research centers


Search results: Found 2

Listing 1 - 2 of 2
Sort by

Article
GENETIC RELATIONSHIP ASSESSMENT AMONG STAPHYLOCOCCUS AUREUS ISOLATES IN KURDISTAN REGION-IRAQ USING AMPLIFIED FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM (AFLP) MARKERS
تقيم العلاقة الوراثية بين عزلات Staphylococcus aureus في منطقة كوردستان -العراق باستخدام مؤشرات تباين اطول قطع الدنا المتضاعفة (AFLP)

Authors: JALADET M. S. JUBRAEL جلادت جبرائيل --- NARMEEN S. MERZA نرمين ميرزا
Journal: Duhok Medical Journal مجلة دهوك الطبية ISSN: ISSN: 20717334 (online)/ ISSN: 20717326 (Print) Year: 2010 Volume: 4 Issue: 1 Pages: 51-59
Publisher: University of Dohuk جامعة دهوك

Loading...
Loading...
Abstract

Background AFLP-PCR is a highly sensitive and reproducible tool used in molecular biology to detect DNA polymorphisms and had become widely used for the identification of genetic variation and phylogentic studies of many organisms including strains of Pathogenic bacteria. Staphylococcus aureus is one of the most important pathogens causing nosocomial and community acquired infection. Typing of St. aureus strains is necessary for properepidemiological investigation of both sources and modes of the spread of different strains andsubsequently, to design appropriate prevention and control measures.Aim The use of AFLP markers to evaluate the phylogenetic diversity and genetic distanceamong isolates collected from different sites of infection in different geographical places inKurdistan Region-Iraq.Methods Eight isolates were collected from three major hospitals in Kurdistan region in Iraqincluding ( Dr. Khalid General Hospital in Koya city, Teaching Hospital in Erbil city andAzadi General Hospital in Duhok city) these isolates were isolated from Urine, skin and burninfections. These isolates were subjected to AFLP-PCR markers using different combinationof selective primers PstI/True91.Results The values of genetic distance among eight isolates ranged from (1.289 to 0.320). It was clear that the lowest genetic distance (0.5025) was found between isolates number 7 and 8 which were isolated from urine and burn infections in Erbil respectively, whereas the highest genetic distance (1.5090) was found between isolates number 5 and 7 representing burn sample from Duhok and urine sample from Erbil respectively. Phylogenetic diversityanalysis among different S. aureus isolates. Indicated that all eight isolates were classified completely into four major genetic groups named as Sa-1, Sa-2, Sa-3 and Sa-4. The first group included sub-division number 1, 5 and 3. The second group included sub-division number 2 and 6. The third group included sub-divisions number 7 and 8. The fourth group included sub-division number 4.Conclusions AFLP banding pattern revealed a high degree of DNA polymorphisms among the selected isolates which could clearly be noticed. The high polymorphism was reflected in a high genetic variation among the geographically isolated strains of St aureus

الخمفية: جعجبر يؤشراث جبب اطوال كطع اهد بٌ اهيجضبعفت ف غب تٍ اهدشبش تٍ و اهلدرة هودضول عوي جٌبئج خببجت جشجخدى نبداة ف اهبب وٍهوج اهجز ئٍ لانجشبف )PCR( الاخجلافبث ف اهد بٌ واضبدث واشعت الاشجخداى ف جشخصٍ الاخجلافبث اهوراخ تٍ ودراشبث اهعلاكبث اهوراخ تٍ هوعد دٍ ي د حٍ جعجبر واددة Staphylococcus aureus اهنبئ بٌث ي ضي هٌب اهبنجر بٍ اهيرض تٍ وي هٌب اهينوراث اهع لٌود تٍ ي اهى اهييرضبث اهيشببت عدوى اهيشجشف بٍث واهيججيع اهينجشبت. ا ج يٌ طٍ اهعزلاث ضرور ف اهجدر اهوببئ اهشو ىٍ هنلا ي اهيضبدر وطرق الا جٌشبر وببهجبه وضع ك بٍشبث هووكب تٍ واهش طٍرة.هجل ىٍٍ اهجبب بٌٍث وجدد دٍ اهبعد اهوراخ ب عزلاث اهينوراث اهع لٌود تٍ واهج جيعث AFLP الاهداف: اشجخداى يؤشراث ي اضبببث يخجوفت وي بٌطق جغراف تٍ يخجوفت ف نردشجب اهعراق.هواد وطرق البحج: جيعث خيب تٌٍ عزلاث وي خلاح يشجشف بٍث عبيت ف نردشجب اهعراق وجشيل )يششفي خبهد اهعبى ف نو بٍ, اهيشجشفي اهجعو يٍ اهعبى ف ارب لٍ ويشجشفي ازاد اهعبى ف دهوم(. أخذث هذ اهعزلاث ي اضبببث ببشجخداى يز جٍ AFLP-PCR يخجوفت ي هٌب الادرار, اهجود واضبببث اهدروق وكد خضعث هذ اهعزلاث اهي يؤشراث . PstI/True ي ببدئبث يخجوفت يخجبرة 91 0.320 ونب اكل بعد وراخ 0.525 ب - الىثبئج: نب ثٌ ك يٍت اهبعد اهوراخ ب اهعزلاث ججراوح يبب 9.289 عزهت ركى 7 و 8 اهيأخوذة ي الادرار واهدروق ف ف يششفي ارب لٍ عوي اهجواه .ٌ ايب اعوي بعد وراخ نب 9.5090 ب عزهت ركى 5و 7 اهيأخوذة ي اضببت اهدروق ي يشجشفي دهوم والادرار ي ارب لٍ. ف جدو لٍ اهعلاكت و Sa 1, Sa3 , Sa اهوراخ تٍ اظهرث ا اهعزلاث اهخيب تٌٍ كشيث اهي اربع يجبي عٍ اشبش تٍ شي ثٍ نبلاج 2 كشيث اهي يجيوعج Sa شيوث خلاح يجبي عٍ خب وٌ تٍ 9,5 و 3 ايب اهيجيوعت اهخب تٌٍ 2 Sa اهيجيوعت الاوهي 1 .Sa4فلد شيوث Sa فشيوث يجيوعج خب وٌ جٍ 7و 8 واهيجيوعت اهرابعت 4 Sa خب وٌ جٍ 2و 6 ايب اهيجيوعت اهخبهخت 3 . يجيوعت خب وٌ تٍ واددة ه ركى 4 ظٍهر درجت عبه تٍ ي اهجبب بٌٍث عوي يشجوى اهد بٌ ب اهعزلاث اهيخجبرة واهج AFLP الاسثىثبجبت: طراز اهدزى هل ي اهيين يلادظجهب بشنل واضخ . ا هذ الاخجلافبث جعنس اهجبب اهوراخ ب اهعزلاث اهيبخوذة ي يضبدر يخجوفت.


