research centers


Search results: Found 14

Listing 1 - 10 of 14 << page
of 2
>>
Sort by

Article
Molecular identification and characterization and phylogenetic study of six Eimeria species in cattle in Al-Najaf province
التشخيص الجزيئي ودراسة الشجرة الوراثية لستة انواع من طفيلي الايميريا في الابقار في محافظة النجف

Authors: Qasim Jawad Ameer Al-Jubory --- Haidar Mohammed Ali Al-Rubaie
Journal: Euphrates Journal of Agriculture Science مجلة الفرات للعلوم الزراعية ISSN: 38752072 Year: 2016 Volume: 8 Issue: 3 Pages: 83-96
Publisher: Al-kasim University جامعة القاسم الخضراء

Loading...
Loading...
Abstract

The study extended from April 2015 through January 2016 and included 600 cattle with varying age (1 day to 8 years). It was conducted in Al.Najaf province. Direct and flotation methods were used for the diagnosis of Eimeria infection. PCR and phylogentic tree was done for all isolates. Eimeria infection was reported in 211 out of 600 (35.2 %). PCR permitted the isolation of six Eimeria species. Nucleotide sequence was done and phylogenetic tree was established. The percentage of each species was as follows: E. zuernii(53.1%), E. cylindrical (49.3%), E. ellipsoidalis (34.6%), E. bovis(28.0%), E. auburnensis(22.7%) and E. alabamensis(19.4%).The Eimeriabovis, Eimeriaauburnensis, Eimeriacylindrica, and Eimeriazuernii were closely related together. The Eimeriaellipsoidalis appeared less related to other Eimeria species. Whereas, the Eimeriaalabamensis appeared significantly different from other Eimeria species and out off tree.For our knowledge this is the first molecular study done in Iraq for identification and characterization of Eimeria species in cattle. Molecular method can be utilized as a powerful, sensitive tool for the diagnosis of Eimeria infection in cattle, and as a superior substitute to the conventional morphologic methods. Phylogenetic tree analysis of the common six Eimeria species has been disclosed in this study to add to the original Japanese study by Kawahra in 2010.

امتدت فترة العمل منذ شهر نيسان 2015 وحتى شهر كانون الثاني 2016 واجريت هذه الدراسة في محافظة النجف الاشرف. وشملت العينة 600 من الابقار ترواحت اعمارها ما بين يوم وثمان سنوات. تم تشخيص الاصابة بطفيلي الايميريا بواسطة الفحص المجهري المباشر وطريقة التطويف. سجلت الاصابة بطفيلي الايميريا في 211 من النماذج الخاضعه للفحص وبنسبة (35,2%). اظهرت طريقة تفاعل البلمرة المتسلسل (PCR) الاصابة بستة انواع من طفيلي الايميريا وهي (E. zuernii (53.1%), E. cylindrical (49.3%), E. ellipsoidalis (34.6%), E. bovis (28.0%), E. auburnensis (22.7%) and E. alabamensis(19.4%).. بعد ذلك اجرى فحص الشجرة الوراثية والذي اظهر ان (Eimeriabovis, Eimeriaauburnensis, Eimeriacylindrica, and Eimeriazuernii) كانت متقاربة جينيا وبصورة كبيرة ولكن ظهر أن (Eimeriaellipsoidalis) بعيدة وراثيا وبصورة ملحوظة عن بقية الانواع في حين كانت(Eimeriaalabamensis) بعيدة جداً عن بقية الانواع. وفقا للمعلومات المتوفرة فان هذه الدراسة تعد فريدة من نوعها في العراق كونها سباقة لاستخدام العزل الجيني والشجرة الوراثية في تشخيص الاصابة بطفيلي الايميريا في المواشي ويعد اضافة للبحث الذي قام به الباحث الياباني كوارا في سنة 2010.

Keywords

Phylogenetic tree --- PCR --- Eimeria


Article
Molecular profile of scpA and sdaB virulence genes in Streptococcus pyogenes isolated from pharyngitis
الملف الجزيئي لجينات scpA و sdaB الفوعة في المكورات العقدية المقيحة المعزولة من التهاب البلعوم

Authors: Younus A Kamel يونس كامل --- Khwam R Hussein خوام ريسان حسين --- Saad S Hamim سعد هميم
Journal: Al-Qadisiyah Medical Journal مجلة القادسية الطبية ISSN: 18170153 Year: 2017 Volume: 13 Issue: 24 Pages: 67-71
Publisher: Al-Qadisiyah University جامعة القادسية

