research centers


Search results: Found 2

Listing 1 - 2 of 2
Sort by

Article
التشخيص الجزيئي لطفيلي الاميبا الحالة للنسيج في منطقة الفرات الاوسط

Authors: صبا فاضل علي --- علي حسين مكي
Journal: Journal of University of Babylon مجلة جامعة بابل ISSN: 19920652 23128135 Year: 2017 Volume: 25 Issue: 1 Pages: 57-68
Publisher: Babylon University جامعة بابل

Loading...
Loading...
Abstract

This study aimed to find the prevalence of E. histolytica parasite in Middle Euphrates region – Iraq, using one of the molecular methods. The study was conducted on the (1350) stool samples from diarrhea - suffering patients in three provinces of Middle Euphrates region: Karbala, Babel and Al- Najaf (450 in each province). Patients ranged in age (1 to more than 60) years and from both sexes and different regions who were attended to some hospitals, dispensaries and private laboratories in these governorates during the period from the first of May 2013 till the end of April 2014. All collected fresh samples were examined microscopically by wet-mounts method for E. histolytica detection. Around 0.5 g of each positive and some of negative stool samples in microscopic examination was preserved at -20Cº until use in molecular study. One third of positive samples in microscopic examination (which was selected to be representative for all positive samples) from each province and five of negative one as control group were submitted to the nucleic acid (DNA) extraction. One pairs of specific primers was designed to be used for molecular diagnosis of E. histolytica using PCR technique. Primers materials were supplied by Bioneer Co. and prepared according to its instructions. Molecular diagnosis of E. histolytica were performed using PCR reaction with amplification of the 355-bp fragments from the internal transcribed spacer region1 ITS1. The PCR was conducted using Accupower® PCR Premix kit/ Bioneer as DNA polymerase and the reaction was performed in a thermocycler. The products were submitted to 1.5 % agarose gel electrophoresis, stained with ethidium bromide and the gel images were recorded under transilluminator UV light. Based on the results of this study, microscopic examination showed that the total percentages of infection with E. histolytica were (15.1, 13.3 and 16.7) % in Karbala, Babel and Al- Najaf respectively. As infection rates are close in the three provinces and the absence of vast differences between these percentages, so the three provinces were treated as one (Middle Euphrates region). For the molecular diagnosis by using PCR technique the true prevalence of E. histolytica in Middle Euphrates region was found to be %12.8.

هدفت هذه الدراسة إلى ايجاد مدى انتشار طفيلي الاميبا الحالة للنسيج في منطقة الفرات الاوسط باستخدام إحدى الطرائق الجزيئية. اجريت الدراسة على 1350 عينة غائط طرية جمعت من المرضى الذين يعانون من الإسهال في ثلاث محافظات من محافظات منطقة الدراسة ( كربلاء و بابل و النجف) و بواقع 450 عينة لكل محافظة. تراوحت أعمار المرضى بين سنة واحدة إلى أكثر من 60 سنة ومن كلا الجنسين و مختلف المناطق الوافدين على بعض المستشفيات و المستوصفات والمختبرات الخاصة في هذه المحافظات في المدة من الأول من أيار 2013 وحتى نهاية نيسان 2014. جميع عينات الغائط الطرية فحصت مجهريا بطريقة المسحة الرطبة للكشف عن الاميبا الحالة للنسيج Entamoeba histolytica. حفظ حوالي نصف غرام من العينات ذات التشخيص الموجب و بعض العينات السالبة بدرجة حرارة ( 20 - ) م لحين استخدامها في الدراسة الجزيئية. انتخب ثلث العينات الموجبة المشخصة بالفحص ألمجهري (بحيث تكون هذه العينات ممثلة لمجتمع العينات الموجبة التشخيص) مع خمسة عينات سالبة لكل محافظة كمجموعة سيطرة لغرض استخلاص المادة الوراثية ( DNA). صمم زوج من البادئات النوعية لتشخيص طفيلي الاميبا الحالة للنسيج باستخدام تقنية تفاعل البلمرة المتسلسلPCR . اعتمد التشخيص الجزيئي على نتائج تضخيم البادئات النوعية Specific primers بتقنيةPCR لمنطقة للحيز ألاستنساخي الداخلي ITS1)) الخاصة بتشخيص طفيلي الاميبا E. histolytica عند ناتج بلغ355) ) bp. حضر مزيج تفاعل البلمرة المتسلسل باستعمال عدة Accupower® PCR Premix المجهزة من قبل شركة Bioneer الكورية و تمت عملية التضخيم باستخدام جهاز المبلمر الحراري. أجريت عملية الترحيل الكهربائي باستخدام هلام الاكاروز 1.5% و صبغه بروميد الاثيديوم و صور الجل بجهاز مصور الحزم الجينية تحت الأشعة فوق البنفسجية. بالاعتماد على نتائج هذه الدراسة فان الفحص ألمجهري أظهر إن إجمالي نسب الإصابة بطفيلي الاميبا الحالة للنسيج كانت) 15.1 و 13.3 و 16.7) % في كربلاء و بابل و النجف على التوالي. و لكون نسب الخمج متقاربة في المحافظات الثلاثة و عدم وجود فروق شاسعة بين هذه النسب تم معاملة المحافظات الثلاث كمنطقة واحدة هي ( الفرات الاوسط). فيما يخص التشخيص الجزيئي بتقنية PCR تبين إن نسبة الخمج الحقيقية بطفيلي الاميبا الحالة للنسيج في منطقة الفرات الأوسط هي12.8 %.


