis. The motif template can be in any length, therefore, the typing errors increased according to the length of motif. Also, when the structure motifs are submitted to bioinformatics systems they require specification of their components, i.e. the simple motifs, gaps, and the limits of the gaps. This research proposed a context free grammar, GFC, to describe the motif structure, and then this CFG is utilized to design an interpreter to detect, debug the errors, and analyze the motif template to its components. All the errors of 100 motifs of length arranged from 100 Base to 10 KBase are detected. These motifs are entered by 10 data entries. The experiments showed high correlation between number of errors and number of gaps, size of simple motifs, and motif template size. The target code of the interpreter is the components of a submitted motif template to be used in bioinformatics systems as next steps

ان عملية ادخال وتحليل نموذج الحمض النووي هي عملية اجبارية مطلوبة في اغلب الانظمة الاحيامعلوماتية، مثل البحث عن نمط ما، تعدين النماذج الاحيائية المتسلسلة، وتحليل قواعد البيانات الاحيائية. ان نموذج الحمض يمكن ان يكون باي طول وعليه فان اخطاء الطباعة تزداد مع طوله طرديا، فضلا عن ذلك ان الانظمة الاحيامعلوماتية تحتاج الى تحليل النموذج الى مكوناته مثل نماذجه البسيطة، فضاءاته، والحدود الدنيا والعظمى لتلك الفضاءات.هذا البحث يقترح قواعد محررة المحتوى لوصف معمارية النموذج الحمضي ثم استخدامه لتصميم مفسر لاكتشاف الاخطاء القواعدية والدلالية وتصحيحها ان وجدت ومن ثم يحلل النموذج الى مكوناته المذكورة. كل الاخطاء قد اكتشفت في 100 عينة من النماذج الحمضية والتي تتراوح اطوالها بين 100 قاعدة الى 10 كيلوقاعدة والمدخلة من قبل 10 من مدخلي البيانات. التجارب اوضحت ان هنالك ارتباطا وثيقا بين عدد الاخطاء وبين حجم النموذج الحمضي, حجم النماذج البسيطة المكونة له، وعدد فضاءاته. وكل النماذج المدخلة قد حللت وان الشفرة الهدفية الناتجة من المفسر

Listing 1 - 4 of 4
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (4)


Language

English (4)


Year
From To Submit

2019 (2)

2017 (1)

2014 (1)