Loading...
Loading...
Abstract

Group A Streptococci (GAS) or Streptococcus pyogenes is an important pathogen which causes a wide-ranging of diseases for human. This study was carried out in Ear Nose Throat (ENT) department in Al–Habboby Teaching Hospital, Thi-Qar province, south of Iraq during the period from October 2015 to April 2016. Two hundred and ten swabs were collected from patients infected with pharyngitis. 152 (72.3 %) showed positive growth with S. pyogenes. GAS isolates were subjected to detect two virulence genes (scpA and sdaB) by conventional PCR technique using specific primer pairs and DNA sequencing analysis. The sequencing of PCR products produced from bacterial DNA showed significant alignments identities (96-99%) to the S. pyogenes which are located in BLAST-NCBI Genbank. The six sequences of Streptococcus pyogenes scpA and sdaB genes determined in this study have been deposited in the GenBank under the accession numbers MF49318-MF497323. Phylogenetic analysis of S. pyogenes based upon the neighbour-joining of partial scpA and sdaB gene sequences showed that these sequences were derived from Streptococcal genes. In addition, S. pyogenes can produce several exotoxins that have the potential to damage the host tissues either directly or through the stimulation of cytokine production.

المجموعة A العقدية المقيحة (GAS) أو المكورات العقدية المقيحة هي مسببة للأمراض الهامة التي تسبب مجموعة واسعة من الأمراض للإنسان. أجريت هذه الدراسة في قسم الأنف والأذن والحنجرة في مستشفى الحبوبي التعليمي ، بمحافظة ذي قار ، جنوب العراق خلال الفترة من أكتوبر 2015 إلى أبريل 2016. تم جمع مائتي وعشرة مسحات من مرضى التهاب البلعوم . أظهر 152 (72.3 ٪) نموا إيجابيا مع S. الجينات. تعرضوا لعزل الغازات للكشف عن اثنين من جينات الفوعة (scpA و sdaB) بواسطة تقنية PCR التقليدية باستخدام أزواج تمهيدية محددة وتحليل تسلسل الحمض النووي. أظهر تسلسل منتجات PCR المنتجة من الحمض النووي البكتيري هويات محاذاة كبيرة (96-99 ٪) إلى S. الجينات التي تقع في BLAST-NCBI Genbank. تم تسلسل المتسلسلات الستة لجينات العقدية المقيحة scpA و sdaB المحددة في هذه الدراسة في بنك الجينات تحت أرقام الانضمام MF49318-MF497323. أظهر التحليل الوراثي للبكتريا المكورات العنقودية (S. pyogenes) المستندة إلى الانضمام المجاور لمتسلسلات الجينات scpA و sdaB الجزئية أن هذه التسلسلات مشتقة من جينات العقدية. بالإضافة إلى ذلك ، يمكن أن تنتج الجينات المقيحة عدة ذيفانات خارجية لها القدرة على إتلاف أنسجة العائل إما بشكل مباشر أو من خلال تحفيز إنتاج السيتوكين.


Article
GENOTYPE VERSUS PHENOTYPE TO DETERMINE THE DEFINITIVE IDENTIFICATION OF THE GENERA CHLORELLA BEIJERINCK, 1890 (CHLORELLACEAE) AND COELASTRELLA CHODAT, 1922 (SCENDESMACEAE)
النمط الوراثي مقابل النمط المظهري لتحديد التشخيص النهائي للجنسين Chlorella Beijerinck, 1890 (Chlorellaceae) و Coelastrella Chodat, 1922(Scendesmaceae)

Authors: Ali M. Najem علي مؤيد نجم --- Ghusoon A. Abdulhasan غصون علي عبد الحسن --- Ibrahim J. Abed إبراهيم جابر عبد
Journal: Bulletin of the Iraq Natural History Museum مجلة متحف التاريخ الطبيعي العراقي ISSN: Print ISSN: 10178678, Online ISSN: 23119799 Year: 2018 Volume: 15 Issue: 1 Pages: 101-111
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

Conventional identification of three coccoid green algae isolates was attempted to characterize the studied algae morphologically under compound microscope, which demonstrated confusional phenomenal convergence; all were classified microscopically as the green alga Chlorella vulgaris Beijerinck, 1890. Phylogenetic studies were conducted to settle the argument about the phenotype by studying the genotype. Genotype the promising field in advance classification by using 18S rRNA and compared to GenBank database using to search the related sequences. The determined sequences showed high a similarity to the strains registered in GenBank. Phylogenetic tree of ITS within 18S RNA were analyzed: the phylogram separated into two clusters, the first cluster included C1-ITS-Iraq and C2-ITS-Iraq and put with Coelastrella Chodat, 1922 which was well supported in bootstrap tests (86-100%), while the second cluster included C3-ITS-Iraq and put with C. sorokiniana Shihira and Krauss, 1965, which have bootstrap value 100% with the mentioned species. however, in this study, the green alga Colestrella was identified as new record genus in Iraqi freshwater belonged to the order Sphaeropleales.

