research centers


Search results: Found 4

Listing 1 - 4 of 4
Sort by

Article
Amplification and sequencing of hla and sea genes in Staphylococcus aureus isolated from outpatients in Nassyriah City
التضخيم وحساب التسلسل لجيني hla و sea في المكورات العنقودية الذهبية المعزولة من المرضى الخارجيين في مدينة الناصرية

Author: Saad Salman Hamim سعــــــد سلمـــــــان هميــــــم
Journal: Journal of Education for Pure Science مجلة التربية للعلوم الصرفة ISSN: 20736592 Year: 2017 Volume: 7 Issue: 2 Pages: 192-200
Publisher: Thi-Qar University جامعة ذي قار

Loading...
Loading...
Abstract

An increasing concern about the role of Staphylococcus aureus as an opportunistic pathogen that can affect different parts of human body. The pathogenic role of this bacterium is associated with its ability to secrete a highly effective virulence factors. Among these, the production of hemolysin a (hla) and enterotoxin A (sea). The aim of the current study was to investigate the occurrence and molecular profile of hla and sea genes in S. aureus isolated from Otitis media outpatients in Nassyriah city, Iraq during the period from August 2014 to January 2015. A total of 100 S. aureus isolate were assayed for the presence of hla and sea genes by Polymerase chain reaction technique. The study results showed that 68/100 and 52/100 isolate were positive for the two targeted genes, respectively (P≤0.05). five of S. aureus isolates (two for hla assigned IQSH1 and IQSH2 in which they granted the official Genbank accession numbers of KY468500 and KY468501, and three for sea assigned ZWS1, ZWS2 and ZWS3) were subjected to partial DNA sequencing to reveal their relative to similar isolates in Genbank. The phylogenetic tree that was created in MEGA7 software showed that there were different molecular relationships among the local S. aureus isolates with similar ones around the world. These findings may be lead to better understanding about the importance of S. aureus epidemiology in Iraq which began to increase steadily.

ما زال القلق يتزايد حول دور المكورات العنقودية الذهبية كممرضات انتهازية تستطيع أن تصيب أجزاء مختلفة من جسم الإنسان. الدور المرضى لهذه البكتريا متعلق بقابليتها على إفراز عوامل الضراوة عالية التأثير. منها محلل الدم نوع a و السموم المعوية نوع a. هدفت الدراسة الحالية للكشف عن التواجد والطور الجزيئي لجيني hla و sea في بكتريا Staphylococcus aureus المعزولة من مرضى التهاب الأذن الوسطى في مدينة الناصرية , جنوب العراق خلال الفترة من شهر آب 2014 إلى كانون الثاني 2015 .تم الكشف عن وجود جيني hla و sea في 100 عزلة تعود لـ S. aureus باستخدام تقنية تفاعل السلسلة المتبلمرة. أظهرت نتائج الدراسة أن 68 /100 و 52 /100 عزلة كانت موجبة لكلا الجينين على التوالي (P≤0.05). تم إخضاع خمسة عزلات S. aureus ( اثنان لجين hla تم تسميتهما IQSH1 و IQSH2 واللتان حصلتا على رقمي الانضمام الرسمي لبنك الجينات KY468500 و KY468501 , وثلاث عزلات لجين sea تمت تسميتها ZWS1 و ZWS2 و ZWS3) لحساب تسلسل DNA الجزئي للكشف عن علاقتها مع العزلات المشابهة في بنك الجينات.أظهرت الشجرة التطورية التي تم بنائها باستخدام برنامج MEGA7 وجود علاقات جزيئية مختلفة لعزلات S. aureus المحلية مع نظيراتها حول العالم. هذه النتائج قد تؤدى إلى فهم أفضل عن أهمية وبائية بكتريا S. aureus في العراق والتي بدأت في الزيادة باطراد.