Article
Molecular and bioinformitic analysis of ITS1 region of three Eimeria species in Kerbala and Babylon provinces, Iraq
تحليل شجرة النشوء والتطور من ثلاثة أنواع الأيمرية في محافظات كربلاء، العراق

Authors: Dhamiaa Make Hamza ضمياء مكي حمزة --- Hadi Rasol Hasan Al-Massodi هادي رسول المسعودي --- Zuhair Muhammad Ali Jeddoa زهير محمد علي جدوع
Journal: Albahir journal مجلة الباهر ISSN: 23125721 Year: 2015 Volume: 1 Issue: 1,2 Pages: 13-26
Publisher: AL-Abbas Holy Shrine العتبة العباسية المقدسة

Loading...
Loading...
Abstract

Abstract Global production of chickens has trebled in the past two decades and they are now the most important source of dietary animal protein worldwidE.Chickens are subject to many infectious diseases that reduce their performance and productivity. Coccidiosis, caused by apicomplexan protozoa of the genus Eimeria, is one of the most important poultry diseases. Understanding the biology of Eimeria parasites underpins development of new drugs and vaccines needed to improve global food security. A Fifteen of DNA samples (five samples for each one of three species) of Eimeria has been sequenced and analyzed in which multiple sequence alignment online based analysis for the ITS1 (Internal Transcribed Spacer 1) region that previously amplified by polymerase chain reaction, A comparison between the sequences of bases of local isolates of Eimeria with global isolates that recorded in Gens Bank and the comparative molecular screening of the present study results revealed the Validity and accuracy of diagnosis of three Eimerian species. Phylogenetic tree analysis using the program (MEGA 6) were adopted to determine genetic tree of the species analysis to compare the three of local species with global strains of Eimeria and found the Homology sequence identity of Eimeria tenella local isolates in comparison with NCBI-Gen bank Eimeria tenella (JX853830). Using NCBI-BLAST the results showed 98% and 99%, while the Homology sequence identity of Eimeria necatrix of local isolates in comparison with NCBIGenbank Eimeria necatrix (JX853832.1) were 91% and 100 % and the Homology sequence identity of Eimeria maxima of local isolates to NCBI-Genbank Eimeria maxima (JX853828.1) was 98%.