اجريت محاوله للتشخيص التقليدي لثلاث عزلات من الطحالب الخضراء الكروية الدقيقة والتي شملت وصف الطحالب المدروسة شكليا تحت المجهر الضوئي المركب والذي أظهر التقارب الهائل فيما بينها، وقد شُخصت جميعها على أساس انها الطحلب الأخضرBeijerinck, 1890 vulgaris .Chlorella أجريت دراسات للتطور الوراثي لتفسير الحجة حول النمط المظهري من خلال دراسة النمط الوراثي والذي يمثل الحقل الواعد في التصنيف باستخدام 18S rRNA ومقارنتها مع قاعدة بيانات بنك الجينات باستخدام البحث في التسلسلات ذات الصلة، اذ أظهرت التسلسلات المحددة تشابهاً عالياً مع السلالات المسجلة في بنك الجينات. جرى تحليل الشجرة التطورية لمنطقة ITS ضمن 18S rRNA؛ وقسم المخطط التطوري إلى مجموعتين، ضمّت المجموعة الأولى العينات C1-ITS-Iraq و C2-ITS-Iraq وتم تشخيصها مع جنس Chodat, 1922 Coelastrella و التي تم دعمها بشكل جيد في اختبارات bootstrap (86-100٪) في حين ضمت المجموعة الثانية عينة C3-ITS-Iraq وضعت مع النوع Shihira and Krauss, 1965 Chlorella sorokiniana وبقيمة bootstrap 100% مع النوع المذكور، علما ان الطحلب Coelastrella قد سُجّل في هذه الدراسة كجنس جديد في المياه العذبة العراقية والعائد الى رتبة .Sphaeropleales


Article
Sequence Variation and Phylogenetic Relationships Among Ten Iraqi Rice Varieties Using RM171 Marker
العلاقات التطوريه والتغاير التسلسلي لعشرة اصناف من الرز العراقي باستعمال مؤشر الرز الوراثي (RM171)

Author: Abdul Kareem Abdulrazak Al-kazaz عبدالكريم عبدالرزاق القزاز
Journal: Iraqi Journal of Science المجلة العراقية للعلوم ISSN: 00672904/23121637 Year: 2014 Volume: 55 Issue: 1 Pages: 145-150
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

In the present study rice microsatellite marker (RM 171) was used to evaluate the genetic diversity and determining cultivar identity among ten rice varieties (oryza sativa L.) (Seven local and three commercial varieties). PCR technique was performed using two specific primers. The result showed presence of a band (305bp) DNA sequencing was done to PCR product to detect sequence variation between the ten rice varieties. In order to detect the relationship among all varieties, alignment of RM171 marker sequence was carried out for each variety. Amber and Daawat varieties showed the highest similarity with 98% identity, while the difference (2%) consists of two gaps and two transition mutations (T/C) and (C/T). Furthermore, Amber was aligned with mashkhab-1; 6% variation was noticed includes 5% gaps of 16 nucleotides which are not found in Amber that distributed in four different locations. In addition to the gaps, two transversion mutations were identified (G/C) and (G/T). Phylogenetic relationships among varieties were achieved, which showed that genetic distances were ranged from 0.029 to 1.999 among rice varieties. Cluster analyses grouped the ten varieties into five main clusters depending on their geographic origin, their ancestor and their aroma characteristics and this revealed relatedness between aromatic and non -aromatic with few of independent varieties. The result of this study could be helpful in the future for rice breeding programs.

استخدمت في الدراسه الحاليه مؤشرات وراثيه لتقييم التنوع الوراثي وتحديد التماثل بين الاصناف العشرة تحت الدراسه (سبعه محليه وثلاثه تجاريه ). تم تضخيم ناتج تفاعل البوليمريز التسلسلي (305 bp(باستخدام زوج من البوادى المتخصصه , بعدها تم اجراء تحديد تتابع الأحماض النووية للناتج وذلك لمعرفة التباين في التسلسلات بين اصناف الرز. اجريت المحاذاة بين تسلسلات RM171 لكل صنف وذلك للكشف عن العلاقه بينهما. اظهرت النتائج ان اعلى نسبة تشابه كانت بين صنفي العنبر والدعوات (98%) حيث ان الفرق (2%) يتضمن فجوتين وطفرتين انتقاليه T/C) ) و C/T)), وعند محاذاة صنف العنبر مع المشخاب 1 لوحظ وجود نسبة تغاير (6%) والذي يتضمن (5%) فجوات ل 16 نيوكليوتيده غير موجوده في صنف العنبر والتي وزعت في اربعة مواقع مختلفه .بالاضافه الى الفجوات تم تحديد طفرتين تبادليه(G/Cو G/T). اتضح من خلال علاقات النشوء والتطور ان البعد الوراثي يتراوح بين (0.029_1.999(. قسمت اصتاف الرز العشره الى خمسة مجاميع رئيسه اعتمادا على الاصل الجغرافي و الاسلاف المنحدره منها وصفاتها العطريه . لوحظ وجود علاقه بين الاصناف العطريه ,غير العطريه والاصناف المستقله .يمكن استخدام النتائج المستحصله من هذه الدراسه في برامج تربية و تحسين الرز المستقبليه.


