research centers


Search results: Found 4

Listing 1 - 4 of 4
Sort by

Article
Isolation and identification of vibrio fluvailis from goldfish Carassius auratus In AL NajafAl-Ashraf Governorate

Author: Ali Adnan AL-Darwesh
Journal: Kufa Journal For Veterinary Medical Sciences مجلة الكوفة للعلوم الطبية البيطرية ISSN: 20779798 Year: 2014 Volume: 5 Issue: 2 Pages: 179-185
Publisher: University of Kufa جامعة الكوفة

Loading...
Loading...
Abstract

This study aimed to diagnose the Vibrio fluvailis and identify some of the virulence genes, Eighty six samples were obtained from gold fish Carassius auratus which were suffering from infection. Fourty one samples of gold fish Carassius auratus gave a positive result for the Vibrio fluvailis, in percentage ( 47.6%) . The biochemical tests were conducted to confirm the infection as well as the examination of API 20. Polymerase chain technique was used to identify virulence genes hupO that have a role in the pathogenesis of bacteria isolated.


Article
Use Multiplex PCR For Detection of Some Virulence Genes of Klebsiella Isolated From Different Environmental loci
استخدام تقنية Multiplex PCRلتشخيص بعض جينات الضراوة لبكتريا Klebsiella sp. المعزولة من مواقع بيئية مختلفة.

Loading...
Loading...
Abstract

This study includes collected of 399 samples from different sources included clinical and non clinical samples. 293 clinical samples (urine, wounds, burns, stool, sputum). Non- clinical samples included 106 samples (water, soil) from November 2014 through February 2015. 51 samples were diagnosed as K. pneumoniae using phenotypic, biochemical and cultural diagnosis features and definitely diagnosed with API20E and vaitek test. Results of antibiotic resistance against different antibiotics showed that K. pneumoniae isolated from clinical and non- clinical samples varied in their resistance to these antibiotics and all isolates were sensitive 100% to Imipenem. A number of specific primers were designed to detect bacteria by using distinct gene and also to detects resistance to antibiotics using multiplex PCR technology for the presence or absence of 8 genes(magA, rmpA, htrA, Uge-1, gent-2,blaCTX, terA-1,StrA-2) that encodes for main virulence factors to diagnose K. pneumoniae. The result showed that that 45 isolates had rmpA which might be used as detection marker, in the same reaction of multiplex PCR detection of 4 genes related with resistance to different antibiotic groups(StrA,terA,blaCTX,gent-2) were done all K,pneumoniae contained StrA gene. According to this study we can concluded that multiplex PCR can use to distinguish isolated bacteria from different sources more correctly and also to determine its antibiotic resistance that are widely used in short time and little effort without need to routine testing.

تضمنت الدراسة جمع 399عينة من بيئات مختلفة والتي شملت السريرية والغير سريرية حيث جمعت 293عينة سريرية(ادرار، جروح،حروق، خروج، قشع) اما الغيرسريرية (التربة والمياه) فقد كان مجموعها106 عينة خلال الفترة من تشرين الثاني 2014 ولغاية شباط 2015.تـم تشخيص 51 عزلة بكـتيرية تعــود الــى بكتريـــا K. pneumoniaeبأستخدام طرق التشخيص المــظهرية والــزرعية والكيموحيوية وتم تأكيد التشخيص بأستخدام API20E وبأستخدام جهازالفايتكvaitek2 .أظهرت نتائج اخـتبار مقاومــة الـمضادات للعينات الــمعزولة مـن الحالات المرضية المختلفة والمصادرالبيئية (التربة،المياه) لـ12 من المضادات الحياتية مـن مختـلف الـمجاميع تباينا فيما بينها بين مقاومة وحساسة لهذه المضادات بينما كانت البكتريا حساسة وبنسبة100% فقط للمضاد الحيوي Imipenem.صممت عـدد مـن الــبادئات المتخصصة للــكشف عــن البكتريا بــاستخدام جين مميز فيها والكشف ايضا عن مقاومتها للمضادات بأستخدام تقنية تفاعــل البلمرة الــتسـلـسلـي الـمتعدد Multiplex PCR للكشف عن وجود او غياب ثمانية انواع مــن الجينات magA, rmpA ,htrA ,Uge-1 ,gent-2, blaCTX ,terA-, StrA-2 المشفرة لعوامل الضراوة الرئيسية لتشخيص K. pneumoniae.واظهرت النتائج وجود تباين في المحتوى الجيني بين العزلات فقد احتوت 45عزلة بكتيرية على الجين rmpA والذي يمكن ان يتخذ كمؤشرتشخيصي وفي نفس التفاعل تم الكشف عــن وجودجينات مــقاومة لأربعة مــن المضادات الحياتية العائدة الـــى مجاميع مختلفة (StrA, terA ,blaCTX, gent-2) حيث احتوت كل عزلاتK.pneumoniae علــى جين StrA. ومــن خلال هـــــذه الدراسة يمكن استثمار تقنية البلمرة التسلسلية المتعددة كوسيلة لــتمييز الــبكتريا الــمعزولة مــن مــصادرمـختلفة بصورة دقيقة وتشخيص مقاومتها للمضادات الحياتية الشائعة الاستعمال بوقت قصير وجهد اقل دون الرجوع الى الفحوصات الروتينية المعروفة.