Article
Molecular diagnosis and genetic relationship of food and mouth disease virus serotype Asia1/Basne/Sul/2015
التشخيص الجزيئي والعلاقة الوراثية لمرض فيروس الحمى القلاعية المصلي Asia1 / Basne / Sul

Loading...
Loading...
Abstract

Foot and Mouth Disease (FMD) is the most economically important viral-induced livestock disease worldwide. From April to May of 2015, tongue epithelial tissue samples were collected from 36 cattle in six villages, which share the border with Iran. Samples were screened using RT-PCR to amplify a conserved region in the VP1 gene, and phylogenetic tree analysis was performed based on the VP1 nucleotide sequence results. Furthermore, the nucleotide sequence was converted to an amino acid sequence in order to detect similarities between the studied samples and those previously published in GenBank (NCBI). Epidemically, based on the amino acid residues, genetic similarity, and amino acid substitutions, the VP1 nucleotide sequences were determined to be close to a novel group, group VII, with 94% identity. The VP1 amino acid sequence analysis revealed a close relationship to the Asia/BAL/PAK/iso-2/2011 isolate (Accession no. JX435109), with 95.7% identity. Analysis of the studied samples revealed that the FMDV serotype Asia1 causing the outbreak in the Basne district belonged to group VII, which was introduced from the Balochistan province of Pakistan through illegal movement of animals from this region.

يعد مرض الحمى القلاعية من الأمراض الفايروسيه‌ ذو اهميه‌ اقتصادية‌ حول العالم. تم جمع عينات الأنسجة الظهارية السنية من البقرة في ست قرى في كردستان العراق‌ ذو حدود مشتركة‌ مع إيران من الفترة‌ أبريل إلى مايو2015. تم إجراء فحص العينات باستخدام RT-PCR بهدف لتضخيم منطقة محفوظة من جين VP1، وبناء على نتائج تتابع النيوكليوتيدات للجين المذكور وتم إجراء تحليل شجرة النشوء. اضافة الى ذلك، تم تحويل تسلسل النيوكليوتيدات إلى تسلسل الأحماض أميني من ‌أجل الكشف عن أوجه التشابه بين العينات المدروسة وتلك التي تم نشرها سابقا في البانك الجيني (GenBank NCBI). استناداً إلى بقايا الأحماض الأمينية والتشابه الوراثي واستبدال الحمض الأميني تم إجراء تحديد متواليات النيوكليوتيدات جين VP1 وبعد التحلي لأوضحت بانها قريبة من المجموعة السابعة‌‌ (group VII) حيث ان نسبه‌ التشابه هى 94٪. دراسة تتابع الاحماض الامينية اشارت الى ان هنالك علاقة وثيقة بعزلة آسيا BAL/PAK/iso-2/2011(Accession no. JX435109)، حيث ان نسبة‌ التماثل والتشابه هيه 95,7٪ موضحا. وكشف تحليل العينات المدروسة أن النمط المصلي لـFMDV Asia1 الذي مسبب ‌لتفشى المرض في منطقة باسني ينتمي إلى المجموعة السابعة والتي تم إدخالها من محافظه ‌بلوجستان الباكستان من‌ خلال الحركة غيرالقانونية ‌للحيوانات من هذه المنطقة.

Listing 1 - 2 of 2
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (2)


Language

English (2)


Year
From To Submit

2019 (1)

2010 (1)