Article
Assessment of Genetic Distance Among Some Iraqi Date Palm Cultivares )Phoenix Dactylifera L.) Using Randomly Amplified Polymorphic DNA
تقدير البعد الوراثي لبعض اصناف نخيل التمر العراقية بأستخدام مؤشرات التضاعف العشوائي المتعدد الاشكال لسلسلة الدنا

Loading...
Loading...
Abstract

The aim of this study to determine the genetic distance and relationship among some Iraqi date palm cultivars by using the Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) technique. Molecular analysis was performed by using 10 random primers. These primers produced 176 fragment lines across 14 cultivars, Of these, 166 or 94.3% were polymorphic. The size of the amplified bands ranged between 200-2250 bp. The genetic polymorphism value of each primer was determined and ranged between 7.5-16.9%. In terms of unique banding patterns, the most characteristic banding pattern was for the Barhee cultivar with primer OP-M06 and for the Khadhrawy Mandily cultivar with primer OP-C02. Genetic distance values ranged from 0.868 to 0.125 among studied date palm cultivars. Analysis of genetic relationship showed there were two main groups (A and B), each main group had two subgroups, The first one divided into two subgroups, A1 and A2. A2 subgroup contains the cultivar 'Maktoom', while A1 divided into two subgroups A1a and A1b that contains (9) cultivars (Helaly, Barhee, Khadhrawy.Baghdad, Eusta-Omran, Barbun, Zahdi, Gamal Al-Deen, Mtawag and Khadrawy.Mandily). The main group B divided into two subgroups, B1 subgroup included 'Khastawy' and 'Sultany' cultivars, while B2 subgroup contains 'Ashrasi' and 'Bream' cultivars. According to above results, RAPD markers can be consedered the useful tool to study the genetic relationship among Iraqi date palm cultivars.

الهدف من هذه الدراسة هو تحديد العلاقة والبعد الوراثي لبعض اصناف نخيل التمر العراقية بأستخدام تقانة مؤشرات التضاعف العشوائي المتعدد الأشكال لسلسلة DNA (RAPD). أجري التحليل الجزيئي على مجين 14 صنف بأستخدام عشرة بادئات عشوائية وانتجت هذه البادئات 176 حزمة رئيسية، من ضمنها، 166 حزمة متباينة وبنسبة 94.3%. تراوحت احجام الحزم المضاعفة ما بين 200-2250 زوج قاعدي. تم تحديد قيمة التباين الوراثي لكل باديء وقد تراوحت هذه القيم بين 7.5-16.9%. من حيث الانماط الحزمية الفريدة ، كان النمط الحزمي الاكثر تميزا للصنف 'برحي' مع الباديء OP-M06وصنف 'خضراوي مندلي' مع الباديء OP-C02. تراوحت قيم الابعاد الوراثية بين 0.125- 0.868 مابين اصناف نخيل التمر المدروسة، بينما اظهر تحليل العلاقة الوراثية ان هناك مجموعتين رئيسيتين وهي: AوB ،وكل مجموعة ضمت مجموعتين ثانويتين، المجموعة الأولى قسمت إلى مجموعتين ثانويتين(A1 و A2). احتوت المجموعة A2 صنف 'مكتوم' ، بينما قسمت المجموعة A1 بدورها إلى مجموعتين (A1a و A1b) واللتان احتوتا على 9 اصناف (هلالي، برحي ، خضراوي بغداد، اسطة عمران، بربن، زهدي، جمال الدين، مطوك وخضراوي مندلي). اما المجموعة الرئيسية B فقد قسمت بدورها الى مجموعتين ثانويتين (B1 و B2) اذ تضمنت المجموعة B1 صنفي 'خستاوي' و'سلطاني' بينما ضمت المجموعة B2 صنفي 'اشرسي' و'بريم' . اعتمادا على النتائج اعلاه، يمكن اعتبار مؤشرات RAPD اداة مفيدة لدراسة العلاقة الوراثية بين أصناف النخيل العراقية.


