research centers


Search results: Found 3

Listing 1 - 3 of 3
Sort by

Article
Assessment of Genetic Distance Among Some Iraqi Date Palm Cultivares )Phoenix Dactylifera L.) Using Randomly Amplified Polymorphic DNA
تقدير البعد الوراثي لبعض اصناف نخيل التمر العراقية بأستخدام مؤشرات التضاعف العشوائي المتعدد الاشكال لسلسلة الدنا

Loading...
Loading...
Abstract

The aim of this study to determine the genetic distance and relationship among some Iraqi date palm cultivars by using the Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) technique. Molecular analysis was performed by using 10 random primers. These primers produced 176 fragment lines across 14 cultivars, Of these, 166 or 94.3% were polymorphic. The size of the amplified bands ranged between 200-2250 bp. The genetic polymorphism value of each primer was determined and ranged between 7.5-16.9%. In terms of unique banding patterns, the most characteristic banding pattern was for the Barhee cultivar with primer OP-M06 and for the Khadhrawy Mandily cultivar with primer OP-C02. Genetic distance values ranged from 0.868 to 0.125 among studied date palm cultivars. Analysis of genetic relationship showed there were two main groups (A and B), each main group had two subgroups, The first one divided into two subgroups, A1 and A2. A2 subgroup contains the cultivar 'Maktoom', while A1 divided into two subgroups A1a and A1b that contains (9) cultivars (Helaly, Barhee, Khadhrawy.Baghdad, Eusta-Omran, Barbun, Zahdi, Gamal Al-Deen, Mtawag and Khadrawy.Mandily). The main group B divided into two subgroups, B1 subgroup included 'Khastawy' and 'Sultany' cultivars, while B2 subgroup contains 'Ashrasi' and 'Bream' cultivars. According to above results, RAPD markers can be consedered the useful tool to study the genetic relationship among Iraqi date palm cultivars.

الهدف من هذه الدراسة هو تحديد العلاقة والبعد الوراثي لبعض اصناف نخيل التمر العراقية بأستخدام تقانة مؤشرات التضاعف العشوائي المتعدد الأشكال لسلسلة DNA (RAPD). أجري التحليل الجزيئي على مجين 14 صنف بأستخدام عشرة بادئات عشوائية وانتجت هذه البادئات 176 حزمة رئيسية، من ضمنها، 166 حزمة متباينة وبنسبة 94.3%. تراوحت احجام الحزم المضاعفة ما بين 200-2250 زوج قاعدي. تم تحديد قيمة التباين الوراثي لكل باديء وقد تراوحت هذه القيم بين 7.5-16.9%. من حيث الانماط الحزمية الفريدة ، كان النمط الحزمي الاكثر تميزا للصنف 'برحي' مع الباديء OP-M06وصنف 'خضراوي مندلي' مع الباديء OP-C02. تراوحت قيم الابعاد الوراثية بين 0.125- 0.868 مابين اصناف نخيل التمر المدروسة، بينما اظهر تحليل العلاقة الوراثية ان هناك مجموعتين رئيسيتين وهي: AوB ،وكل مجموعة ضمت مجموعتين ثانويتين، المجموعة الأولى قسمت إلى مجموعتين ثانويتين(A1 و A2). احتوت المجموعة A2 صنف 'مكتوم' ، بينما قسمت المجموعة A1 بدورها إلى مجموعتين (A1a و A1b) واللتان احتوتا على 9 اصناف (هلالي، برحي ، خضراوي بغداد، اسطة عمران، بربن، زهدي، جمال الدين، مطوك وخضراوي مندلي). اما المجموعة الرئيسية B فقد قسمت بدورها الى مجموعتين ثانويتين (B1 و B2) اذ تضمنت المجموعة B1 صنفي 'خستاوي' و'سلطاني' بينما ضمت المجموعة B2 صنفي 'اشرسي' و'بريم' . اعتمادا على النتائج اعلاه، يمكن اعتبار مؤشرات RAPD اداة مفيدة لدراسة العلاقة الوراثية بين أصناف النخيل العراقية.


Article
MOLECULAR AND MORPHOLOGICAL INDICATORS (QUTHA ) Cucumis melo PLANTED IN IRAQ
المؤشرات الجزيئية والمظهرية للقثاء Cucumis melo المزروع في العراق

Author: Al- juboori & et al. الجبوري وآخرون
Journal: Iraqi Journal of Agricultural Science مجلة العلوم الزراعية العراقية ISSN: 00750530/24100862 Year: 2019 Volume: 50 Issue: 3 Pages: 835-841
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

A field experiment was carried out at the Department of Horticulture and Landscape Gardening, College of Agricultural Engineering Sciences, University of Baghdad .during 2016. to investigate the genetic diversity for six genotype of snake melon Cucumis melo var. flexuosus (Qutha ), cultivated in Iraq. These selected genotypes were collected from Iraq's Governorates (Baghdad, Sulaymaniyah, Mosul, Salahadeein, and Diyala )in addition to commercial genotype and designated as A,B,C,D,E, and F, respectively. The treatments were arranged in randomized complete block design (RCBD) with three replications Genetic diversity among the six selected genotype was studied utilizing the random amplification of polymorphic DNA (RAPD) markers and linked with fruits morphological traits. The results showed that the highest genetic diversity (0.285) observed between the genotype (A and B ) and between (A and D) was (0.235) ,while the genotype (C and D) had the lowest genetic distances which was (0.031), as well as between( E and F) was (0.059). Also the results revealed that Genetic distances depend on the variance phenotypic of fruits recorded about (1 ) as highest number among the genotype (A and D) , (B and D ), (C and D ), (D and E ), and (D and F ), while the lowest was about ( 0.091 ) for (A and C.)Genotype