Article
Molecular detection of ALS1 virulence gene of Candida albicans isolated from groups of Iraqi patients
التشخيص الجزيئي لجين الضراوة ALS1 العائد لفطر المبيضات المعزول من مجاميع مختلفة لمرضى العراقيين

Authors: Saife D. Al-Ahmar سيف داود الاحمر --- Azhar A.F. Al-Attraqhchi ازهار عبد الفتاح --- Aysha Saber Ali عيشه صابر علي
Journal: Journal of the Faculty of Medicine مجلة كلية الطب ISSN: 00419419 Year: 2015 Volume: 57 Issue: 1 Pages: 79-83
Publisher: Baghdad University جامعة بغداد

Loading...
Loading...
Abstract

Background: Candida albicans is the principal fungal infectious agent in human infection. Adhesion is thought to be an essential step for colonization and establishment of Candida infections.Objectives: Identification and comparison of ALS1 virulence gene of adhesion family among different isolates of Candida albicans by PCR. Patients and methods: One hundred eight samples were collected from different group of Iraqi patients. All samples were culture on Sabouraud′s agar, CHROMagar for identification while API Candida kit confirmatory test and extracted DNA was done for just Candida albicans isolates, detected the ALS1 gene, extracted RNA for synthesis of cDNA and detected of gene and compare between isolates. Result: C. albians isolated from each of vaginal and oral swabs expressed the stronger gene that mean these isolates were the most virulent once. The two isolates from each of urine sample and nail clip which expressed only one strong fluorescence represented by ALS1 gene. C. albicans isolated from cutaneous scrap sample showed the only one moderate fluorescence represented by ALS1 gene. Conclusion: C. albians isolated from each of vaginal and oral swabs expressed the stronger gene that’s mean these isolates were the most virulent once.Key words: Candida albicans, ALS1 gene, PCR virulence gene.

المقدمة:تعتبر مبيضات البيضاء عامل فطري معدي اساسي في عدوى الانسان. يعتبر الالتصاق الخطوة الاساسية لتمركز و لتكوين الاصابات المبيضيةالاهداف:التعرف ومقارنه الجين بين العزلات المختلفة العائدة للمبيضات البيضاء بطريقة تفاعل البلمرة التسلسلي.المرضى وطرق العمل: تم جمع 108 عينه من مختلف عزل المبيضيات البيضاء من مجاميع مختلفة لمرضى العراقيين . تم زرعهم على السابرود اكار والكروم اكار وتم اجراء أكار وApi Candiaللتاكد . تم استخلاص الدنا والتحري عن الجينات وتم استخلاص الرنا للعزلات الثمانية الموجبة لصنع نسخة للدنا منه والمقارنة بينها .النتيجة : كانت شدة التألق المبيضيات البيضاء المعزولة من كل من المسحات الفموية والمهبلية قوي لكلا الجينين بينما شدة التألق للعزلات المأخوذة من البول والأظافر فكان قوي فقط للجين ALS1 اما شدة التالق للعزلات المأخوذة من القشطات الجلدية كانت متوسطة التألقالاستنتاج : كانت العزلات للمبيضات البيضاء المعزولة من المسحات المهبلية والفمويه الأكثر تألق للجين هذا يدل على انها أكثر مرضيةمفتاح الكلمات: المبيضات البيضاء , جين ALS1


Article
Antibiotic Resistance Study and Detection of Virulence Gene among Uropathogenic E.coli
دراسة مقاومة المضادات الحيوية والكشف عن الجين الضاريفي بكتريا اشيرشيا كولاى للمجاري البولية

Loading...
Loading...
Abstract

A total of two hundred and fourteen outpatient and inpatient children their ages ranged from 1day to 14 years, whether symptomatic or asymptomatic were studied for urinary tract infections (UTIs) during the period (February to May 2012) at Rapareen Teaching Hospital for Children in Erbil City. Urine samples were collected and examined using microscopic, dipstick test for detection of leukocyte esterase and culture techniques. Isolated organisms were identified using microscopical, morphological and biochemical tests (including recent Vitek 2 system) and the results showed that positive urine cultures were detected in 134 (62.6 %) children, among females were 98 (73 %), while among males were 36 (27 %). Microorganisms that had been isolated from urine culture were mainly Escherichia coli 70 (52.2 %) followed by others. The isolates appeared to be varied in their resistance to antibiotics, and the highest resistance were for ampicillin 67 (95.7 %), while the most effective antibiotic used was imipenem .Total E.coli isolates also tested for their ability to produce hemolysin and the results showed that 27 (38.5%) were α-hemolysin, 9 (12.8%) β-hemolysin and 34(48.5%) were γ-hemolysin producers.. Out of 70 Escherichia coli isolates, 41 (58.5%) were found to be ESBLs producers, while 29 (41.4%) were non ESBLs producers. The plasmid profile of studied E.coli isolates revealed that plasmids were found in 64 (91.6%) of isolates with different molecular weights ranged from 1- more than10 kbp. Curing of plasmid DNA content were conducted using sodium dodecyl sulfate (SDS) and elevated temperature at 46Co. The results revealed that the curing percentage for isolate E3 was (50%) while for isolate E25 was (41.6%) for antibiotics understudy. On the other hand these two isolates when incubated at 46 Co the curing percentage were (66.6%) and (58.3%) respectively. Also the cured colonies tested for their ability to produce ESBLs and the results demonstrated that the cured colonies cannot produce ESBL indicating that the genes responsible for this trait are plasmid situated.Among 70 UPEC isolates, 61(87.1%) UPEC were positive for the existance of aerobactin virulence gene using PCR.