Article
Molecular Study of Two Virulence Genes of Pseudomonas aeruginosa, The Oxa 10 and Tox a with The Comparisons of The Relevant Sequences

Author: Amir Hani Raziq
Journal: Medical Journal of Babylon مجلة بابل الطبية ISSN: 1812156X 23126760 Year: 2017 Volume: 14 Issue: 1 Pages: 28-38
Publisher: Babylon University جامعة بابل

Loading...
Loading...
Abstract

Pseudomonas aeruginosa is one of the leading nosocomial pathogens worldwide. Fifty pre-identified local isolates of P. aeruginosa were collected from major hospitals in Duhok and Erbil during the period from April 2015 to September 2015. The isolates were identified by classical biochemical methods and antibiotic sensitivity profiles were also obtained. Molecular investigation started with DNA extraction, confirmatory identification by the detection of 16S rRNA; PCR amplifications were applied to detect the presence of oxa 10 and toxA genes and then sequencing of the resulted PCR products was also performed. The results showed that all the fifty isolates had biochemical profiles characteristic of P. aeruginosa as it was also confirmed by the amplification band of 956 bp relevant to 16S rRNA; and that 50 % of the isolates revealed resistance to imipenem while 98 % of the isolates were resistant to cefepime. Furthermore, oxa10 gene was successfully detected by PCR in 92 % of the isolates with products bands of 760 bp while toxA gene was detected in 84 % of the isolates with an amplification bands of 396 bp. Then the PCR products of randomly selected ten samples (five for oxa 10 gene (designated A1through A5) and another five for tox A gene (designated B1 through B5) were purified by using a commercial PCR product purification kit and sequenced. The results of sequencing were analyzed in the University of Duhok/Scientific Research Center using DNASTAR/Laser Gene software. Regarding oxa10 gene, the results revealed that strains A4 and A5 are much more related when compared with the other strains. While the result of sequencing tox A gene indicated that isolates B2 and B5 are much more related in comparison with the other three isolates and isolate B1 was much more related to the positive control when all the isolates were compared.


Article
The genetic relationship for Klebsiella pneumoniae isolated from human urinary tract and beef
العلاقة الوراثية لجرثومة الكلبيسيلا الرئوية والمعزولة من الجهاز البولي في الإنسان والأبقار

Authors: S.F. Klaif صبا فلاح كليف --- H.H. Nasir حسن حاجم ناصر --- J.N. Sadeq وجنان ناظم صادق
Journal: Iraqi Journal of Veterinary Sciences المجلة العراقية للعلوم البيطرية ISSN: 16073894 Year: 2019 Volume: 33 Issue: 1 Pages: 75-80
Publisher: Mosul University جامعة الموصل

Loading...
Loading...
Abstract

The present study aimed to describe the genetic relationships of zoonotic characterization of Klebsiella pneumoniae isolated from Human urinary tract and beef. The study includes (50) urine samples from human and (50) beef samples. The isolation and identification of Klebsiella pneumonia were done by using enrichment culture method and Vitek 2, then confirmed by PCR technique based on 16S ribosomal RNA gene which designed in this study using NCBI-GenBank (LT599801.1) and DNA sequencing was done on some positive isolates. The results show that Klebsiella pneumoniae was isolated from beef at 38 (76%) and from human at 32 (64%) by vitek2. The PCR technique was show highly sensitive and specific confirmative detection of Klebsiella Pneumonia isolates at Clarify DNA sequencing of a partial sequence of 16S ribosomal RNA gene was shown homology sequence identity highly with NCBI-Blast Klebsiella pneumoniae isolates. The phylogenetic analysis was show clear genetic similarity at (0.5 genetic change) between human and beef in Klebsiella pneumoniae isolates. The gene sequence deposited into NCBI-GenBank accession numbers (MF314450.1, MF314451.1, MF314452.1, MF314453.1). In conclusion, the study presents the first report in Iraq of genetic relationship among K. pneumoniae isolates from beef and humans. Therefore, it is essential to define the role of animals as an important source for the distribution of pathogen related to public health.