نفذت تجربة حقلية في قسم البستنة وهندسة الحدائق –كلية الزراعة – جامعة بغداد في الموسم 2016 بهدف دراسة البعد الوراثي لست تراكيب وراثية من القثاء المزروعة في العراق والتي جمعت من محافظات السليمانية وبغداد وموصل وصلاح الدين وديالى فضلا عن صنف تجاري رمز للتراكيب الوراثية A و B و CوD و E و F بالتتابع .رتبت التراكيب الوراثية تصميم القطاعات الكاملة المعشاة وبثلاث مكررات . حسب البعد الوراثي بأستعمال مؤشرات التضاعف العشوائي( RAPD ) بالأعتماد على الصفات المظهرية للثمار اظهرت النتائج ان هناك بعد وراثي بين التراكيب الوراثية A و B بلغ 0.285 و البعد بين A و D بلغ 0.235 وان اقل بعد وراثي بلغ 0.031 بين التراكيب D و C وبين E و F بلغ 0.059 اما البعد بين التراكيب الوراثية على اساس الاختلافات المظهرية لثمار لوحظ ان اعلى بعد بلغ 1 بين التراكيب A و D وبين B و D و بين C و Dوبين E و D وبين D و F وان اقل بعد بلغ 0.091 بين التركيبين الوراثيين A و C .


Article
Application of Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Technique to Estimate Genetic Distance among Some Methicillin Resistant Staphylococcus aureus Isolated from Different Iraqi Hospitals
تطبيق تقانة مؤشرات التضاعف العشوائي المتعدد الاشكال لسلسلة الدنا لتقدير البعد الوراثي بين بعض عزلات المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للميثيسيلين والمعزولة من مستشفيات عراقية مختلفة

Loading...
Loading...
Abstract

Methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is one of the principal nosocomial causative agents. This bacterium has the capability to resist wide range of antibiotics and it is responsible for many diseases like skin, nose and wounds infection. In this study, randomly amplified polymorphic DNA (RAPD)-PCR was applied with ten random primers to examine the molecular diversity among methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) isolates in the hospitals and to investigate the genetic distance between them. 90 Isolates were collected from clinical specimens from Iraqi hospitals for a total of 90 isolates. Only 10 strains (11.11%) were found to be MRSA. From these 10 primers, only 9 gave clear amplification products. 91 fragment lines were generated from these primers across all isolates with an average of 10 fragment lines per primer. Of these, 90 (99%) were polymorphic. The size of the amplified bands ranged between 145-2109 bp. The polymorphism percentage for all primers was 100% except OP-X17 primer which gave 86% polymorphism. The genetic distances revealed from Jaccard similarity index was calculated for the 90 RAPD polymorphic fragment lines. The highest genetic distance value 0.959 was between isolate number (1) and (5) and between isolate number (3) and (10), while the lowest genetic distance value 0.218 was between isolate number (6) and (7). This study shows that RAPD-PCR technique assayed with nine primers can be successfully applied to reveal the genetic distances among methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) isolates from different hospitals.

تعتبر سلالات المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للميثيسيلين واحدة من المسببات الرئيسية للإصابات الناتجة عن المستشفيات. هذه البكتيريا لها القدرة على مقاومة مدى واسع من المضادات الحيوية كما انها مسؤولة عن العديد من الامراض مثل اصابات الجلد, الانف والجروح. في هذه الدراسة تم استخدام تقانة مؤشرات التضاعف العشوائي لسلسلة (RAPD) DNA مع عشرة من البادئات العشوائية لفحص التنوع الجزيئي بين عزلات المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للمثيسيلين وللتحقق من البعد الوراثي بينهم. تم جمع (90) عزلة من عينات سريرية ومن مستشفيات عراقية مختلفة ، ووجد أن (10) سلالات فقط وبنسبة (11.11٪) كانت مقاومة للميثيسيلين. من هذه البادئات العشرة, تسعة فقط قد اعطت نواتج تضاعف واضحة. انتجت هذه البادئات 91 حزمة رئيسية لجميع العزلات وبمعدل (10) حزم رئيسية لكل باديء, كانت من ضمنها (90) حزمة متباينة وبنسبة (99%). تراوحت احجام الحزم المضاعفة ما بين (145-2109) زوج قاعدي. النسبة المئوية للتباين الوراثي لكل البادئات كانت بنسبة (100%) ماعدا الباديء OP-X17 الذي اعطى نسبة تباين (86%). تم حساب الابعاد الوراثية بالاعتماد على مؤشر (Jaccard similarity) ل (90) حزمة رئيسية متباينة. اعلى قيمة بعد وراثي(0.959) كانت بين العزلة رقم (1) والعزلة رقم (5) وما بين العزلة رقم (3) والعزلة رقم (10), بينما كانت ادنى قيمة بعد وراثي (0.218) بين العزلة رقم (6) والعزلة رقم (7). هذه الدراسة تظهر ان تقانة مؤشرات التضاعف العشوائي لسلسلة DNA والتي تم اختبارها مع 9 بادئات يمكن تطبيقها بنجاح للكشف عن الابعاد الوراثية بين عزلات المكورات العنقودية الذهبية المقاومة للميثيسيلين ومن مستشفيات مختلفة.

Listing 1 - 3 of 3
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (3)


Language

English (3)


Year
From To Submit

2019 (1)

2018 (1)

2014 (1)