ﺍﳋﻼﺻﺔ ﺍﻻﻧﺘﺎﺝ ﺍﻟﻌﺎﳌﻲ ﻟﻠﺪﻭﺍﺟﻦ ﻗﺪ ﺍﺯﺩﺍﺩ ﺑﻤﻘﺪﺍﺭ ﺛﻼﺛﺔ ﺍﺿﻌﺎﻑ ﺧﻼﻝ ﺍﻟﻌﻘﺪﻳﻦ ﺍﳌﺎﺿﻴﲔ, ﻭﻳﻌﺘﱪ ﺍﻻﻥ ﻣﻦ ﺍﳌﺼﺎﺩﺭ ﺍﻟﺮﺋﻴﺴﻴﺔ ﻻﻧﺘﺎﺝ ﺍﻟﱪﻭﺗﻴﻨﺎﺕ ﺍﻟﻐﺬﺍﺋﻴﺔ ﺣﻴﻮﺍﻧﻴﺔ ﺍﳌﻨﺸﺎ ﻋﲆ ﺍﳌﺴﺘﻮ￯ ﺍﻟﻌﺎﳌﻲ. ﺗﺘﻌﺮﺽ ﺍﻟﺪﻭﺍﺟﻦ ﻟﻠﻌﺪﻳﺪ ﻣﻦ ﺍﻻﻣﺮﺍﺽ ﺍﻟﺘﻲ ﺗﺴﺒﺒﻬﺎ ﺍﻟﺬﻱ ﻳﺴﺒﺒﺔ ﻧﻮﻉ ﻣﻦ ﺍﻟﺒﺪﺍﺋﻴﺎﺕ Coccidiosisﺍﻻﺣﻴﺎﺀ ﺍﳌﺠﻬﺮﻳﺔ ﻭﺍﻟﺘﻲ ﺗﻘﻠﻞ ﻣﻦ ﻓﻌﺎﻟﻴﺘﺎﻫﺎ ﺍﳊﻴﻮﻳﺔ ﻭﺍﻻﻧﺘﺎﺟﻴﺔ، ﻣﺮﺽ ﻳﻌﺘﱪ ﻭﺍﺣﺪﺍ ﻣﻦ ﺍﻫﻢ ﺍﻻﻣﺮﺍﺽ ﺍﻟﺘﻲ ﺗﺼﻴﺐ ﺍﻟﺪﻭﺍﺟﻦ. ﺍﻥ ﻓﻬﻢ Eimeria ﺍﻟﻌﺎﺋﺪﺓ ﺍﱃ ﺟﻨﺲ apicomplexan protozoa ﻋﲆ ﺍﳌﺴﺘﻮ￯ ﺍﳊﻴﺎﰐ ﻳﻌﺰﺯ ﰲ ﺗﻄﻮﻳﺮ ﻋﻘﺎﺭﺍﺕ ﻭﻟﻘﺎﺣﺎﺕ ﺟﺪﻳﺪﺓ ﻭﺍﻟﺬﻱ ﺑﺪﻭﺭﻩ ﻳﺆﺩﻱ ﺍﱃ ﲢﺴﲔ Eimeriaﻃﻔﻴﻠﻴﺎﺕ ﺍﻝ ﺍﻻﻣﻦ ﺍﻟﻐﺬﺍﺋﻲ ﺍﻟﻌﺎﳌﻲ. ﺗﻢ ﲢﺪﻳﺪ ﺗﺴﻠﺴﻞ Eimeria ﺑﻮﺍﻗﻊ ﲬﺲ ﻋﻴﻨﺎﺕ ﻟﻜﻞ ﻭﺍﺣﺪﺓ ﻣﻦ ﺍﻻﻧﻮﺍﻉ ﺍﻟﺜﻼﺙ ﻣﻦ DNAﲬﺴﻪ ﻋﴩ ﻋﻴﻨﺔ ﻣﻦ ﺍﻟﺪﻧﺎ ﺍﻟﻘﻮﺍﻋﺪ ﺍﻟﻨﱰﻭﺟﻴﻨﻴﻪ ﺍﻋﺘﲈﺩﺍ ﻋﲆ ﺻﻒ ﺍﻟﺘﺴﻠﺴﻞ ﺍﻟﺘﺘﺎﺑﻌﺎﺕ ﺍﳌﺘﻌﺪﺩﺓ ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﻗﻮﺍﻋﺪ ﺍﻟﺘﺤﻠﻴﻞ ﻋﱪ ﺍﻟﺸﺒﻜﺔ ﺍﻟﺪﻭﻟﻴﺔ ﻭﺍﻟﺬﻱ ﺳﺒﻖ ﺍﻥ ﺗﻢ ﺗﻀﺨﻴﻤﺔ ﺑﻌﻤﻠﻴﺔ ﺗﻔﺎﻋﻞ ﺍﻧﺰﻳﻢ ITS1 (Internal Transcribed Spacer 1)ﻟﻠﻤﻌﻠﻮﻣﺎﺕ ﻟﻠﺠﲔ ﺍﳌﺤﺪﺩ ﻣﻊ ﺍﻟﻌﺰﻻﺕ ﺍﻟﻌﺎﳌﻴﺔ Eimeriaﺍﻟﺒﻠﻤﺮﺓ ﺍﻟﺘﺴﻠﺴﲇ , ﺍﳌﻘﺎﺭﻧﺔ ﺑﲔ ﺗﺘﺎﺑﻌﺎﺕ ﺍﻟﻘﻮﺍﻋﺪ ﺍﻟﻨﱰﻭﺟﻴﻨﻴﺔ ﻟﻠﻌﺰﻻﺕ ﺍﳌﺤﻠﻴﺔ ﻟﻌﺰﻟﺔ ﺍﻝ ﻭﻣﻘﺎﺭﻧﺔ ﺍﻟﻐﺮﺑﻠﺔ ﺍﳉﺰﻳﺌﻴﺔ ﰲ ﺍﻟﺪﺭﺍﺳﺔ ﺍﳊﺎﻟﻴﺔ ﺍﻇﻬﺮﺕ ﺻﺤﺔ ﻭﺩﻗﺔ ﺍﻟﺘﺸﺨﻴﺺ ﻟﺜﻼﺛﺔ Gene bankﻭﺍﳌﻮﺛﻘﺔ ﰲ ﺑﻨﻚ ﺍﳉﻴﻨﺎﺕ (MEGA6) ﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﺑﺮﻧﺎﻣﺞ ﺍﳊﺎﺳﻮﺏ ﺍﳌﻌﺮﻭﻑ ﺏ phylogenetic tree ﲢﻠﻴﻞ ﺍﻟﺸﺠﺮﺓ ﺍﻟﺘﻄﻮﺭﻳﺔ Eimeriaﺍﻧﻮﺍﻉ ﻣﻦ ﻟﺘﺤﻠﻴﻞ ﺍﻻﻧﻮﺍﻉ ﻟﻐﺮﺽ ﻣﻘﺎﺭﻧﺔ ﺍﻻﻧﻮﺍﻉ ﺍﳌﺤﻠﻴﺔ ﺍﻟﺜﻼﺛﺔ ﻣﻊ ﺍﻟﺴﻼﻻﺕ Genetic treeﺗﻢ ﺍﻋﺘﲈﺩﻫﺎ ﻟﺘﺤﻠﻴﻞ ﺍﻟﺸﺠﺮﺓ ﺍﻟﻮﺭﺍﺛﻴﺔ ﻣﻘﺎﺭﻧﺔ ﻣﻊ ﺑﻨ ﻚ ﺍﳉﻴﻨﺎﺕ Eimeria tenella ﻭﺟﺪ ﺗﺸﺎﺑﺔ ﰲ ﺗﻄﺎﺑﻖ ﺍﻟﺘﺴﻠﺴﻼﺕ ﻟﻠﻌﺰﻻﺕ ﺍﳌﺤﻠﻴﺔ ﻟﻞ Eimeriaﺍﻟﻌﺎﳌﻴﺔ ﻟﻞ 98%، 99% ﺍﻇﻬﺮﺕ ﺍﻟﻨﺘﺎﺋﺞ NCBI-BLASTE ﻭﺑﺎﺳﺘﺨﺪﺍﻡ ﺍﻝ NCBI-Gene bank Eimeria tenella (JX853830) NCBI-Gene ﺑﺎﳌﻘﺎﺭﻧﺔ ﻣﻊ ﻋﺰﻟﺔ ﺑﻨﻚ ﺍﳉﻴﻨﺎﺕEimeria necatrixﺑﻴﻨﲈ ﺍﻟﺘﺸﺎﺑﺔ ﰲ ﺗﻄﺎﺑﻖ ﺍﻟﺘﺴﻠﺴﻼﺕ ﻟﻠﻌﺰﻟﺔ ﺍﳌﺤﻠﻴﺔ Eimeria ﻭﺍﻟﺘﺸﺎﺑﺔ ﰲ ﺗﻄﺎﺑﻖ ﺍﻟﺘﺴﻠﺴﻼﺕ ﻟﻠﻌﺰﻟﺔ ﺍﳌﺤﻠﻴﺔ 91%، 100%ﻛﺎﻧﺖ bank Eimeria necatrix (JX83832.1) .98% ﻛﺎﻧﺖ NCBI-Gene bank Eimeria maxima (JX853828.1) ﺍﱃ ﻋﺰﻟﺔ ﺑﻨﻚ ﺍﳉﻴﻨﺎﺕ maxim

Listing 1 - 2 of 2
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (2)


Language

Arabic (1)

English (1)


Year
From To Submit

2017 (1)

2015 (1)