الدراسة الحالة تهدف العلاقة الوراثية للأهمية المشتركة للكليبسلا الرئوية التي تصيب الجهاز البولي للانسان ولحوم الأبقار. تضمنت الدراسة جمع 50 عينة من إدرار الإنسان و50 عينة من لحوم الأبقار تم تشخيصها والكشف عنها بواسطة استخدام الصفات الزرعية والاختبارات الكيموحيوية باستخدام فحص الفايتك2و تقنية تفاعل سلسة البلمرة (بي سي ار). باستخدام الجين التشخيصي 16س رايبوسومال ار ان اي الذي صمم في هذه الدراسة باستخدام العترة العالمية التي أخذت من جين البنك العالمي يحمل رقم الانضمام LT599801.1. أظهرت النتائج أن نسبة الإصابة في الأبقار باستخدام فحص الفايتك 38 (76%) في الأبقار في حين نسبة الإصابة في الإنسان 32 (64%). تم استخدام التقنية الجزيئية للتحقق من النتائج وذلك عن طريق استخلاص الحامض النووي الرايبي DNA لبكتريا الكليبسلا الرئوية وقياس تركيزه ونقاوته بواسطة جهاز Nanodrop ليتسنى التحري عن قطعة الجين وذلك باستخدام بادئات primers لبكتريا الكليبسيلا الرئوية والعزلات تم إرسالها لغرض تتابع النيوكلوتيدات وتم الحصول على أرقام الانضمام لعزلتين من الإنسان وعزلتين من الأبقار (MF314450.1, MF314451.1, MF314452.1, MF314453.1) من بنك الجينات العالمي NCBI-Genbank. أظهرت الشجرة الوراثية تشابه بنسبة (99 % -100%) مع العزلات العالمية لكليبسلا الرئوية المعزولة من الإنسان والأبقار. الخلاصة ,الدراسة الحالية تسجل لأول مرة في العراق حيث سجلت العلاقة الوراثية للكليبسلا الرئوية بين الإنسان والأبقار لذلك من الضروري معرفة الدور الحقيقي لدور الأبقار كمصدر في نقل وانتشار الإصابة إلى الإنسان وخطرها على الصحة العامة.


Article
Genetic diversity for three populations of Rainbow Trout (Oncorhynchus mykiss) based on sequencing of mtDNA genes
التنوع الوراثي لثلاث مجموعات من تراوت (Oncorhynchus mykiss) على أساس تسلسل جينات mtDNA

Loading...
Loading...
Abstract

Loss of genetic diversity decreases the population or species will or may affect the ability of a population being in a new environment affect or cause disease. Estimation of genetic diversity in fish farms will play an essential role in managing it properly. Therefore, this study aimed to estimate the genetic variation between the three population of rainbow trout including Iranian, French, and Danish using mitochondrial DNA COX1 and Cytb genes were performed. Ninety samples from three populations salmon farms in the area of Kalat Naderi city of Mashhad collected. DNA was extracted and COX1 and Cytb gene were amplified by PCR and then sequenced. The results showed a low level of genetic variation within studied populations. Phylogenic and haplotype analysis revealed that the genetic distance between Iranian trout population and French was much lower than Danish. This finding might indicate that the Iranian population might have the similar gene pool with and originated from the French population.

يؤدي فقدان التنوع الجيني إلى تقليل عدد الجماعات أو الأنواع التي ستؤثر أو قد تؤثر على قدرة الجماعة في بيئة جديدة تؤثر أو تسبب المرض. يلعب تقدير التنوع الوراثي في مزارع الأسماك دورًا أساسيًا في إدارته بشكل صحيح. لذلك ، تهدف هذه الدراسة إلى تقدير التباين الوراثي بين الجماعات الثلاثة من التراوت بما في ذلك الإيرانية والفرنسية والدنماركية باستخدام الميتوكوندريا DNA COX1 و Cytb. جمعت تسعين عينة من ثلاث مجموعات من مزارع سمك السلمون في منطقة مدينة كلات نادر في مشهد. تم استخراج الحمض النووي وتم تضخيم الجين COX1 و Cytb بواسطة PCR ثم تسلسلها. أظهرت النتائج انخفاض مستوى التباين الوراثي داخل المجموعات المدروسة. كشف التحليل الوراثي والنمط الفرداني أن المسافة الوراثية بين مجموعة التراوت الإيرانية والفرنسية كانت أقل بكثير من الدنماركية. قد يشير هذا الاكتشاف إلى أن الجماعات الإيرانية قد يكون لديهم تجمع جيني مماثل مع الجماعات الفرنسية.