Article
Detection of clfA gene in Staphylococcus aureus isolated from tonsillitis patients
الكشف عن جين clfA في جرثومة المكورات العنقودية الذهبية المعزولة من مرضى التهاب اللوزتين

Loading...
Loading...
Abstract

Abstract Staphylococcus aureus is an opportunistic pathogen and it was one of virulent causer of tonsillitis. The present investigation was aimed to the molecular detection of adhesion gene (clfA) was done by polymerase chain reaction (PCR) and DNA sequencing. Only 64 isolates (42%) were mannitol fermenter and recorded as S. aureus, these isolates recovered from 152 swabs were collected from tonsillitis patients in ENT department in Al–Habboby Teaching Hospital, Thi-Qar province, during the period from November 2016 to March 2017. Out of 64 isolates, 56 (87.5%) were harbored clfA gene. The sequencing of PCR products showed significant alignments identities (96-99%) to the S. aureus which are located in BLAST-NCBI Genbank. Phylogenetic analysis of S. aureus based upon the neighbour-joining of partial clfA gene sequences showed that these sequences were derived from Staphylococcus genes.

المستخلص: تعتبر بكتريا المكورات الذهبية احد الانواع البكتيرية الانتهازية و أحد المسببات الضارية للاصابة بالتهاب اللوزتين. وتهدف الدراسة الحالية للكشف الجزيئي عن جين الالتصاق (clfA ) باستخدام تقنية تفاعل البلمرة الجزيئية وتسلسل الحامض النووي الرايبوزي منقوص الاوكسجين. تم تحديد 64 عزلة مخمرة لسكر المانيتول وسجلت على انها مكورات عنقودية ذهبية تم عزلها من 152 مسحة قطنية تم جمعها من مرضى التهاب اللوزتين في شعبة الاذن والانف والحنجرة في مستشفى الحبوبي التعليمي ، محافظة ذي قار خلال الفترة من تشرين الثاني 2016 الى اذار 2017. 56 عزلة (87.5%) من اصل 64 عزلة تحتوي على جين clfA . ان تحديد التسلسل لنواتج تفاعل البلمرة الجزيئية التي بينت توافقا بنسبة (96-99%) لعينات المكورات العنقودية الذهبية الموجودة في بنك الجينات. ان الشجرة التطورية لبكتريا المكورات العنقودية الذهبية للعينات الحالية بالاعتماد على تسلسل جين clfA بينت ان تسلسل هذا الجين مشتق من جينات بكتريا المكورات العنقودية الذهبية.


Article
Levan Production using Pseudomonas Brassicacearum Isolated from Rhizosphere Soil of Cowpea Farm in Iraq

Author: Safaa AL-Deen Ahmed Shanter AL-Qaysi1, Zaid Akram Thabit2, Sanaa Basheer Kadhem1
Journal: Iraqi Journal of Biotechnology المجلة العراقية للتقانات الحياتية ISSN: 18154794 Year: 2016 Volume: 15 Issue: 1 Pages: 83-96
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

The present investigation, was designed in order to isolate bacteria from rhizosphere soil of Cowpea farm in Iraq which is capable of levan production. The selected levan producing bacterium was identified as Pseudomonas brassicacearum based on the phenotypic identification by Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology and confirmed with the 16S rRNA gene sequencing. Acid hydrolyzed levan sample was subjected to TLC technique which revealed that, levan is composed of only one sugar which is fructose. Rf values of levan produced by P. brassicacearum was 0.42 which is identical or close to Rf values of fructose of 0.42. The effect of some factors on levan production by P. brassicacearum was investigated. The results showed that the best carbon source for levan production was sucrose 7.77 g/l, and casein was the best nitrogen source for levan production which gave 8.56 g/l, followed by ammonium sulfate and corn steep liquor which they gave 8.52, 8.09 g/l respectively. The highest levan yield was at the sucrose concentration of 300 g/l which gave 7.95 g/l. At initial pH of 7.8, P. brassicacearum gave their highest levan production that was 7.77 g/l. Levan production by P. brassicacearum continued increasing until it reached its maximum production at 40ºC which was 8.24 g/l. The optimal incubation period for levan production, was estimated at 8.70 g/l after 72 h of incubation.


Article
Molecular characterization of mecA gene in Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus
الخصائص الجزيئية لجين mecA في بكتريا المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثسيلين

Author: Saad Salman Hamim سعد سلمان هميم
Journal: JOURNAL OF THI-QAR SCIENCE مجلة علوم ذي قار ISSN: 19918690 Year: 2016 Volume: 6 Issue: 1 Pages: 25-29
Publisher: Thi-Qar University جامعة ذي قار

Loading...
Loading...
Abstract

Background & objectives: It is clear now that methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) strains considered as one of the most bacteria responsible for different diseases among humans and animals. The present study aimed to detect the molecular profile of methicillin-resistant S. aureus isolated from skin abscess patients in Nassyriah City, Southern Iraq. Methods: During the period of from June 2014 to February 2015, 120 S. aureus were isolated from abscess patient in two governmental hospitals, and subjected to conventional Polymerase Chain Reaction which used for the amplification of 310 bp mecA gene. Three PCR products of mecA were named primarily (THQR1, THQR2, and THQR3) were selected and subjected to partial DNA sequencing for the mecA gene to follow up their possible relationship between these local isolates and what recorded globally in Genbank. Results: Only 64 S. aureus isolates were diagnosed phenotypically as MRSA (53.33%), and 88/120 (73.33%) of S. aureus were positive for the targeted gene. The Three PCR products of mecA were registered in Genbank under the official accession numbers of (KY468502, KY468503 and KY468504, respectively). The constructed phylogenetic tree showed that S. aureus KY468502 and KY468504 were highly relative to each other in comparison with S. aureus KY468503 that revealed a close relatedness to S. aureus TN/CN/1/12, mecA gene beta-lactam, and mecA gene isolated in USA. Interpretation & conclusions: The present study results confirmed the importance of mecA gene in MRSA detection and highlighted the increasing manner of its prevalence in Iraq, furthermore, the importance of molecular techniques as an epidemiological tool.

الخلفية والأهداف: أصبح واضحا الآن أن المكورات العنقودية المقاومة للمثسيلين تعتبر من أكثر أنواع البكتريا المسئولة عن مختلف الأمراض للإنسان والحيوانات. هدفت الدراسة الحالية للكشف عن الخصائص الجزيئية لبكتريا المكورات العنقودية المقاومة للمثسيلين المعزولة من مرضى الخراج الجلدي في مدينة الناصرية , جنوب العراق. طرق العمل: خلال الفترة من شهر حزيران 2014 إلي شباط 2015 تم عزل 120 عزلة من بكتريا المكورات العنقودية من مرضي الخراج في اثنين من المستشفيات الحكومية وقد تم إخضاعها لتقنية تفاعل السلسلة المتبلمرة التقليدي والذي استخدم لتضخيم الجين mecA وبطول 310 زوج قاعدي. تمت التسمية الأولية لثلاثة من نواتج التضخيم للجين بـ THQR1 و THQR2 و THQR3 وتم استخدامها لحساب التسلسل الجيني الجزئي للجين لأجل متابعة علاقاتها المحتملة مع ما مسجل عالميا في بنك الجينات. النتائج: تم تشخيص 64 عزلة من بكتريا المكورات العنقودية الذهبية فقط مظهريا على أنها مقاومة للمثيسيلين (53,33%) وكانت 88 /120 قد أظهرت كشفا موجبا للجين mecA (73,33 %). تم تسجيل نواتج الترحيل الثلاث للجين في بنك الجينات تحت أرقام الانضمام الرسمية KY468502 و KY468503 و KY468504 على التوالي. أظهرت الشجرة التطورية التي تم بناؤها أن بكتريا S. aureus للسلالتين KY468502 و KY468504 كانتا ذات علاقة تطورية متقاربة لبعضهما مقارنة مع السلالة KY468503 التي أظهرت تقاربا مع بكتريا S. aureus لسلالات TN/CN/1/12 و mecA gene beta-lactam و mecA gene المعزولة في الولايات المتحدة الأمريكية. التفسيرات والاستنتاجات: أكدت نتائج الدراسة الحالية على أهمية استخدام الجين mecA في الكشف عن المكورات العنقودية الذهبية المقامة للمثسيلين وتم تسليط الضوء على الزيادة المطردة لانتشارها في العراق , بالإضافة إلى التأكيد على أهمية التقنيات الجزيئية كأدوات للدراسات الوبائية

Listing 1 - 4 of 4
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (4)


Language

English (3)

Arabic and English (1)


Year
From To Submit

2019 (1)

2017 (1)

2016 (2)