شملت الدراسة جمع 214 عينة ادرار من الاطفال المرضى الراقدين في المستشفى رابرين والمرضى الوافدين الى العيادة الأستشارية سواء لديهم اعراض المرض او بدون اعراض والتي بلغت اعمارهم من يوم واحد الى أربع عشرة سنة من حيث اصابتهم بالتهاب المجاري البولية في مستشفى رابرين للأطفال في مدينة اربيل في الفترة ما بين شباط ومايس 2012 . جمعت عينات البول وفحصت بالعين المجردة, بأستعمال المجهر; اختبار dipstick للكشف عن انزيم leukocyte esteraseوالزرع المختبري.تمتشخيصالبكتريا المعزولة بوساطة الصفاتالمظهرية ,المزرعية ,الاختبارات البايوكيمياوية واختبار نظامVitek 2. تم الحصول على نتيجة زرعية موجبة (زرع الادرار) في134 ((62.6% طفل و طفلة, 98 ((73% حاله للأناث و 36 (27%) حالة للذكور,حيث اظهرت الدراسة ان الأصابة بالتهاب المجاري البولية لدى الأناث أعلى نسبة مقارنة بالذكور.مثلت بكتيريا (52.2%) Escherichia coli 70 أعلى نسبة يليهابقية الانواع.حيث بينت اختبارات الحساسية للمضادات الحيوية على عينات المزارع الايجابية ان نسبة المقاومة للمضادات الحيوية المستخدمة كانت للامبسلين (95.7 %),وتبين ان المضاد الحيوي اميبينيم الاكثر كفاءة من المضادات الاخرى ضد عزلات ال UPEC حيث كانت جميع العزلات حساسة ولم تبد أية مقاومة.كما و اختبرت جميع عزلات بكتريا Escherichia coliلمعرفة قابليتها لانتاج الانزيم الحال للدم hemolysin ,والنتائج اظهرت ان27 (38.5%) من العزلات كانت منتجة لنوعα-hemolysin و 9(12.8%) منتجة لنوع β-hemolysin و 34(48.5%) منتجة لنوع . γ-hemolysin كما تم دراسة قابلية بكتريا Escherichia coliالمعزولة لأنتاج انزيم بيتا لاكتميز واسع الطيف ESBLs , واظهرت النتائج ان ( (58.5 % من العزلات كانت موجبة لـ ESBLs و (41.4 %) سالبة لـESBLs.أستخدم الترحيل الكهربائي الهلامي لدراسة محتوى الدنا البلازميدي وكانت البلازميدات موجودة في 91.6%)) 64 من العزلات, و بأحجام تراوحت بين 1 الى اكثر من 10 kbp.للسيطرة على مقاومة عزلات E.coliللمضادات الحيوية وبواسطة التحييد البلازميدي , تم استخدام SDS بتركيز( 2% وزن /حجم) و الحرارة المرتفعة Co 46 ولهدا الاختبار تم اختيار عزلتين مقاومتين للمضادات الحيوية , حيث تم تحييد المورثات المانحة للمقاومة للعزلة E3 وبنسبة (50 %) والمورثات المانحة لمقاومة للعزلة E34بنسبة (41.6 %). كما و أستخدمت درجات الحرارة المرتفعة Co 46 وأظهرت النتائج أن لها تأثير واضح على تحييد المورثات المانحة لمقاومة الاميكاسين للعزلة E3 بنسبة (66.6 %) وللعزلة E25 بنسبة (3 58.%). أثبتت الدراسة أن التحييد البلازميدي باستخدام درجات الحرارة المرتفعة أكثر كفاءة" من عامل الSDS.تم التحري عن انتاج انزيم البيتا لاكتاميز واسع الطيف في المستعمرات التي تم تحييدها واظهرت النتائج عدم قدرة هذه المستعمرات لانتاج الانزيم المذكور مؤكدا"ان المورثات المسؤولة عن انتاج هده الصفة تقع على بلازميد العزلات .كانت النتائج موجبة في 61(87.1%) من ضمن 70 عزلة UPEC , من حيث وجود (aer gene) في هذه العزلات باستخدام PCR.

Listing 1 - 4 of 4
Sort by
Narrow your search

Resource type

article (4)


Language

English (3)

Arabic (1)


Year
From To Submit

2015 (3)

2014 (1)