Article
Molecular characterization of mecA gene in Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus
الخصائص الجزيئية لجين mecA في بكتريا المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثسيلين

Author: Saad Salman Hamim سعد سلمان هميم
Journal: JOURNAL OF THI-QAR SCIENCE مجلة علوم ذي قار ISSN: 19918690 Year: 2016 Volume: 6 Issue: 1 Pages: 25-29
Publisher: Thi-Qar University جامعة ذي قار

Loading...
Loading...
Abstract

Background & objectives: It is clear now that methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) strains considered as one of the most bacteria responsible for different diseases among humans and animals. The present study aimed to detect the molecular profile of methicillin-resistant S. aureus isolated from skin abscess patients in Nassyriah City, Southern Iraq. Methods: During the period of from June 2014 to February 2015, 120 S. aureus were isolated from abscess patient in two governmental hospitals, and subjected to conventional Polymerase Chain Reaction which used for the amplification of 310 bp mecA gene. Three PCR products of mecA were named primarily (THQR1, THQR2, and THQR3) were selected and subjected to partial DNA sequencing for the mecA gene to follow up their possible relationship between these local isolates and what recorded globally in Genbank. Results: Only 64 S. aureus isolates were diagnosed phenotypically as MRSA (53.33%), and 88/120 (73.33%) of S. aureus were positive for the targeted gene. The Three PCR products of mecA were registered in Genbank under the official accession numbers of (KY468502, KY468503 and KY468504, respectively). The constructed phylogenetic tree showed that S. aureus KY468502 and KY468504 were highly relative to each other in comparison with S. aureus KY468503 that revealed a close relatedness to S. aureus TN/CN/1/12, mecA gene beta-lactam, and mecA gene isolated in USA. Interpretation & conclusions: The present study results confirmed the importance of mecA gene in MRSA detection and highlighted the increasing manner of its prevalence in Iraq, furthermore, the importance of molecular techniques as an epidemiological tool.

الخلفية والأهداف: أصبح واضحا الآن أن المكورات العنقودية المقاومة للمثسيلين تعتبر من أكثر أنواع البكتريا المسئولة عن مختلف الأمراض للإنسان والحيوانات. هدفت الدراسة الحالية للكشف عن الخصائص الجزيئية لبكتريا المكورات العنقودية المقاومة للمثسيلين المعزولة من مرضى الخراج الجلدي في مدينة الناصرية , جنوب العراق. طرق العمل: خلال الفترة من شهر حزيران 2014 إلي شباط 2015 تم عزل 120 عزلة من بكتريا المكورات العنقودية من مرضي الخراج في اثنين من المستشفيات الحكومية وقد تم إخضاعها لتقنية تفاعل السلسلة المتبلمرة التقليدي والذي استخدم لتضخيم الجين mecA وبطول 310 زوج قاعدي. تمت التسمية الأولية لثلاثة من نواتج التضخيم للجين بـ THQR1 و THQR2 و THQR3 وتم استخدامها لحساب التسلسل الجيني الجزئي للجين لأجل متابعة علاقاتها المحتملة مع ما مسجل عالميا في بنك الجينات. النتائج: تم تشخيص 64 عزلة من بكتريا المكورات العنقودية الذهبية فقط مظهريا على أنها مقاومة للمثيسيلين (53,33%) وكانت 88 /120 قد أظهرت كشفا موجبا للجين mecA (73,33 %). تم تسجيل نواتج الترحيل الثلاث للجين في بنك الجينات تحت أرقام الانضمام الرسمية KY468502 و KY468503 و KY468504 على التوالي. أظهرت الشجرة التطورية التي تم بناؤها أن بكتريا S. aureus للسلالتين KY468502 و KY468504 كانتا ذات علاقة تطورية متقاربة لبعضهما مقارنة مع السلالة KY468503 التي أظهرت تقاربا مع بكتريا S. aureus لسلالات TN/CN/1/12 و mecA gene beta-lactam و mecA gene المعزولة في الولايات المتحدة الأمريكية. التفسيرات والاستنتاجات: أكدت نتائج الدراسة الحالية على أهمية استخدام الجين mecA في الكشف عن المكورات العنقودية الذهبية المقامة للمثسيلين وتم تسليط الضوء على الزيادة المطردة لانتشارها في العراق , بالإضافة إلى التأكيد على أهمية التقنيات الجزيئية كأدوات للدراسات الوبائية


Article
Molecular Investigation of Tomato Yellow Leaf Curl Virus (TYLCV) and Identification its Isolates Disseminated in some Tomato Protected Culture in Al-Qadisiyah Province.
التحري الجزيئي عن فايروس تجعد واصفرار اوراق الطماطه Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) وتحديد عزلاته المنتشرة في بعض مزارع الطماطه المحمية في محافظة القادسية

Authors: H. H. Shobber حسين حديد --- N. Al-Kuwaiti نورس عبدالاله صادق الكويتي
Journal: AL-Qadisiyah Journal For Agriculture Sciences مجلة القادسية للعلوم الزراعية ISSN: Online ISSN: 26181479 Print ISSN: 20775822 Year: 2018 Volume: 8 Issue: 1 Pages: 48-56
Publisher: Al-Qadisiyah University جامعة القادسية

Loading...
Loading...
Abstract

This study aimed at conducting a molecular investigation of some virus isolates associated with tomato yellow leaf curl disease (TYLCD). Ten tomato samples exhibiting TYLCD are collected from fields and tunnel at certain tomato growing area in Al-Qadisiyah Province (El-HamzaEl-Sharqi district, Al-Sadeer and Al-Sunnia).. Begomoviruses are investigated by Polymerase chain reaction (PCR) using Deng a genus specific primer set in symptomatic samples. The amplified DNA fragments of expected size are sequenced, analyzed and compared to equivalent Gene Bank sequences using MEGA6 software. PCR technique using Deng primers could detect begomoviruses when amplified the 540 bp DNA fragments from 6 out of 10 symptomatic tomato samples. Sequence analysis shows that sequences obtained shared 96 - 99.5% nucleotide (nt) sequence identities with Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) equivalent Gene bank coat protein CP sequences from Cuba (AJ223505), USA (AY530931) and Israel (AB110217). Neighbor-Joining phylogenetic tree constructed from partial coat protein region confirmed the relatedness when grouped all sequences obtained to equivalent sequences belong to TYLCV from Gen Bank but not to other begomovirus species. Sequence comparison shows that TYLCV isolates are variable when share nt sequence 91-100% (approximated)to each other’s, which indicates that sequences isolated may belong to different TYLCV strains. The high nucleotide sequence identities suggests that TYLCV may have been introduced to Al-Qadisiyah Provence through infected plant materials, however full length sequence comparisons and biological assays are required to confirm this relatedness and resolve the possible origin of TYLCV isolates in Al-Qadisiyah Province.

هدفت هذه الدراسة الى التحري الجزيئي عن عزلات الفايروس المسببة لمرض التجعد والاصفرار على اوراق الطماطه والمنتشرة في بعض مزارع الطماطه المحمية في محافظة القادسية ( قضاء الحمزة الشرقي ،ناحية السدير،ناحية غماس وناحية السنية). اجري تشخيص جزيئي للفايروسات العائدة للمجموعة Begomovirus بوساطة تقانة Polymerase chain reaction(PCR) و باستعمال طقم بادئي Deng المتخصص بالجنس المذكور ومن تحديد التتابعات النيوكليوتيدية للفايروسات ومقارنتها مع نظيراتها الموجودة في بنك الجينات وتحليلها باستعمال برنامج MEGA6.أظهرت نتائج فحص PCR باستعمال طقم بادئ Dengتفاعلاً ايجابياً اذ تم الحصول على قطع (DNA ) ذات وزن جزئي 540 زوجاً قاعدياً تقريبا من 6 من أصل 10عينات ظهرت عليها أعراض مرض تجعد واصفرار اوراق الطماطه وهذا يشير الى اصابتها بفايروسات تعود الى مجموعة begomoviruses. أظهر تحليل التتابعات النيوكليوتيدية أعلى نسبة تطابق تراوحت بين 99.5– 96% مع عزلات كوبا (AJ223505)والولايات المتحدة الأمريكية(AY530931) وعزلة الارض المحتلة (AB110217). ضمت شجرة الاصول الوراثية المشكلة من التتابع النيوكليوتيدي الجزئي للغلاف البروتيني الفايروسي جميع العزلات قيد الدراسة مع نظيراتها المسترجعة من بنك الجينات العائدة ﻟفايروس (TYLCV). اظهرت نتائج التحليل الجزيئي وجود تغاير في عزلات فايروس تجعد واصفرار أوراق الطماطهTomato yellow leaf curl virus (TYLCV)ضمن مناطق المسح في المحافظة اذ تراوحت نسب التطابق بين 91-100% للتتابعات قيد الدراسة والذي يشير الى ان هذه التتابعات ربما تعود لسلالات مختلفة . لم يتم الكشف عن فايروسات أخرى ضمن مناطق المسح عند تطابق جميع التتابعات قيد الدراسة مع باقي تتابعات بنك الجينات العائدة الى ( TYLCV) فقط من بنك الجينات دون الفايروسات الاخرى . يمكن الاستدلال من نسب التطابق العالية أن فايروس تجعد واصفرار أوراق الطماطه ربما يكون وافداً الى محافظة القادسية، مما يتطلب إجراء دراسات أخرى تتضمن دراسات الخصائص الحيوية و الحصول على التتابعات الكـــاملة للجينوم الكلي الفايروسي للعزلات المنتشرة لتأكيد هذا التغاير.

Listing 1 - 10 of 14 << page
of 2
>>
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (14)


Language

English (12)

Arabic (1)

Arabic and English (1)


Year
From To Submit

2019 (5)

2018 (2)

2017 (3)

2016 (2)

2014 (2)